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万見
- EMDB-2705: A structural model of the active ribosome-bound membrane protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2705
タイトルA structural model of the active ribosome-bound membrane protein insertase YidC
マップデータCryo-em reconstruction of YidC bound a ribosome nascent chain complex
試料
  • 試料: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)
  • 複合体: Ribosome nascent chain complex
  • タンパク質・ペプチド: YidC
キーワードribosome / YidC / protein translocation / bioinformatics / MD simulation / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex / protein insertion into membrane / proton motive force-driven ATP synthesis / : / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex / protein insertion into membrane / proton motive force-driven ATP synthesis / : / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / protein folding / protein-containing complex assembly / lipid binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / Membrane insertase YidC / : / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C ...Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / Membrane insertase YidC / : / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein insertase YidC / ATP synthase subunit c
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Wickles S / Singharoy A / Andreani J / Seemayer S / Bischoff L / Berninghausen O / Soeding J / Schulten K / van der Sluis EO / Beckmann R
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: A structural model of the active ribosome-bound membrane protein insertase YidC.
著者: Stephan Wickles / Abhishek Singharoy / Jessica Andreani / Stefan Seemayer / Lukas Bischoff / Otto Berninghausen / Johannes Soeding / Klaus Schulten / Eli O van der Sluis / Roland Beckmann /
要旨: The integration of most membrane proteins into the cytoplasmic membrane of bacteria occurs co-translationally. The universally conserved YidC protein mediates this process either individually as a ...The integration of most membrane proteins into the cytoplasmic membrane of bacteria occurs co-translationally. The universally conserved YidC protein mediates this process either individually as a membrane protein insertase, or in concert with the SecY complex. Here, we present a structural model of YidC based on evolutionary co-variation analysis, lipid-versus-protein-exposure and molecular dynamics simulations. The model suggests a distinctive arrangement of the conserved five transmembrane domains and a helical hairpin between transmembrane segment 2 (TM2) and TM3 on the cytoplasmic membrane surface. The model was used for docking into a cryo-electron microscopy reconstruction of a translating YidC-ribosome complex carrying the YidC substrate FOc. This structure reveals how a single copy of YidC interacts with the ribosome at the ribosomal tunnel exit and identifies a site for membrane protein insertion at the YidC protein-lipid interface. Together, these data suggest a mechanism for the co-translational mode of YidC-mediated membrane protein insertion.
履歴
登録2014年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月23日-
マップ公開2014年7月23日-
更新2014年8月27日-
現状2014年8月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-4utq
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4utq
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4utq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-em reconstruction of YidC bound a ribosome nascent chain complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 368 pix.
= 380.88 Å		1.04 Å/pix.
x 368 pix.
= 380.88 Å		1.04 Å/pix.
x 368 pix.
= 380.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.035 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.25 / ムービー #1: 0.35
最小 - 最大-0.53752744 - 1.26601863
平均 (標準偏差)0.00298494 (±0.13338423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 380.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0351.0351.035
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.880380.880380.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.5381.2660.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)

全体名称: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)
要素
  • 試料: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)
  • 複合体: Ribosome nascent chain complex
  • タンパク質・ペプチド: YidC

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超分子 #1000: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)

超分子名称: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Ribosome nascent chain complex

超分子名称: Ribosome nascent chain complex / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: YidC

分子名称: YidC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年6月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 9999 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Defocus group
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 58960

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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