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- PDB-2ylp: TARGETING THE BINDING FUNCTION 3 SITE OF THE ANDROGEN RECEPTOR TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ylp
タイトルTARGETING THE BINDING FUNCTION 3 SITE OF THE ANDROGEN RECEPTOR THROUGH IN SILICO MOLECULAR MODELING
要素ANDROGEN RECEPTOR
キーワードHORMONE RECEPTOR / BINDING FUNCTION 3
機能・相同性
機能・相同性情報


POU domain binding / positive regulation of integrin biosynthetic process / cellular response to testosterone stimulus / androgen binding / androgen receptor signaling pathway / membraneless organelle assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to steroid hormone stimulus / nuclear steroid receptor activity / RUNX2 regulates osteoblast differentiation ...POU domain binding / positive regulation of integrin biosynthetic process / cellular response to testosterone stimulus / androgen binding / androgen receptor signaling pathway / membraneless organelle assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to steroid hormone stimulus / nuclear steroid receptor activity / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular receptor signaling pathway / steroid binding / male gonad development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / Nuclear Receptor transcription pathway / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / positive regulation of miRNA transcription / beta-catenin binding / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / molecular adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / transcription cis-regulatory region binding / Ub-specific processing proteases / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA-templated transcription / nucleoplasm / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-056 / TESTOSTERONE / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lack, N.A. / Axerio, P. / Tavassoli, P. / Kuchenbecker, K. / Han, F.Q. / Chan, K.H. / Feau, C. / LeBlanc, E. / Tomlinson, E. / Guy, R.K. ...Lack, N.A. / Axerio, P. / Tavassoli, P. / Kuchenbecker, K. / Han, F.Q. / Chan, K.H. / Feau, C. / LeBlanc, E. / Tomlinson, E. / Guy, R.K. / Rennie, P.S. / Cherkasov, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Targeting the Binding Function 3 (Bf3) Site of the Human Androgen Receptor Through Virtual Screening.
著者: Lack, N.A. / Axerio-Cilies, P. / Tavassoli, P. / Han, F.Q. / Chan, K.H. / Feau, C. / Leblanc, E. / Guns, E.T. / Guy, R.K. / Rennie, P.S. / Cherkasov, A.
履歴
登録2011年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22012年1月11日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANDROGEN RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9085
ポリマ－29,8691
非ポリマー1,0394
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.710, 66.480, 73.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ANDROGEN RECEPTOR / DIHYDROTESTOSTERONE RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 3 GROUP C MEMBER 4


分子量: 29868.949 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 664-919 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10275
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-056 / 3-[(2,4-DICHLOROPHENYL)METHYLSULFANYLMETHYL]BENZOIC ACID


分子量: 327.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12Cl2O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT SINGLE CRYSTAL SI(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.3 Å / Num. obs: 12422 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
MOSFLMデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AM9

2am9


解像度: 2.3→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.305 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24944 601 4.9 %RANDOM
Rwork0.19478 ---
obs0.19747 11755 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.58 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 66 55 2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.9882882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4315248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98423.54893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31415357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7071512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9291.51248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73922018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.843876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1824.5864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 52 -
Rwork0.227 849 -
obs--96.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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