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- PDB-2fdy: Microsomal P450 2A6 with the inhibitor Adrithiol bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdy
タイトルMicrosomal P450 2A6 with the inhibitor Adrithiol bound
要素Cytochrome P450 2A6
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2A6 / P450 2A6 / P450 / MONOOXYGENASE / DRUG METABOLIZING ENZYME / COUMARIN 7-HYDROXYLASE / NICOTINE OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cytoplasmic microtubule ...coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cytoplasmic microtubule / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4,4'-DIPYRIDYL DISULFIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2A6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yano, J.K. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Synthetic Inhibitors of Cytochrome P-450 2A6: Inhibitory Activity, Difference Spectra, Mechanism of Inhibition, and Protein Cocrystallization.
著者: Yano, J.K. / Denton, T.T. / Cerny, M.A. / Zhang, X. / Johnson, E.F. / Cashman, J.R.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 1-28 WERE REPLACED WITH THE SEQUENCE MAKKTS

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2A6
B: Cytochrome P450 2A6
C: Cytochrome P450 2A6
D: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,32215
ポリマ－218,6874
非ポリマー3,63511
水13,926773
1
A: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7015
ポリマ－54,6721
非ポリマー1,0294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6054
ポリマ－54,6721
非ポリマー9333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5083
ポリマ－54,6721
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5083
ポリマ－54,6721
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Cytochrome P450 2A6
B: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3059
ポリマ－109,3432
非ポリマー1,9627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area36220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.197, 156.620, 103.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2A6 / CYPIIA6 / Coumarin 7-hydroxylase / P450 IIA3 / CYP2A3 / P450I


分子量: 54671.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2A6 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH-5 ALPHA / 参照: UniProt: P11509, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-D4G / 4,4'-DIPYRIDYL DISULFIDE / 4,4′-ジチオジピリジン


分子量: 220.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG2000 monomethyl ether, TRIS, AMMONIUM SULFATE, ANAPOE-X-405, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.41 Å / Num. all: 175945 / Num. obs: 171722 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z10

1z10


解像度: 1.95→42.41 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 8050 -RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 162880 --
obs0.214 160717 98.7 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15019 0 243 773 16035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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