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- PDB-2ewy: Crystal structure of human BACE2 in complex with a hydroxyethylen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewy
タイトルCrystal structure of human BACE2 in complex with a hydroxyethylenamine transition-state inhibitor
要素Beta-secretase 2
キーワードHYDROLASE / BACE2 / aspartic protease
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis ...memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis / aspartic-type endopeptidase activity / endosome / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DBO / Beta-secretase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ostermann, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of human BACE2 in complex with a hydroxyethylamine transition state inhibitor
著者: Ostermann, N. / Eder, J. / Eidhoff, U. / Zink, F. / Hassiepen, U. / Worpenberg, S. / Maibaum, J. / Simic, O. / Hommel, U. / Gerhartz, B.
履歴
登録2005年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 2
B: Beta-secretase 2
C: Beta-secretase 2
D: Beta-secretase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,1118
ポリマ－167,0924
非ポリマー2,0184
水2,414134
1
A: Beta-secretase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2782
ポリマ－41,7731
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Beta-secretase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2782
ポリマ－41,7731
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Beta-secretase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2782
ポリマ－41,7731
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Beta-secretase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2782
ポリマ－41,7731
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
A: Beta-secretase 2
B: Beta-secretase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5554
ポリマ－83,5462
非ポリマー1,0092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
6
C: Beta-secretase 2
D: Beta-secretase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5554
ポリマ－83,5462
非ポリマー1,0092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.407, 228.407, 108.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.30485, 0.9524, -0.0022), (0.9524, -0.30484, 0.00064), (-6.0E-5, -0.00229, -1)52.63405, -72.33963, -37.90527
3given(0.5112, 0.85946, -0.00251), (-0.85946, 0.51119, -0.00234), (-0.00072, 0.00335, 0.99999)37.14735, 64.74499, 18.10184
4given(0.97976, 0.1998, -0.01239), (0.19995, -0.97972, 0.01268), (-0.00961, -0.0149, -0.99984)1.85155, -14.51931, -18.56605
詳細The biological assembly is a monomer.

-
要素

#1: タンパク質
Beta-secretase 2 / Beta-site APP-cleaving enzyme 2 / Aspartyl protease 1 / Asp 1 / ASP1 / Membrane-associated aspartic ...Beta-site APP-cleaving enzyme 2 / Aspartyl protease 1 / Asp 1 / ASP1 / Membrane-associated aspartic protease 1 / Memapsin-1 / Down region aspartic protease


分子量: 41773.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE2, ASP21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5Z0, memapsin 1
#2: 化合物
ChemComp-DBO / N-{(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-[(3-METHYLBENZYL)AMINO]PROPYL}DIBENZO[B,F]OXEPINE-10-CARBOXAMIDE / N-[(1S,2R)-1-ベンジル-2-ヒドロキシ-3-(3-メチルベンジルアミノ)プロピル]ジベンゾ[b,f]オキセ(以下略)


分子量: 504.619 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H32N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 16% PEG 8000, 0.1M calcium chloride, 5% glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→25.5 Å / Num. obs: 39813 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2000.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FKN

1fkn


解像度: 3.1→24.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3297744.17 / Data cutoff high rms absF: 3297744.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3795 10 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all-39813 --
obs-38029 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.202085 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.07 Å2-4.66 Å20 Å2
2---8.07 Å20 Å2
3---16.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.39 Å
Luzzati d res low-25 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11572 0 152 134 11858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 612 9.6 %
Rwork0.326 5735 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide.param
X-RAY DIFFRACTION3inh.parinh.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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