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- EMDB-22992: Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22992
タイトルCryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima
マップデータDensity-modified map made with PHENIX ResolveCryoEM in a 342-pixel box.
試料
  • 複合体: Encapsulin
    • タンパク質・ペプチド: Maritimacin
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: water水
キーワードEncapsulin / HK97 fold / flavin-binding / icosahedral (二十面体) / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / encapsulin nanocompartment / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / タンパク質分解 / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima MSB8 (テルモトガ・マリティマ) / Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Wiryaman TI / Toor N
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM123275 米国
National Institutes of Health/Office of the Director2T32GM007240 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorU24GM129547 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of a thermostable bacterial nanocompartment.
著者: Timothy Wiryaman / Navtej Toor /
要旨: Protein nanocompartments are widespread in bacteria and archaea, but their functions are not yet well understood. Here, the cryo-EM structure of a nanocompartment from the thermophilic bacterium is ...Protein nanocompartments are widespread in bacteria and archaea, but their functions are not yet well understood. Here, the cryo-EM structure of a nanocompartment from the thermophilic bacterium is reported at 2.0 Å resolution. The high resolution of this structure shows that interactions in the E-loop domain may be important for the thermostability of the nanocompartment assembly. Also, the channels at the fivefold axis, threefold axis and dimer interface are assessed for their ability to transport iron. Finally, an unexpected flavin ligand was identified on the exterior of the shell, indicating that this nanocompartment may also play a direct role in iron metabolism.
履歴
登録2020年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kq5
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kq5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22992.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 152.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density-modified map made with PHENIX ResolveCryoEM in a 342-pixel box.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7193 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-13.838706 - 14.340474
平均 (標準偏差)-0.000000000001971 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ342342342
Spacing342342342
セルA=B=C: 246.0006 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.719301169590640.719301169590640.71930116959064
M x/y/z342342342
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.001246.001246.001
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ342342342
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS342342342
D min/max/mean-13.83914.340-0.000

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添付データ

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追加マップ: EM map from RELION Refine3D (note that model...

ファイルemd_22992_additional_1.map
注釈EM map from RELION Refine3D (note that model is placed in a 342-pixel box whereas this map is in a 426-pixel box).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 from RELION Refine3D

ファイルemd_22992_half_map_1.map
注釈Half map 1 from RELION Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 from RELION Refine3D

ファイルemd_22992_half_map_2.map
注釈Half map 2 from RELION Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Encapsulin

全体名称: Encapsulin
要素
  • 複合体: Encapsulin
    • タンパク質・ペプチド: Maritimacin
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Encapsulin

超分子名称: Encapsulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima MSB8 (テルモトガ・マリティマ)
分子量理論値: 1.82868 MDa

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分子 #1: Maritimacin

分子名称: Maritimacin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099
分子量理論値: 30.516787 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEFLKRSFAP LTEKQWQEID NRAREIFKTQ LYGRKFVDVE GPYGWEYAAH PLGEVEVLSD ENEVVKWGLR KSLPLIELRA TFTLDLWEL DNLERGKPNV DLSSLEETVR KVAEFEDEVI FRGCEKSGVK GLLSFEERKI ECGSTPKDLL EAIVRALSIF S KDGIEGPY ...文字列:
MEFLKRSFAP LTEKQWQEID NRAREIFKTQ LYGRKFVDVE GPYGWEYAAH PLGEVEVLSD ENEVVKWGLR KSLPLIELRA TFTLDLWEL DNLERGKPNV DLSSLEETVR KVAEFEDEVI FRGCEKSGVK GLLSFEERKI ECGSTPKDLL EAIVRALSIF S KDGIEGPY TLVINTDRWI NFLKEEAGHY PLEKRVEECL RGGKIITTPR IEDALVVSER GGDFKLILGQ DLSIGYEDRE KD AVRLFIT ETFTFQVVNP EALILLKF

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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分子 #2: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 148 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Plasma cleaned in Gatan Solarus system
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 実像数: 2772 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 33.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 204251 / 詳細: Picked with trained cryolo model
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: RELION InitialModel was used to generate an initial model
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
ソフトウェア - 詳細: RELION 3.1 Class3D was used to assign the initial angles
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
ソフトウェア - 詳細: Relion 3.1 Refine3D was used to for final refinement
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 185459
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3dkt


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 4-269 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Map was cropped to a 342 box size and density modified with PHENIX ResolveCryoEM
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7kq5:
Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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