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- EMDB-29406: Pseudomonas phage E217 5-fold vertex (capsid and decorating proteins) -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Pseudomonas phage E217 5-fold vertex (capsid and decorating proteins) | |||||||||
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![]() | Pseudomonas / phage / E217 / VIRUS / capsid / decorating proteins | |||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF2184 / Major capsid protein / Capsid and scaffold protein / Virion protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||
![]() | Li F / Cingolani G / Hou C | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217. 著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani / ![]() ![]() 要旨: E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 407.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 956.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 411.7 MB 411.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29406_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29406_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage vB_PaeM_E217
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217
超分子 | 名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2034346 / 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Major structural protein
分子 | 名称: Major structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 34.735047 KDa |
配列 | 文字列: NFTAPVTTPS IPTPIQFLQT WLPGFVKVMT AARKIDEIIG IDTVGSWEDQ EIVQGIVEPA GTAVEYGDHT NIPLTSWNAN FERRTIVRG ELGMMVGTLE EGRASAIRLN SAETKRQQAA IGLETFRNAI GFYGWQSGLG NRTYGFLNDP NLPAFQTPPS Q GWSTADWA ...文字列: NFTAPVTTPS IPTPIQFLQT WLPGFVKVMT AARKIDEIIG IDTVGSWEDQ EIVQGIVEPA GTAVEYGDHT NIPLTSWNAN FERRTIVRG ELGMMVGTLE EGRASAIRLN SAETKRQQAA IGLETFRNAI GFYGWQSGLG NRTYGFLNDP NLPAFQTPPS Q GWSTADWA GIIGDIREAV RQLRIQSQDQ IDPKAEKITL ALATSKVDYL SVTTPYGISV SDWIEQTYPK MRIVSAPELS GV QMKNQEP EDALVLFVED VNAAVDGSTD GGSVFSQLVQ SKFITLGVEK RAKSYVEDFS NGTAGALCKR PWAVVRYLGI UniProtKB: Capsid and scaffold protein |
-分子 #2: Structural protein gp24
分子 | 名称: Structural protein gp24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 21.610312 KDa |
配列 | 文字列: MFQKQVYRQY TPGFPGDLIE DGPKRARPGR IMSLSAVNPA ATATGPNRAS RAFGYAGDVS ALGEGQPKTI AARASEVVIG GANFFGVLG HPKHYALFGS AGDSLAPSYD LPDGAEGEFF DMATGLVVEI FNGAAAALDL DYGDLVAYVP NNLATADDAL G LPAGALVG ...文字列: MFQKQVYRQY TPGFPGDLIE DGPKRARPGR IMSLSAVNPA ATATGPNRAS RAFGYAGDVS ALGEGQPKTI AARASEVVIG GANFFGVLG HPKHYALFGS AGDSLAPSYD LPDGAEGEFF DMATGLVVEI FNGAAAALDL DYGDLVAYVP NNLATADDAL G LPAGALVG FKTGSMPTGL VQIPNARIVN AISLPAQSAG NLVAGVTIVQ LTQ UniProtKB: Virion protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |