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- PDB-2x2r: Crystal structure of human kinesin Eg5 in complex with (R)-2-amin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x2r
タイトルCrystal structure of human kinesin Eg5 in complex with (R)-2-amino-3-((4-chlorophenyl)diphenylmethylthio)propanoic acid
要素KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11
キーワードCELL CYCLE / MITOSIS / MICROTUBULE / ATP-BINDING / MOTOR PROTEIN / CELL DIVISION
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / spindle organization / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / spindle organization / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / mitotic spindle / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-X2O / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kaan, H.Y.K. / Weiss, J. / Menger, D. / Ulaganathan, V. / Laggner, C. / Popowycz, F. / Joseph, B. / Kozielski, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure-Activity Relationship and Multidrug Resistance Study of New S-Trityl-L-Cysteine Derivatives as Inhibitors of Eg5.
著者: Kaan, H.Y.K. / Weiss, J. / Menger, D. / Ulaganathan, V. / Tkocz, K. / Laggner, C. / Popowycz, F. / Joseph, B. / Kozielski, F.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11
B: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11
C: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,55212
ポリマ－123,1673
非ポリマー2,3859
水13,277737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-65.9 kcal/mol
Surface area43380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.350, 96.350, 124.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11 / KINESIN-RELATED MOTOR PROTEIN EG5 / KINESIN-LIKE SPINDLE PROTEIN HKSP / THYROID RECEPTOR- ...KINESIN-RELATED MOTOR PROTEIN EG5 / KINESIN-LIKE SPINDLE PROTEIN HKSP / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 5 / KINESIN-LIKE PROTEIN 1 / TRIP-5


分子量: 41055.582 Da / 分子数: 3 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 1-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-X2O / (2R)-2-AMINO-3-[(2R)-2-METHYL-1,1-DIPHENYL-BUTYL]SULFANYL-PROPANOIC ACID / S-[(2R)-2-METHYL-1,1-DIPHENYLBUTYL]-L-CYSTEINE


分子量: 343.483 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25NO2S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 25% PEG3350, 0.15M SODIUM TARTRATE DIBASIC DIHYDRATE, 0.1M MES PH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 65550 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 33.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X88

1x88


解像度: 2.2→29.411 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 3265 5.1 %
Rwork0.1724 --
obs0.1746 64602 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.819 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0793 Å20 Å20 Å2
2--4.0793 Å20 Å2
3----8.1586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7717 0 156 737 8610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11610985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7523054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2002-2.27890.26513410.18875906X-RAY DIFFRACTION96
2.2789-2.37010.24133390.1735979X-RAY DIFFRACTION97
2.3701-2.47790.26243200.186123X-RAY DIFFRACTION98
2.4779-2.60840.24513070.18316127X-RAY DIFFRACTION98
2.6084-2.77170.25633310.18156157X-RAY DIFFRACTION99
2.7717-2.98560.24483130.18176177X-RAY DIFFRACTION100
2.9856-3.28570.19663280.17656202X-RAY DIFFRACTION100
3.2857-3.76030.20583410.15876216X-RAY DIFFRACTION100
3.7603-4.73430.17473240.1416247X-RAY DIFFRACTION100
4.7343-29.41340.1923210.17696203X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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