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- PDB-1lb2: Structure of the E. coli alpha C-terminal domain of RNA polymeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lb2
タイトルStructure of the E. coli alpha C-terminal domain of RNA polymerase in complex with CAP and DNA
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3'
  • CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN
  • DNA-directed RNA polymerase alpha chain
キーワードGENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / GENE-REGULATORY / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / cAMP binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA polymerase; domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Benoff, B. / Yang, H. / Lawson, C.L. / Parkinson, G. / Liu, J. / Blatter, E. / Ebright, Y.W. / Berman, H.M. / Ebright, R.H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Structural basis of transcription activation: the CAP-alpha CTD-DNA complex.
著者: Benoff, B. / Yang, H. / Lawson, C.L. / Parkinson, G. / Liu, J. / Blatter, E. / Ebright, Y.W. / Berman, H.M. / Ebright, R.H.
履歴
登録2002年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3'
J: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
E: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0996
ポリマ－55,7705
非ポリマー3291
水57632
1
K: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3'
J: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
E: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
ヘテロ分子

K: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3'
J: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
E: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,19812
ポリマ－111,53910
非ポリマー6582
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.970, 175.970, 158.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 KJ

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3'


分子量: 6088.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 7409.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ABE

#3: タンパク質 CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / CAP / cAMP receptor protein / cAMP-regulatory protein


分子量: 23541.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase alpha chain / Transcriptase alpha chain / RNA polymerase alpha subunit


分子量: 9364.795 Da / 分子数: 2 / Fragment: alpha CTD, alpha Carboxy terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 2種, 33分子

#5: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NaCl, NaAcetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2Na(C2H3O2)11
3NaCl12
4Na(C2H3O2)12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 4.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1-0.2 mMCAP1drop
20.2-0.4 mMalpha-CTD1drop
30.1-0.3 mMDNA1drop
40.8 mMcAMP1drop
650 mMsodium acetate1reservoirpH4.5
7250 mM1reservoirNaCl
5reservoir1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 23331 / Num. obs: 23331 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 81.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 38.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 88 % / Num. measured all: 332877

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換, フーリエ合成
開始モデル: 2CGP

2cgp


解像度: 3.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2304 9.9 %random
Rwork0.211 ---
all-23331 --
obs-23331 87.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 47.7314 Å2 / ksol: 0.272486 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 104.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.45 Å217.05 Å20 Å2
2--16.45 Å20 Å2
3----32.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.79 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2663 896 22 32 3613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.03
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 182 9.6 %
Rwork0.448 1705 -
obs--43.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein_rep.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3cmp.paramcmp.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater_rep.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.03

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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