+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xvr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Phage T7 empty mature head shell | ||||||
要素 | MAJOR CAPSID PROTEIN 10A | ||||||
キーワード | VIRUS / CAPSID MATURATION / MORPHOGENETIC INTERMEDIATE | ||||||
機能・相同性 | Capsid Gp10A/Gp10B / : / Major capsid protein / viral capsid / identical protein binding / Major capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ENTEROBACTERIA PHAGE T7 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ionel, A. / Velazquez-Muriel, J.A. / Luque, D. / Cuervo, A. / Caston, J.R. / Valpuesta, J.M. / Martin-Benito, J. / Carrascosa, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011 タイトル: Molecular rearrangements involved in the capsid shell maturation of bacteriophage T7. 著者: Alina Ionel / Javier A Velázquez-Muriel / Daniel Luque / Ana Cuervo / José R Castón / José M Valpuesta / Jaime Martín-Benito / José L Carrascosa / 要旨: Maturation of dsDNA bacteriophages involves assembling the virus prohead from a limited set of structural components followed by rearrangements required for the stability that is necessary for ...Maturation of dsDNA bacteriophages involves assembling the virus prohead from a limited set of structural components followed by rearrangements required for the stability that is necessary for infecting a host under challenging environmental conditions. Here, we determine the mature capsid structure of T7 at 1 nm resolution by cryo-electron microscopy and compare it with the prohead to reveal the molecular basis of T7 shell maturation. The mature capsid presents an expanded and thinner shell, with a drastic rearrangement of the major protein monomers that increases in their interacting surfaces, in turn resulting in a new bonding lattice. The rearrangements include tilting, in-plane rotation, and radial expansion of the subunits, as well as a relative bending of the A- and P-domains of each subunit. The unique features of this shell transformation, which does not employ the accessory proteins, inserted domains, or molecular interactions observed in other phages, suggest a simple capsid assembling strategy that may have appeared early in the evolution of these viruses. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xvr.cif.gz | 288.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2xvr.ent.gz | 225.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xvr_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2xvr_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2xvr_validation.xml.gz | 56.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xvr_validation.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
2 |
|
3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36589.625 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ENTEROBACTERIA PHAGE T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P19726 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PHAGE T7 EMPTY HEAD / タイプ: VIRUS |
---|---|
緩衝液 | 名称: 50 MM TRIS-HCL, PH 7.8, 10 MM MGCL2, 0.1 M NACL / pH: 7.8 / 詳細: 50 MM TRIS-HCL, PH 7.8, 10 MM MGCL2, 0.1 M NACL |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Xmipp / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 10.8 Å / 粒子像の数: 5100 / ピクセルサイズ(実測値): 1.4 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1810. (DEPOSITION ID: 7638). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1OHG Accession code: 1OHG / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 10.8 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 10.8 Å
|