+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23686 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP, or amylin) fibrils seeded by patient extracted fibrils, polymorph 1 | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Cao Q / Boyer DR / Sawaya MR / Eisenberg DS | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of hIAPP fibrils seeded by patient-extracted fibrils reveal new polymorphs and conserved fibril cores. 著者: Qin Cao / David R Boyer / Michael R Sawaya / Romany Abskharon / Lorena Saelices / Binh A Nguyen / Jiahui Lu / Kevin A Murray / Fouad Kandeel / David S Eisenberg / ![]() ![]() 要旨: Amyloidosis of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) is a pathological hallmark of type II diabetes (T2D), an epidemic afflicting nearly 10% of the world's population. To visualize disease-relevant ...Amyloidosis of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) is a pathological hallmark of type II diabetes (T2D), an epidemic afflicting nearly 10% of the world's population. To visualize disease-relevant hIAPP fibrils, we extracted amyloid fibrils from islet cells of a T2D donor and amplified their quantity by seeding synthetic hIAPP. Cryo-EM studies revealed four fibril polymorphic atomic structures. Their resemblance to four unseeded hIAPP fibrils varies from nearly identical (TW3) to non-existent (TW2). The diverse repertoire of hIAPP polymorphs appears to arise from three distinct protofilament cores entwined in different combinations. The structural distinctiveness of TW1, TW2 and TW4 suggests they may be faithful replications of the pathogenic seeds. If so, the structures determined here provide the most direct view yet of hIAPP amyloid fibrils formed during T2D. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 187.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 495 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 494.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7m61MC ![]() 7m62C ![]() 7m64C ![]() 7m65C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 9.9 TB Data #1: Unaligned K3 movies of hIAPP fibrils seeded by disease fibrils [micrographs - multiframe]) |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : hIAPP fibril
全体 | 名称: hIAPP fibril |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: hIAPP fibril
超分子 | 名称: hIAPP fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Synthetic hIAPP seeded by hIAPP fibrils extracted from a patient with Type II Diabetes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Islet amyloid polypeptide
分子 | 名称: Islet amyloid polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.907312 KDa |
配列 | 文字列: KCNTATCATQ RLANFLVHSS NNFGAILSST NVGSNTY(NH2) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 3 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 83 |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-7m61: |