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Yorodumi- PDB-6y39: HapE-P88L mutant CCAAT-binding complex from Aspergillus nidulans ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6y39 | |||||||||
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Title | HapE-P88L mutant CCAAT-binding complex from Aspergillus nidulans with cycA DNA | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / transcription factor / heterotrimer / histone fold / protein:DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription ...CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Aspergillus nidulans FGSC A4 (mold) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Groll, M. / Huber, E.M. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Life Sci Alliance / Year: 2020 Title: Structural basis of HapE P88L -linked antifungal triazole resistance in Aspergillus fumigatus . Authors: Hortschansky, P. / Misslinger, M. / Morl, J. / Gsaller, F. / Bromley, M.J. / Brakhage, A.A. / Groll, M. / Haas, H. / Huber, E.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6y39.cif.gz | 355.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6y39.ent.gz | 287.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6y39.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6y39_validation.pdf.gz | 494.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6y39_full_validation.pdf.gz | 497.9 KB | Display | |
Data in XML | 6y39_validation.xml.gz | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6y39_validation.cif.gz | 37 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y39 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6y35C 6y36C 6y37C 4g92S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 9 molecules ADGBEHCFI
#1: Protein | Mass: 7669.910 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus nidulans FGSC A4 (mold) / Gene: ANIA_07545 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G5EAZ0 #2: Protein | Mass: 10641.299 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus nidulans FGSC A4 (mold) / Gene: ANIA_04034 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5B5Z6 #3: Protein | Mass: 13682.795 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: P88L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus nidulans FGSC A4 (mold) / Gene: AN6492.2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5AYY8 |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules JK
#4: DNA chain | Mass: 7574.896 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Aspergillus nidulans FGSC A4 (mold) |
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#5: DNA chain | Mass: 7780.062 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Aspergillus nidulans FGSC A4 (mold) |
-Non-polymers , 2 types, 61 molecules
#6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 175 mM di-ammonium phosphate, 19% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→49 Å / Num. obs: 52851 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.598 / Num. unique obs: 6281 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4G92 Resolution: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 19.401 / SU ML: 0.207 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.22 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.8 Å2 / Biso mean: 68.217 Å2 / Biso min: 40.64 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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