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万見
- EMDB-2625: Negative stain reconstruction of 8ANC195 Fab in complex with BG50... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2625
タイトルNegative stain reconstruction of 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 trimer
マップデータReconstruction of 8ANC195 Fab bound to soluble Env trimer BG505.SOSIP
試料
  • 試料: 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 gp140 trimer
  • タンパク質・ペプチド: Soluble HIV-1 Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Fab 8ANC195
キーワードHIV-1 / broadly neutralizing antibodies / bnAb / 8ANC195 / SOSIP
生物種Human Immunodeficiency Virus-1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.7 Å
データ登録者Lee JH / Scharf L / Bjorkman PJ / Ward AB
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Antibody 8ANC195 reveals a site of broad vulnerability on the HIV-1 envelope spike.
著者: Louise Scharf / Johannes F Scheid / Jeong Hyun Lee / Anthony P West / Courtney Chen / Han Gao / Priyanthi N P Gnanapragasam / René Mares / Michael S Seaman / Andrew B Ward / Michel C ...著者: Louise Scharf / Johannes F Scheid / Jeong Hyun Lee / Anthony P West / Courtney Chen / Han Gao / Priyanthi N P Gnanapragasam / René Mares / Michael S Seaman / Andrew B Ward / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) to HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can prevent infection in animal models. Characterized bNAb targets, although key to vaccine and therapeutic strategies, ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) to HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can prevent infection in animal models. Characterized bNAb targets, although key to vaccine and therapeutic strategies, are currently limited. We defined a new site of vulnerability by solving structures of bNAb 8ANC195 complexed with monomeric gp120 by X-ray crystallography and trimeric Env by electron microscopy. The site includes portions of gp41 and N-linked glycans adjacent to the CD4-binding site on gp120, making 8ANC195 the first donor-derived anti-HIV-1 bNAb with an epitope spanning both Env subunits. Rather than penetrating the glycan shield by using a single variable-region CDR loop, 8ANC195 inserted its entire heavy-chain variable domain into a gap to form a large interface with gp120 glycans and regions of the gp120 inner domain not contacted by other bNAbs. By isolating additional 8ANC195 clonal variants, we identified a more potent variant, which may be valuable for therapeutic approaches using bNAb combinations with nonoverlapping epitopes.
履歴
登録2014年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年5月14日-
マップ公開2014年5月14日-
更新2014年7月9日-
現状2014年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of 8ANC195 Fab bound to soluble Env trimer BG505.SOSIP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0123 / ムービー #1: 0.0123
最小 - 最大-0.01134914 - 0.05044185
平均 (標準偏差)0.00076809 (±0.00487608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0110.0500.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 gp140 trimer

全体名称: 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 gp140 trimer
要素
  • 試料: 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 gp140 trimer
  • タンパク質・ペプチド: Soluble HIV-1 Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Fab 8ANC195

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超分子 #1000: 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 gp140 trimer

超分子名称: 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 gp140 trimer
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Fab binds per gp140 monomer / Number unique components: 2
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Soluble HIV-1 Envelope glycoprotein

分子名称: Soluble HIV-1 Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BG505 SOSIP.664 / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human Immunodeficiency Virus-1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505 / 別称: HIV-1
分子量理論値: 350 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T

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分子 #2: Fab 8ANC195

分子名称: Fab 8ANC195 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed sample stained with 2% UF for 30 seconds
グリッド詳細: 400 mesh Cu with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
温度最高: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected at 52,000x mag
詳細Data collected from 0 to -40 degrees in 10 degree increments
日付2013年5月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 195 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Data collected on CCD
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正詳細: not corrected
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Sparx / 使用した粒子像数: 11637

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4nco


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: E / Chain - #3 - Chain ID: F / Chain - #4 - Chain ID: I / Chain - #5 - Chain ID: J
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The models were fit using the Fit function in Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4p9h


Chain - #0 - Chain ID: G / Chain - #1 - Chain ID: H / Chain - #2 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細This structure was fit by either superimposing the gp120 onto gp120 of the SOSIP trimer, or by using the Fit function in Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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