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- PDB-2yat: Crystal structure of estradiol derived metal chelate and estrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yat
タイトルCrystal structure of estradiol derived metal chelate and estrogen receptor-ligand binding domain complex
要素ESTROGEN RECEPTOR
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid hormone receptor signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / Developmental Lineage of Mammary Gland Alveolar Cells / TFIIB-class transcription factor binding / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Developmental Lineage of Mammary Gland Luminal Epithelial Cells ...steroid hormone receptor signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / Developmental Lineage of Mammary Gland Alveolar Cells / TFIIB-class transcription factor binding / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Developmental Lineage of Mammary Gland Luminal Epithelial Cells / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / stem cell differentiation / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coregulator binding / cellular response to estradiol stimulus / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / beta-catenin binding / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / sequence-specific double-stranded DNA binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of RUNX2 expression and activity / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / zinc ion binding / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL-PYRIDINIUM TETRAACETIC ACID / EUROPIUM ION / FORMIC ACID / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Li, M.J. / Greenblatt, H.M. / Dym, O. / Albeck, S. / Degani, H. / Sussman, J.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of Estradiol Metal Chelate and Estrogen Receptor Complex: The Basis for Designing a New Class of Selective Estrogen Receptor Modulators.
著者: Li, M.J. / Greenblatt, H.M. / Dym, O. / Albeck, S. / Pais, A. / Gunanathan, C. / Milstein, D. / Degani, H. / Sussman, J.L.
履歴
登録2011年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6825
ポリマ－28,7741
非ポリマー9084
水50428
1
A: ESTROGEN RECEPTOR
ヘテロ分子

A: ESTROGEN RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,36310
ポリマ－57,5482
非ポリマー1,8158
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+y,y,-z-1/31
Buried area3980 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.693, 64.693, 133.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2022-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR / ESTROGEN RECEPTOR ALPHA / ER / ER-ALPHA / ESTRADIOL RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 3 GROUP A MEMBER 1


分子量: 28773.807 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 301-551 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-EU / EUROPIUM ION


分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 化合物 ChemComp-EEU / ESTRADIOL-PYRIDINIUM TETRAACETIC ACID


分子量: 663.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H41N3O10
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 381 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 417 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 381 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 417 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 530 TO SER
配列の詳細HUMAN ESTROGEN RECEPTOR ALPHA LIGAND-BINDING DOMAIN SEQUENCE OF THIS STRUCTURE RANGES BETWEEN ...HUMAN ESTROGEN RECEPTOR ALPHA LIGAND-BINDING DOMAIN SEQUENCE OF THIS STRUCTURE RANGES BETWEEN RESIDUES SER301 AND ALA551, WITH THREE MUTATIONS, C381S, C417S, AND C530S.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 5% TACSIMATE25, 0.1 M HEPES, PH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月17日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 10104 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 58.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P15

2p15


解像度: 2.602→42.893 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.41 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 331-340, 414-422, 462-463 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 486 4.8 %
Rwork0.1821 --
obs0.1842 10065 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.373 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2155 Å20 Å20 Å2
2--5.2155 Å20 Å2
3----10.4309 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→42.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1801 0 55 28 1884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1332599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.704711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6016-2.9780.31670.22673137X-RAY DIFFRACTION100
2.978-3.75160.25171680.18043165X-RAY DIFFRACTION100
3.7516-42.89840.19911510.17373277X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0791.3456-0.45895.52731.91413.7677-0.5852-0.5125-0.78921.37680.30950.10021.0038-1.28770.23250.7113-0.4071-0.02340.55350.0870.521-17.5932-23.4011-10.9726
20.6132-1.0975-0.13551.6664-0.3354.7578-0.1207-0.1942-0.0568-0.05570.33670.23360.0561-1.7951-0.14620.2637-0.0031-0.07380.77450.04180.4139-19.7564-5.8906-13.6106
31.6598-1.025-1.72241.7393-0.16523.08040.04240.0896-0.20230.08390.01990.17570.119-0.438-0.0640.2745-0.07370.00150.28060.00540.3309-13.1755-9.9809-17.0237
40.5927-1.06110.45912.71490.36831.88320.26751.4994-0.607-0.81060.1618-0.39040.0852-0.7625-0.57460.44630.038-0.01241.10420.23880.5599-20.7045-3.8305-32.031
52.1608-1.8276-0.90192.0317-0.15231.52940.00530.4442-0.1094-0.2748-0.0432-0.0920.6217-0.60560.01420.4753-0.2264-0.030.4611-0.01960.338-11.7652-16.6718-24.8591
63.9903-0.17560.03022.2688-1.84288.92710.4729-0.4266-1.57990.0541.10310.4189-0.24022.3474-1.17960.65970.08010.15940.9741-0.00281.0773.2804-11.4172-5.546
72.31170.03771.13171.90642.45395.21620.4158-0.3161-0.31751.2948-0.0872-0.37832.27120.4843-0.19381.035-0.01130.09580.38980.02650.5622-2.4832-23.4808-9.3842
80.9863-0.1845-0.11140.2451-0.22880.6418-0.00120.3382-0.5962-0.1973-0.3865-0.04791.143-0.34640.26051.1162-0.26480.00970.388-0.12160.664-5.3406-31.7061-26.2872
92.8972-2.563-0.64765.3007-2.02362.04370.66860.58780.54780.1599-1.2412-0.6152-0.3904-0.00960.24690.271-0.0485-0.00620.31230.02780.3542-5.7319-4.2136-22.9085
106.48221.95972.33813.30063.1893.4476-0.1933-0.30071.09930.3896-0.4480.0078-1.3639-0.34380.54350.6635-0.0415-0.05620.48070.14070.5186-13.16.0728-13.1226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 9:28)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 29:68)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 69:106)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 107:125)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 126:156)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 157:168)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 169:190)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 191:206)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 207:231)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 232:248)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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