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- PDB-2x2n: X-ray structure of cyp51 from trypanosoma brucei in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x2n
タイトルX-ray structure of cyp51 from trypanosoma brucei in complex with posaconazole in two different conformations
要素LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / METAL-BINDING / METHYLTRANSFERASE / ERGOSTEROL BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane biogenesis / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / nuclear envelope / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / POSACONAZOLE / Lanosterol 14-alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, C.-K. / Leung, S.S.F. / Guilbert, C. / Jacobson, M. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2010
タイトル: Structural Characterization of Cyp51 from Trypanosoma Cruzi and Trypanosoma Brucei Bound to the Antifungal Drugs Posaconazole and Fluconazole
著者: Chen, C.-K. / Leung, S.S.F. / Guilbert, C. / Jacobson, M. / Mckerrow, J.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2010年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
B: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
C: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
D: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,47512
ポリマ－215,2064
非ポリマー5,2698
水4,504250
1
B: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
D: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2386
ポリマ－107,6032
非ポリマー2,6354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-60.2 kcal/mol
Surface area35960 Å2
手法PISA
2
A: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
C: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2386
ポリマ－107,6032
非ポリマー2,6354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-61.2 kcal/mol
Surface area36170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.892, 114.527, 138.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 30 - 475 / Label seq-ID: 16 - 461

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.5787, 0.007597, 0.8155), (0.003225, -0.9999, 0.0116), (0.8156, 0.009344, 0.5786)43.32, -12.8, -22.47
2given(0.7935, 0.1353, 0.5933), (0.1035, -0.9908, 0.08756), (0.5997, -0.008094, -0.8002)-21.41, -20.77, 57.37
3given(-0.03055, -0.1183, -0.9925), (-0.0381, 0.9924, -0.1171), (0.9988, 0.03424, -0.03482)103, 9.1, -2.66

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要素

#1: タンパク質
LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE / STEROL 14 ALPHA-DEMETHYLASE / CYP51


分子量: 53801.492 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 22-481 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FIRST 21 RESIDUES UPSTREAM OF K22 WERE REPLACED WITH THE FRAGMENT MAKKKKK, 8XHIS TAG AT THE C-TERMINUS AND THREE MUTATIONS IN THE CODING SEQUENCE E249A/E250A/E251A WERE ENGINEERED
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q385E8, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-X2N / POSACONAZOLE / ポサコナゾ-ル


分子量: 700.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H42F2N8O4 / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 249 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 250 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 249 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 251 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 249 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 251 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 249 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 251 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 249 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 251 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 6% PEG 4000, 2% TACSIMATE, PH 8.0, 2% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→21.25 Å / Num. obs: 71168 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 62.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WV2

2wv2


解像度: 2.6→102.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 28.089 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3572 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.195 67580 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20.67 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→102.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13990 0 376 250 14616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02214808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7492.02220146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.981324797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5451784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33723.039635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.612152475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.30315120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022996
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5841.58956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1931.53540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.062214502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5435852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5924.55644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.841325021
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.7353253
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.945324637
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5729 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.50.5
2Bmedium positional0.430.5
3Cmedium positional0.450.5
4Dmedium positional0.460.5
1Amedium thermal0.382
2Bmedium thermal0.352
3Cmedium thermal0.382
4Dmedium thermal0.542
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 314 -
Rwork0.314 4934 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2432-0.1061-0.25080.8296-0.06690.8037-0.01350.1641-0.1681-0.09770.04220.06910.0417-0.1111-0.02880.0133-0.0109-0.00830.0336-0.01680.044626.573-24.66622.156
21.18640.02620.10940.35680.01910.68960.03880.09670.3084-0.0570.03050.0639-0.08110.1255-0.06930.0207-0.01620.01260.06130.03430.118246.19112.25911.863
30.77280.113-0.05460.60870.11290.95110.040.01280.0971-0.05050.0781-0.0702-0.0639-0.0083-0.11810.0154-0.00380.03710.0107-0.00150.101716.52110.86356.222
4000000000000000000000000
51.9653-3.9422-2.85168.57094.4936.5197-0.6771-0.0232-0.09171.2335-0.2093-0.11721.01290.68060.88630.589-0.2535-0.08290.53780.36810.65231.969-23.21531.812
610.3065-9.47032.77729.5971-2.5280.7494-0.1280.223-0.0540.57520.07730.0308-0.03540.06150.05070.26990.0079-0.00280.1498-0.00650.228251.1959.93220.644
72.91394.8397-2.913810.08461.134721.37550.2146-0.204-0.22020.2213-0.3479-0.42870.19470.50670.13330.6370.25050.08350.13120.07690.183525.3069.26351.887
812.396-2.9093-1.51466.11514.92274.1007-0.0690.416-1.1024-1.0229-0.17630.5526-0.8946-0.03530.24530.297-0.0965-0.13160.14690.00820.460837.365-22.65972.96
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 477
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 477
3X-RAY DIFFRACTION3C30 - 477
4X-RAY DIFFRACTION4D30 - 477
5X-RAY DIFFRACTION5A1480
6X-RAY DIFFRACTION6B1479
7X-RAY DIFFRACTION7C1479
8X-RAY DIFFRACTION8D1479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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