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- EMDB-30608: Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30608
タイトルCryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to G Protein
マップデータThe unmasked final map
試料
  • 複合体: PGE2-EP4-Gs-Gbeta1-Ggamma2-Nb35 complex
    • 複合体: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • 複合体: nanobody Nb35
      • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb35
  • リガンド: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of integrin activation / response to nematode / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation ...negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of integrin activation / response to nematode / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / regulation of ossification / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of cAMP-mediated signaling / Hedgehog 'off' state / response to mechanical stimulus / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / JNK cascade / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / ERK1 and ERK2 cascade / trans-Golgi network membrane / positive regulation of cytokine production / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / 骨 / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / 認識 / photoreceptor disc membrane / 血小板 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / positive regulation of GTPase activity / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / negative regulation of inflammatory response / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / positive regulation of inflammatory response / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / sensory perception of smell / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / シナプス / protein-containing complex binding / GTP binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP4 receptor / DP1受容体 / Prostanoid receptor / G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Prostanoid EP4 receptor / DP1受容体 / Prostanoid receptor / G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Nojima S / Fujita Y / Kimura TK / Nomura N / Suno R / Morimoto K / Yamamoto M / Noda T / Iwata S / Shigematsu H / Kobayashi T
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19J12880 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20gm0910007 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0401020 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20ak0101103 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101115 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to G Protein.
著者: Shingo Nojima / Yoko Fujita / Kanako Terakado Kimura / Norimichi Nomura / Ryoji Suno / Kazushi Morimoto / Masaki Yamamoto / Takeshi Noda / So Iwata / Hideki Shigematsu / Takuya Kobayashi /
要旨: Prostaglandin E receptor EP4, a class A G protein-coupled receptor (GPCR), is a common drug target in various disorders, such as acute decompensated heart failure and ulcerative colitis. Here, we ...Prostaglandin E receptor EP4, a class A G protein-coupled receptor (GPCR), is a common drug target in various disorders, such as acute decompensated heart failure and ulcerative colitis. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the EP4-heterotrimeric G protein (Gs) complex with the endogenous ligand at a global resolution of 3.3 Å. In this structure, compared with that in the inactive EP4 structure, the sixth transmembrane domain is shifted outward on the intracellular side, although the shift is smaller than that in other class A GPCRs bound to Gs. Instead, the C-terminal helix of Gs is inserted toward TM2 of EP4, and the conserved C-terminal hook structure formsthe extended state. These structural features are formed by the conserved residues in prostanoid receptors (Phe54 and Trp327). These findings may be important for the thorough understanding of the G protein-binding mechanism of EP4 and other prostanoid receptors.
履歴
登録2020年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d7m
  • 表面レベル: 0.03
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The unmasked final map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.167 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.16178799 - 0.25559023
平均 (標準偏差)8.446448e-05 (±0.004763849)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 298.752 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1671.1671.167
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z298.752298.752298.752
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1620.2560.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30608_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_30608_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #3

ファイルemd_30608_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_30608_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_30608_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PGE2-EP4-Gs-Gbeta1-Ggamma2-Nb35 complex

全体名称: PGE2-EP4-Gs-Gbeta1-Ggamma2-Nb35 complex
要素
  • 複合体: PGE2-EP4-Gs-Gbeta1-Ggamma2-Nb35 complex
    • 複合体: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • 複合体: nanobody Nb35
      • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb35
  • リガンド: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid

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超分子 #1: PGE2-EP4-Gs-Gbeta1-Ggamma2-Nb35 complex

超分子名称: PGE2-EP4-Gs-Gbeta1-Ggamma2-Nb35 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
分子量実験値: 120 KDa

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超分子 #2: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Guanine nucleotide-binding ...

超分子名称: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #4: nanobody Nb35

超分子名称: nanobody Nb35 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Brevibacillus choshinensis (バクテリア)

+
分子 #1: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Prostaglandin E2 receptor E...

分子名称: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: residues from 218 to 259 were deleted / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.953453 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPTSPGVQSS ASLSPDRLNS PVTIPAVMFI FGVVGNLVAI VVLCKSRKEQ KETTFYTLVC GLAVTDLLGT LLVSPVTIAT YMKGQWPGG QPLCEYSTFI LLFFSLSGLS IICAMSVERY LAINHAYFYS HYVDKRLAGL TLFAVYASNV LFCALPNMGL G SSRLQYPD ...文字列:
GPTSPGVQSS ASLSPDRLNS PVTIPAVMFI FGVVGNLVAI VVLCKSRKEQ KETTFYTLVC GLAVTDLLGT LLVSPVTIAT YMKGQWPGG QPLCEYSTFI LLFFSLSGLS IICAMSVERY LAINHAYFYS HYVDKRLAGL TLFAVYASNV LFCALPNMGL G SSRLQYPD TWCFIDWTTQ VTAHAAYSYM YAGFSSFLIL ATVLCNVLVC GALLRMHRQF FRRIAGAEIQ MVILLIATSL VV LICSIPL VVRVFVNQLY QPSLEREVSK NPDLQAIRIA SVNPILDPWI YILLRKTVLS KAIEKIKCLF CRIGGSRRER SGQ HCSDSL ELEVLFQ

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.728152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

+
分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms sh...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: residues from 65 to 203, residues from 255 to 264 were deleted
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.01475 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEKQLQKDK QVYRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRIYH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GGQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKIEDYFP ...文字列:
GNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEKQLQKDK QVYRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRIYH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GGQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKIEDYFP EFARYTTPED ATPEPGEDPR VTRAKYFIRD EFLRISTASG DGRHYCYPHF TCAVDTENAR RIFNDCRDII QR MHLRQYE LL

+
分子 #5: nanobody Nb35

分子名称: nanobody Nb35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: The C-terminal "ENLYFQ" of sample sequence is a cleavaged TEV protease recognition sequence.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.680293 KDa
組換発現生物種: Brevibacillus choshinensis (バクテリア)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSE NLYFQ

+
分子 #6: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-...

分子名称: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: P2E
分子量理論値: 352.465 Da
Chemical component information

ChemComp-P2E:
(Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid / プロスタグランジンE2 / 薬剤*YM / プロスタグランジンE2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度8.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.00075 %lauryl maltose neopentyl glycol
0.00025 %GDN
0.000125 %cholesteryl hemisuccinate
0.01 mMprostaglandin E 2
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa / 詳細: 10 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot Force 10, Blot Time 3.5 sec, 3 microL apply.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5743 / 平均露光時間: 1.83 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2796263
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model building in RELION-3.0.8
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 63721 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 178217
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5ywy

chain_id: A

6gdg

chain_id: B

6gdg

chain_id: C

6gdg

chain_id: D

6gdg

chain_id: E
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7d7m:
Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to G Protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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