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タイトルAntibody 8ANC195 reveals a site of broad vulnerability on the HIV-1 envelope spike.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 7, Issue 3, Page 785-795, Year 2014
掲載日2014年5月8日
著者Louise Scharf / Johannes F Scheid / Jeong Hyun Lee / Anthony P West / Courtney Chen / Han Gao / Priyanthi N P Gnanapragasam / René Mares / Michael S Seaman / Andrew B Ward / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) to HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can prevent infection in animal models. Characterized bNAb targets, although key to vaccine and therapeutic strategies, ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) to HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can prevent infection in animal models. Characterized bNAb targets, although key to vaccine and therapeutic strategies, are currently limited. We defined a new site of vulnerability by solving structures of bNAb 8ANC195 complexed with monomeric gp120 by X-ray crystallography and trimeric Env by electron microscopy. The site includes portions of gp41 and N-linked glycans adjacent to the CD4-binding site on gp120, making 8ANC195 the first donor-derived anti-HIV-1 bNAb with an epitope spanning both Env subunits. Rather than penetrating the glycan shield by using a single variable-region CDR loop, 8ANC195 inserted its entire heavy-chain variable domain into a gap to form a large interface with gp120 glycans and regions of the gp120 inner domain not contacted by other bNAbs. By isolating additional 8ANC195 clonal variants, we identified a more potent variant, which may be valuable for therapeutic approaches using bNAb combinations with nonoverlapping epitopes.
リンクCell Rep / PubMed:24767986 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.13 - 18.7 Å
構造データ

EMDB-2625:
Negative stain reconstruction of 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.7 Å

PDB-4p9h:
Crystal structure of 8ANC195 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV-1 and soluble CD4 D1D2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-4p9m:
Crystal structure of 8ANC195 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.13 Å

化合物

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / pH緩衝剤*YM

ChemComp-BEN:
BENZAMIDINE

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Human Immunodeficiency Virus-1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / IG FOLD / ANTI HIV / ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM COMPLEX / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / IMMUNE SYSTEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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