[日本語] English
万見
- EMDB-26439: Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26439
タイトルTranscription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex
    • DNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA polymerase / DNA Binding / transcription / Q-dependent antitermination / Q antitermination factor / GENE REGULATION / TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / translation elongation factor activity / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex ...submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / translation elongation factor activity / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription antitermination / cell motility / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / nucleotide binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain ...Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Type-1 KH domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Helix-hairpin-helix domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / S1 domain profile. / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitermination protein / Transcription termination/antitermination protein NusA / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma factor RpoD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage Lambda (λファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Yin Z / Ebright RH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM041376 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: In transcription antitermination by Qλ, NusA induces refolding of Qλ to form a nozzle that extends the RNA polymerase RNA-exit channel.
著者: Zhou Yin / Jeremy G Bird / Jason T Kaelber / Bryce E Nickels / Richard H Ebright /
要旨: Lambdoid bacteriophage Q proteins are transcription antipausing and antitermination factors that enable RNA polymerase (RNAP) to read through pause and termination sites. Q proteins load onto RNAP ...Lambdoid bacteriophage Q proteins are transcription antipausing and antitermination factors that enable RNA polymerase (RNAP) to read through pause and termination sites. Q proteins load onto RNAP engaged in promoter-proximal pausing at a Q binding element (QBE) and adjacent sigma-dependent pause element to yield a Q-loading complex, and they translocate with RNAP as a pausing-deficient, termination-deficient Q-loaded complex. In previous work, we showed that the Q protein of bacteriophage 21 (Q21) functions by forming a nozzle that narrows and extends the RNAP RNA-exit channel, preventing formation of pause and termination RNA hairpins. Here, we report atomic structures of four states on the pathway of antitermination by the Q protein of bacteriophage λ (Qλ), a Q protein that shows no sequence similarity to Q21 and that, unlike Q21, requires the transcription elongation factor NusA for efficient antipausing and antitermination. We report structures of Qλ, the Qλ-QBE complex, the NusA-free pre-engaged Qλ-loading complex, and the NusA-containing engaged Qλ-loading complex. The results show that Qλ, like Q21, forms a nozzle that narrows and extends the RNAP RNA-exit channel, preventing formation of RNA hairpins. However, the results show that Qλ has no three-dimensional structural similarity to Q21, employs a different mechanism of QBE recognition than Q21, and employs a more complex process for loading onto RNAP than Q21, involving recruitment of Qλ to form a pre-engaged loading complex, followed by NusA-facilitated refolding of Qλ to form an engaged loading complex. The results establish that Qλ and Q21 are not structural homologs and are solely functional analogs.
履歴
登録2022年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26439.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 262.144 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 262.144 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 262.144 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.024 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0402
最小 - 最大-0.11383765 - 0.22588174
平均 (標準偏差)0.000452148 (±0.008473982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 262.144 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26439_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26439_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" ...

全体名称: Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex
要素
  • 複合体: Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex
    • DNA: DNA (53-MER)
    • DNA: DNA (52-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • タンパク質・ペプチド: Transcription termination/antitermination protein NusA
    • タンパク質・ペプチド: Antitermination protein
    • RNA: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" ...

超分子名称: Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 550 KDa

+
分子 #1: DNA (53-MER)

分子名称: DNA (53-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 18.933164 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG) (DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG) (DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA) (DG)

+
分子 #2: DNA (52-MER)

分子名称: DNA (52-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 18.600982 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA) (DG)

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150.820875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 158.314891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDNELERRAS ENLYFQGHHH HHHHHHH

