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Yorodumi- PDB-2xyt: Crystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with d-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xyt | ||||||
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Title | Crystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with d- tubocurarine | ||||||
Components | SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR | ||||||
Keywords | RECEPTOR / AMIDATION / CONFORMATIONAL FLEXIBILITY / CONOTOXIN / NEUROTOXIN NICOTINIC / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN / RECEPTOR-TOXIN COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | APLYSIA CALIFORNICA (California sea hare) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Brams, M. / Pandya, A. / Kuzmin, D. / van Elk, R. / Krijnen, L. / Yakel, J.L. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2011 Title: A Structural and Mutagenic Blueprint for Molecular Recognition of Strychnine and D-Tubocurarine by Different Cys-Loop Receptors. Authors: Brams, M. / Pandya, A. / Kuzmin, D. / Van Elk, R. / Krijnen, L. / Yakel, J.L. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xyt.cif.gz | 871.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xyt.ent.gz | 735.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xyt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2xyt_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2xyt_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 2xyt_validation.xml.gz | 92.1 KB | Display | |
Data in CIF | 2xyt_validation.cif.gz | 129.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2xysC 2uz6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.029, -0.004), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 24688.578 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: RESIDUES 20-236 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) APLYSIA CALIFORNICA (California sea hare) Production host: SPODOPTERA FRUGIPERDA (fall armyworm) / References: UniProt: Q8WSF8 #2: Chemical | ChemComp-TC9 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.75 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 200 MM NA2 SO4, 100 MM BISTRISPROPANE PH 8.5, 15% PEG 3350. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→48.43 Å / Num. obs: 170800 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 29.683 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.16 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2UZ6 Resolution: 2.05→45.539 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / Phase error: 20.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.963 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→45.539 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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