PDB-2wd7: PTERIDINE REDUCTASE 1 (PTR1) FROM TRYPANOSOMA BRUCEI IN COMPLEX W...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wd7

タイトル

PTERIDINE REDUCTASE 1 (PTR1) FROM TRYPANOSOMA BRUCEI IN COMPLEX WITH NADP AND DDD00066750

要素

(PTERIDINE REDUCTASE) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / DRUG DISCOVERY / TRYPANOSOMATIDS / PTERIDINE REDUCTASE / METHOTREXATE RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Robinson, D.A. / Wyatt, P.G. / Spinks, D. / Brenk, R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: One Scaffold, Three Binding Modes: Novel and Selective Pteridine Reductase 1 Inhibitors Derived from Fragment Hits Discovered by Virtual Screening.
著者: Mpamhanga, C.P. / Spinks, D. / Tulloch, L.B. / Shanks, E.J. / Robinson, D.A. / Collie, I.T. / Fairlamb, A.H. / Wyatt, P.G. / Frearson, J.A. / Hunter, W.N. / Gilbert, I.H. / Brenk, R.

履歴

登録	2009年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月10日	Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wd7.cif.gz	218 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wd7.ent.gz	174.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wd7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wd8C 3gn1C 3gn2C 2c7vS 2vz0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cm9-d 3bmc-d 4cle-d 4cm6-d 3gn1-d 3jqe-d 6gdp-d 4cm5-d 6gey-d 6tbx-d 4wcd-d 3jqg-d 4cmc-d 6gd4-d 4cme-d 3jqc-d 6gck-d 4clh-d 3jq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PTERIDINE REDUCTASE

B: PTERIDINE REDUCTASE

C: PTERIDINE REDUCTASE

D: PTERIDINE REDUCTASE

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.677, 89.890, 82.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.77669, -0.03938, -0.62865), (-0.02916, -0.99473, 0.09834), (-0.6292, 0.09471, 0.77145)	-2.7132, 3.76644, -1.19245
2	given	(0.77318, 0.01723, 0.63395), (0.01704, -0.99983, 0.00639), (0.63395, 0.00586, -0.77335)	-13.64335, 5.82915, 38.10769
3	given	(-0.99991, 0.0134, 0.00132), (0.01321, 0.99506, -0.09844), (-0.00263, -0.09841, -0.99514)	-16.37643, 1.95653, 37.29707

#1: タンパク質	PTERIDINE REDUCTASE 分子量: 28498.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) プラスミド: PET-TBPTR1H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase
#2: タンパク質	PTERIDINE REDUCTASE 分子量: 28514.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) プラスミド: PET-TBPTR1H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-VGD / 6-chloro-1H-benzimidazol-2-amine / 5-クロロ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-アミン分子量: 167.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆ClN₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.5 / 詳細: 1.8M NA ACETATE, 0.1M CITRATE BUFFER PH6.0, pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 71041 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 63.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C7V

2c7v

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 6.254 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20225	3585	5 %	RANDOM
R_work	0.15469	-	-	-
obs	0.15713	67432	91.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.276 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3 Å²	0 Å²	-1.03 Å²
2-	-	3.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7413	0	236	686	8335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7987
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	2.008	10933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.919	5	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.52	24.379	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.56	15	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.721	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	5475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.34	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.313	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.784	1.5	5197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.231	2	8098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.032	3	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.045	4.5	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	153	-
R_work	0.236	3101	-
obs	-	-	56.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4493	-0.042	0.1954	0.7171	0.1833	1.0317	-0.0195	0.1453	-0.09	-0.0707	-0.0001	-0.0917	0.0851	0.1967	0.0195	-0.079	0.0241	0.0051	-0.08	-0.0113	-0.0883	11.4752	-1.5459	9.4422
2	1.3162	-0.0625	0.0566	0.4503	-0.0766	1.3927	-0.0057	0.1676	0.0329	-0.0862	-0.0228	0.0437	-0.0291	-0.0459	0.0285	-0.0775	0.0007	-0.0093	-0.1027	-0.0011	-0.1003	-17.5646	6.0332	-1.3114
3	1.3795	0.0265	0.1195	0.4973	0.2037	1.4738	-0.0203	-0.2014	0.0753	0.1071	0.0053	-0.0235	-0.057	0.0573	0.015	-0.0588	0.0084	-0.0099	-0.0755	-0.0119	-0.0943	1.2271	7.7357	38.0916
4	1.5435	-0.1041	0.1221	0.5989	-0.0966	1.1816	-0.0328	-0.1727	-0.1266	0.0948	-0.0024	0.0982	0.0937	-0.1639	0.0353	-0.0733	-0.0193	0.0142	-0.0769	0.0107	-0.08	-27.9333	-0.3418	28.0194

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 268

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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