PDB-2wap: 3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wap

タイトル

3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase (FAAH) conjugated with the drug-like urea inhibitor PF-3845

要素

FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

キーワード

HYDROLASE / FATTY ACID AMIDE HYDROLASE / UREA INHIBITOR / GOLGI APPARATUS / ENDOPLASMIC RETICULUM / ACYL- ENZYME / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / FAAH / DRUG / MEMBRANE / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Mileni, M. / Kamtekar, S. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Discovery and Characterization of a Highly Selective Faah Inhibitor that Reduces Inflammatory Pain.
著者: Ahn, K. / Johnson, D.S. / Mileni, M. / Beidler, D. / Long, J.Z. / Mckinney, M.K. / Weerapana, E. / Sadagopan, N. / Liimatta, M. / Smith, S.E. / Lazerwith, S. / Stiff, C. / Kamtekar, S. / ...

履歴

登録	2009年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wap.cif.gz	212.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wap.ent.gz	168.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vyaS 1mt5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mt5-5 3k7f-d 4hbp-d 3qkv-d 4do3-d 3k83-d 3ppm-d 3k84-d 3lj7-d 1mt5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

B: FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.770, 105.200, 148.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	33 - 134	3 - 104
2	1	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	33 - 134	3 - 104
1	2	TYR	TYR	CYS	CYS	A	A	135 - 299	105 - 269
2	2	TYR	TYR	CYS	CYS	B	B	135 - 299	105 - 269
1	3	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	300 - 331	270 - 301
2	3	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	300 - 331	270 - 301
1	4	THR	THR	LEU	LEU	A	A	332 - 447	302 - 417
2	4	THR	THR	LEU	LEU	B	B	332 - 447	302 - 417
1	5	GLN	GLN	THR	THR	A	A	448 - 573	418 - 543
2	5	GLN	GLN	THR	THR	B	B	448 - 573	418 - 543

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	FATTY-ACID AMIDE HYDROLASE 1 / FATTY ACID AMIDE HYDROLASE / OLEAMIDE HYDROLASE 1 / ANANDAMIDE AMIDOHYDROLASE 1 分子量: 59827.020 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 31-573 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: S241 IS CARBAMYLATED TO\: 4-(3-(5-(TRIFLUOROMETHYL)PYRIDIN-2-YLOXY)BENZYL)PIPERIDINE-1-CARBALDEHYDE 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 解説: HUMANIZED ACTIVE SITE (6 MUTATIONS) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: P97612, amidase
#2: 化合物	ChemComp-PIX / 4-(3-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy}benzyl)piperidine-1-carboxylic acid 分子量: 380.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉F₃N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 495 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 495 TO MET
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE 6 MUTATIONS INTRODUCED INTO THE SEQUENCES WERE DONE SO WITH THE AIM OF MAKING THE ACTIVE SITE ...THE 6 MUTATIONS INTRODUCED INTO THE SEQUENCES WERE DONE SO WITH THE AIM OF MAKING THE ACTIVE SITE MORE LIKE THE HUMAN EQUIVALENT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: NACL 100MM, PEG4000 12%, MES 100MM PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 37781 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VYA

2vya

解像度: 2.8→37.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 25.64 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.807 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1963	4.9 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	37799	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8369	0	56	43	8468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	8615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	2.013	11695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	18582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.985	5	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.924	23.79	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.214	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.144	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	8612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.133	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.217	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.093	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.238	1.5	5402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.051	1.5	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.496	2	8699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.929	3	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.581	4.5	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	601	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	954	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	954	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	186	tight positional	0.04	0.05
3	2	B	186	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	679	tight positional	0.04	0.05
4	2	B	679	tight positional	0.04	0.05
5	1	A	742	tight positional	0	0.05
5	2	B	742	tight positional	0	0.05
1	1	A	950	medium positional	0.67	0.5
2	1	A	1323	medium positional	0.37	0.5
2	2	B	1323	medium positional	0.37	0.5
3	1	A	345	medium positional	0.34	0.5
3	2	B	345	medium positional	0.34	0.5
4	1	A	1166	medium positional	0.44	0.5
4	2	B	1166	medium positional	0.44	0.5
5	1	A	1184	medium positional	0	0.5
5	2	B	1184	medium positional	0	0.5
1	1	A	601	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	954	tight thermal	0.05	0.5
2	2	B	954	tight thermal	0.05	0.5
3	1	A	186	tight thermal	0.05	0.5
3	2	B	186	tight thermal	0.05	0.5
4	1	A	679	tight thermal	0.05	0.5
4	2	B	679	tight thermal	0.05	0.5
5	1	A	742	tight thermal	0	0.5
5	2	B	742	tight thermal	0	0.5
1	1	A	950	medium thermal	0.23	2
2	1	A	1323	medium thermal	0.26	2
2	2	B	1323	medium thermal	0.26	2
3	1	A	345	medium thermal	0.2	2
3	2	B	345	medium thermal	0.2	2
4	1	A	1166	medium thermal	0.28	2
4	2	B	1166	medium thermal	0.28	2
5	1	A	1184	medium thermal	0	2
5	2	B	1184	medium thermal	0	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	122	-
R_work	0.3	2769	-
obs	-	-	99.48 %

-
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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