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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r9x | ||||||
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タイトル | AmpC beta-lactamase with bound Phthalamide inhibitor | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / AmpC beta-lactamase / pthalamide / Antibiotic resistance | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Babaoglu, K. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comprehensive mechanistic analysis of hits from high-throughput and docking screens against beta-lactamase. 著者: Babaoglu, K. / Simeonov, A. / Irwin, J.J. / Nelson, M.E. / Feng, B. / Thomas, C.J. / Cancian, L. / Costi, M.P. / Maltby, D.A. / Jadhav, A. / Inglese, J. / Austin, C.P. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 1.7M KiPO4, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 2.9 % / Av σ(I) over netI: 12.1 / 数: 173290 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.73 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 60696 / % possible obs: 98.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 60696 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.731 / Net I/σ(I): 12.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.838 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.093 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
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