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #7: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 71.912906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGHMEQNPQ SQLKLLVTRG KEQGYLTYAE VNDHLPEDIV DSDQIEDIIQ MINDMGIQVM EEAPDADDLM LAENTADED AAEAAAQVLS SVESEIGRTT DPVRMYMREM GTVELLTREG EIDIAKRIED GINQVQCSVA EYPEAITYLL E QYDRVEAE ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGHMEQNPQ SQLKLLVTRG KEQGYLTYAE VNDHLPEDIV DSDQIEDIIQ MINDMGIQVM EEAPDADDLM LAENTADED AAEAAAQVLS SVESEIGRTT DPVRMYMREM GTVELLTREG EIDIAKRIED GINQVQCSVA EYPEAITYLL E QYDRVEAE EARLSDLITG FVDPNAEEDL APTATHVGSE LSQEDLDDDE DEDEEDGDDD SADDDNSIDP ELAREKFAEL RA QYVVTRD TIKAKGRSHA TAQEEILKLS EVFKQFRLVP KQFDYLVNSM RVMMDRVRTQ ERLIMKLCVE QCKMPKKNFI TLF TGNETS DTWFNAAIAM NKPWSEKLHD VSEEVHRALQ KLQQIEEETG LTIEQVKDIN RRMSIGEAKA RRAKKEMVEA NLRL VISIA KKYTNRGLQF LDLIQEGNIG LMKAVDKFEY RRGYKFSTYA TWWIRQAITR SIADQARTIR IPVHMIETIN KLNRI SRQM LQEMGREPTP EELAERMLMP EDKIRKVLKI AKEPISMETP IGDDEDSHLG DFIEDTTLEL PLDSATTESL RAATHD VLA GLTAREAKVL RMRFGIDMNT DYTLEEVGKQ FDVTRERIRQ IEAKALRKLR HPSRSEVLRS FLDD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD

+
分子 #8: Transcription termination/antitermination protein NusA

分子名称: Transcription termination/antitermination protein NusA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 57.104047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MNKEILAVVE AVSNEKALPR EKIFEALESA LATATKKKYE QEIDVRVQID RKSGDFDTFR RWLVVDEVT QPTKEITLEA ARYEDESLNL GDYVEDQIES VTFDRITTQT AKQVIVQKVR EAERAMVVDQ FREHEGEIIT G VVKKVNRD ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MNKEILAVVE AVSNEKALPR EKIFEALESA LATATKKKYE QEIDVRVQID RKSGDFDTFR RWLVVDEVT QPTKEITLEA ARYEDESLNL GDYVEDQIES VTFDRITTQT AKQVIVQKVR EAERAMVVDQ FREHEGEIIT G VVKKVNRD NISLDLGNNA EAVILREDML PRENFRPGDR VRGVLYSVRP EARGAQLFVT RSKPEMLIEL FRIEVPEIGE EV IEIKAAA RDPGSRAKIA VKTNDKRIDP VGACVGMRGA RVQAVSTELG GERIDIVLWD DNPAQFVINA MAPADVASIV VDE DKHTMD IAVEAGNLAQ AIGRNGQNVR LASQLSGWEL NVMTVDDLQA KHQAEAHAAI DTFTKYLDID EDFATVLVEE GFST LEELA YVPMKELLEI EGLDEPTVEA LRERAKNALA TIAQAQEESL GDNKPADDLL NLEGVDRDLA FKLAARGVCT LEDLA EQGI DDLADIEGLT DEKAGALIMA ARNICWFGDE A

UniProtKB: Transcription termination/antitermination protein NusA

+
分子 #9: Antitermination protein

分子名称: Antitermination protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.505967 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRLESVAKFH SPKSPMMSDS PRATASDSLS GTDVMAAMGM AQSQAGFGMA AFCGKHELSQ NDKQKAINYL MQFAHKVSGK YRGVAKLEG NTKAKVLQVL ATFAYADYCR SAATPGARCR DCHGTGRAVD IAKTELWGRV VEKECGRCKG VGYSRMPASA A YRAVTMLI ...文字列:
MRLESVAKFH SPKSPMMSDS PRATASDSLS GTDVMAAMGM AQSQAGFGMA AFCGKHELSQ NDKQKAINYL MQFAHKVSGK YRGVAKLEG NTKAKVLQVL ATFAYADYCR SAATPGARCR DCHGTGRAVD IAKTELWGRV VEKECGRCKG VGYSRMPASA A YRAVTMLI PNLTQPTWSR TVKPLYDALV VQCHKEESIA DNILNAVTR

UniProtKB: Antitermination protein

+
分子 #10: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 3.626226 KDa
配列文字列:
UGGGAGAGGU A

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度9 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
100.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMDTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1643 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 511891
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6alf

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 12391
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 10000 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5lm7

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5lm9

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1lb2

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4yln

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 100 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ubn:
Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る