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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wd7 | ||||||
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タイトル | PTERIDINE REDUCTASE 1 (PTR1) FROM TRYPANOSOMA BRUCEI IN COMPLEX WITH NADP AND DDD00066750 | ||||||
要素 | (PTERIDINE REDUCTASE) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / DRUG DISCOVERY / TRYPANOSOMATIDS / PTERIDINE REDUCTASE / METHOTREXATE RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Robinson, D.A. / Wyatt, P.G. / Spinks, D. / Brenk, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: One Scaffold, Three Binding Modes: Novel and Selective Pteridine Reductase 1 Inhibitors Derived from Fragment Hits Discovered by Virtual Screening. 著者: Mpamhanga, C.P. / Spinks, D. / Tulloch, L.B. / Shanks, E.J. / Robinson, D.A. / Collie, I.T. / Fairlamb, A.H. / Wyatt, P.G. / Frearson, J.A. / Hunter, W.N. / Gilbert, I.H. / Brenk, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wd7.cif.gz | 218 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wd7.ent.gz | 174.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wd7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wd7_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wd7_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2wd7_validation.xml.gz | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wd7_validation.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28498.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) プラスミド: PET-TBPTR1H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 28514.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) プラスミド: PET-TBPTR1H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | ChemComp-VGD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: 1.8M NA ACETATE, 0.1M CITRATE BUFFER PH6.0, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月18日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 71041 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 63.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2C7V 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.254 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.276 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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