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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x2w | ||||||
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タイトル | Acetylglutamate kinase from Escherichia coli bound to N-acetyl-L-glutamyl-5-phosphate | ||||||
![]() | ACETYLGLUTAMATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ARGININE BIOSYNTHESIS / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / AMINO ACID KINASE FAMILY | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-glutamate N-acetyltransferase activity / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / glutamate metabolic process / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine biosynthetic process / phosphorylation / DNA damage response / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gil-Ortiz, F. / Rubio, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two crystal structures of Escherichia coli N-acetyl-L-glutamate kinase demonstrate the cycling between open and closed conformations. 著者: Gil-Ortiz, F. / Ramon-Maiques, S. / Fernandez-Murga, M.L. / Fita, I. / Rubio, V. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.236, 0.8912, 0.3873), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27186.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A6C8, UniProt: A0A140NEG9*PLUS, acetylglutamate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30-35 % PEG MONOMETHYL ETHER 5K, 0.1 M MES PH 6.5, 0.1-0.2 M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29.24 Å / Num. obs: 35550 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 44 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WXB 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.35 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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