PDB-2wgs: Crystal structure of Mycobacterium Tuberculosis Glutamine Synthet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wgs

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium Tuberculosis Glutamine Synthetase in complex with a purine analogue inhibitor.

要素

GLUTAMINE SYNTHETASE 1

キーワード

LIGASE / RELAXED STATE / PURINE ANALOGUE / NUCLEOTIDE-BINDING / GLNA1 / MT2278 / RV2220 / CYTOPLASM / SYNTHETASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen utilization / positive regulation of plasminogen activation / cell wall / glutamine synthetase / : / glutamine synthetase activity / zymogen binding / fibronectin binding / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Nilsson, M.T. / Krajewski, W.W. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Mycobacterium Tuberculosis Glutamine Synthetase by Novel ATP-Competitive Inhibitors.
著者: Nilsson, M.T. / Krajewski, W.W. / Yellagunda, S. / Prabhumurthy, S. / Chamarahally, G.N. / Siddamadappa, C. / Srinivasa, B.R. / Yahiaoui, S. / Larhed, M. / Karlen, A. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.

履歴

登録	2009年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wgs.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wgs.ent.gz	904.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wgs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/2wgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/2wgs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2whiC 1htoS 1htq 2bvc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lgs-d 1lgr-d 3ng0-1 4xyc-2 4s17-1 1hto-1 2gls-d 1f1h-d 4xyc-1 1hto-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (15)

登録構造単位

A: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

B: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

C: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

D: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

E: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

F: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

G: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

H: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

I: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

J: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

K: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

L: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

ヘテロ分子

661 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

B: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

C: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

D: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

E: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

F: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
330 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

H: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

I: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

J: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

K: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

L: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
330 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.950, 203.180, 230.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	4 - 728
2	1	1	1	B	4 - 728
3	1	1	1	C	4 - 728
4	1	1	1	D	4 - 728
5	1	1	1	E	4 - 728
6	1	1	1	F	4 - 728
7	1	1	1	G	4 - 728
8	1	1	1	H	4 - 728
9	1	1	1	I	4 - 728
10	1	1	1	J	4 - 728
11	1	1	1	K	4 - 728
12	1	1	1	L	4 - 728

#1: タンパク質	GLUTAMINE SYNTHETASE 1 / GLUTAMATE--AMMONIA LIGASE 1 分子量: 54584.730 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 2-478 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV 解説: E. COLI STRAIN GJ4745 IS ADENYLYLTRANSFERASE DEFICIENT (GLNE-) プラスミド: PTRC99C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GJ4745 参照: UniProt: P0A590, UniProt: P9WN39*PLUS, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-1AZ / 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione / 1-(3,4-ジクロロベンジル)-3,7-ジメチル-8-モルホリノ-7H-プリン-2,6(1H,3H)-ジオン分子量: 424.281 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉Cl₂N₅O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	PROTEIN EXPRESSED IN FUSION WITH A N-TERMINAL 9 AMINO ACID PEPTIDE CONTAINING A SIX HISTIDINE ...PROTEIN EXPRESSED IN FUSION WITH A N-TERMINAL 9 AMINO ACID PEPTIDE CONTAINING A SIX HISTIDINE PURIFICATION TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: EQUAL VOLUMES OF MOTHER LIQUOR (0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5, 0.75 M 1,6-HEXANEDIOL) AND PROTEIN SOLUTION (10 G/L IN 0.020 M TRIS-HCL. PH 7.5, 0.15 M SODIUM CHLORIDE, 0.005 M MAGNESIUM ...詳細: EQUAL VOLUMES OF MOTHER LIQUOR (0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5, 0.75 M 1,6-HEXANEDIOL) AND PROTEIN SOLUTION (10 G/L IN 0.020 M TRIS-HCL. PH 7.5, 0.15 M SODIUM CHLORIDE, 0.005 M MAGNESIUM CHLORIDE, 2%(V/V) DMSO, 0.0002 M INHIBITOR), VAPOR DIFFUSION, HANGING-DROP, TEMPERATURE 294K.

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: EQUAL VOLUMES OF MOTHER LIQUOR (0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5, 0.75 M 1,6-HEXANEDIOL) AND PROTEIN SOLUTION (10 G/L IN 0.020 M TRIS-HCL. PH 7.5, 0.15 M SODIUM CHLORIDE, 0.005 M MAGNESIUM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→29.9 Å / Num. obs: 200628 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 45 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HTO

1hto

解像度: 2.55→29.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 10.94 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.195 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AMINO ACIDS 63 TO 66 AND 405 TO 412 WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24586	10318	5 %	RANDOM
R_work	0.2302	-	-	-
obs	0.23098	194667	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.987 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43920	0	348	1536	45804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	45492
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.96	61836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.628	5	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.479	24.118	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.359	15	7044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.838	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	6432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	35832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	19991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	31023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.319	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.515	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.5	28229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.229	2	44616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.223	3	19929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.054	4.5	17220
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3817 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.03	0.05
2	B	tight positional	0.03	0.05
3	C	tight positional	0.04	0.05
4	D	tight positional	0.03	0.05
5	E	tight positional	0.04	0.05
6	F	tight positional	0.04	0.05
7	G	tight positional	0.04	0.05
8	H	tight positional	0.04	0.05
9	I	tight positional	0.04	0.05
10	J	tight positional	0.04	0.05
11	K	tight positional	0.04	0.05
12	L	tight positional	0.04	0.05
1	A	tight thermal	0.07	0.5
2	B	tight thermal	0.07	0.5
3	C	tight thermal	0.08	0.5
4	D	tight thermal	0.08	0.5
5	E	tight thermal	0.08	0.5
6	F	tight thermal	0.09	0.5
7	G	tight thermal	0.08	0.5
8	H	tight thermal	0.08	0.5
9	I	tight thermal	0.08	0.5
10	J	tight thermal	0.11	0.5
11	K	tight thermal	0.09	0.5
12	L	tight thermal	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	738	-
R_work	0.327	14245	-
obs	-	-	99.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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