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- EMDB-22806: Human WLS in complex with WNT8A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22806
タイトルHuman WLS in complex with WNT8A
マップデータDensity modified map
試料
  • 複合体: Complex of WLS/Evi and WNT8A in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-8a
    • タンパク質・ペプチド: Protein wntless homolog
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Wnt protein secretion / neural crest cell fate commitment / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / secondary palate development / cementum mineralization / beta-catenin destruction complex disassembly / hindbrain development ...: / : / Wnt protein secretion / neural crest cell fate commitment / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / secondary palate development / cementum mineralization / beta-catenin destruction complex disassembly / hindbrain development / Wnt-protein binding / exocrine pancreas development / frizzled binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / anterior/posterior axis specification / midbrain development / mesoderm formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / endomembrane system / response to retinoic acid / TCF dependent signaling in response to WNT / cytokine activity / intracellular protein transport / neuron differentiation / trans-Golgi network / Wnt signaling pathway / endocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / collagen-containing extracellular matrix / receptor ligand activity / early endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Wnt-8 protein / Protein Wnt-8A/8C / Protein wntless / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein wntless homolog / Protein Wnt-8a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Nygaard R / Jia Y / Kim J / Ross D / Parisi G / Clarke OB / Virshup DM / Mancia F
資金援助 米国, シンガポール, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
National Research Foundation (NRF, Singapore)MOH-000155 シンガポール
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of WLS/Evi-Mediated Wnt Transport and Secretion.
著者: Rie Nygaard / Jia Yu / Jonathan Kim / Daniel R Ross / Giacomo Parisi / Oliver B Clarke / David M Virshup / Filippo Mancia /
要旨: Wnts are evolutionarily conserved ligands that signal at short range to regulate morphogenesis, cell fate, and stem cell renewal. The first and essential steps in Wnt secretion are their O- ...Wnts are evolutionarily conserved ligands that signal at short range to regulate morphogenesis, cell fate, and stem cell renewal. The first and essential steps in Wnt secretion are their O-palmitoleation and subsequent loading onto the dedicated transporter Wntless/evenness interrupted (WLS/Evi). We report the 3.2 Å resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of palmitoleated human WNT8A in complex with WLS. This is accompanied by biochemical experiments to probe the physiological implications of the observed association. The WLS membrane domain has close structural homology to G protein-coupled receptors (GPCRs). A Wnt hairpin inserts into a conserved hydrophobic cavity in the GPCR-like domain, and the palmitoleate protrudes between two helices into the bilayer. A conformational switch of highly conserved residues on a separate Wnt hairpin might contribute to its transfer to receiving cells. This work provides molecular-level insights into a central mechanism in animal body plan development and stem cell biology.
履歴
登録2020年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月6日-
マップ公開2021年1月6日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.463
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.463
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kc4
  • 表面レベル: 0.463
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22806.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.463 / ムービー #1: 0.463
最小 - 最大-2.3511496 - 4.150369
平均 (標準偏差)-2.5291134e-12 (±0.22323276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ122121175
Spacing121122175
セルA: 100.43 Å / B: 101.259995 Å / C: 145.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z121122175
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z100.430101.260145.250
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS121122175
D min/max/mean-2.3514.150-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22806_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_22806_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Blurred map (B=100)

ファイルemd_22806_additional_1.map
注釈Blurred map (B=100)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_22806_half_map_1.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_22806_half_map_2.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of WLS/Evi and WNT8A in nanodisc

全体名称: Complex of WLS/Evi and WNT8A in nanodisc
要素
  • 複合体: Complex of WLS/Evi and WNT8A in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-8a
    • タンパク質・ペプチド: Protein wntless homolog
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Complex of WLS/Evi and WNT8A in nanodisc

超分子名称: Complex of WLS/Evi and WNT8A in nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Nanodisc were formed using MSP1E3D1 and POPG lipid
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: FreeStyle 293-F Cells
分子量理論値: 105.6 KDa

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分子 #1: Protein Wnt-8a

分子名称: Protein Wnt-8a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.052359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNLFMLWAA LGICCAAFSA SAWSVNNFLI TGPKAYLTYT TSVALGAQSG IEECKFQFAW ERWNCPENAL QLSTHNRLRS ATRETSFIH AISSAGVMYI ITKNCSMGDF ENCGCDGSNN GKTGGHGWIW GGCSDNVEFG ERISKLFVDS LEKGKDARAL M NLHNNRAG ...文字列:
MGNLFMLWAA LGICCAAFSA SAWSVNNFLI TGPKAYLTYT TSVALGAQSG IEECKFQFAW ERWNCPENAL QLSTHNRLRS ATRETSFIH AISSAGVMYI ITKNCSMGDF ENCGCDGSNN GKTGGHGWIW GGCSDNVEFG ERISKLFVDS LEKGKDARAL M NLHNNRAG RLAVRATMKR TCKCHGISGS CSIQTCWLQL AEFREMGDYL KAKYDQALKI EMDKRQLRAG NSAEGHWVPA EA FLPSAEA ELIFLEESPD YCTCNSSLGI YGTEGRECLQ NSHNTSRWER RSCGRLCTEC GLQVEERKTE VISSCNCKFQ WCC TVKCDQ CRHVVSKYYC ARSPGSAQSL GKGSAGGWSH PQFEK

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分子 #2: Protein wntless homolog

分子名称: Protein wntless homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.64943 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK ...文字列:
MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK TPEHEGRYYE CDVLPFMEIG SVAHKFYLLN IRLPVNEKKK INVGIGEIKD IRLVGIHQNG GFTKVWFAMK TF LTPSIFI IMVWYWRRIT MMSRPPVLLE KVIFALGISM TFINIPVEWF SIGFDWTWML LFGDIRQGIF YAMLLSFWII FCG EHMMDQ HERNHIAGYW KQVGPIAVGS FCLFIFDMCE RGVQLTNPFY SIWTTDIGTE LAMAFIIVAG ICLCLYFLFL CFMV FQVFR NISGKQSSLP AMSKVRRLHY EGLIFRFKFL MLITLACAAM TVIFFIVSQV TEGHWKWGGV TVQVNSAFFT GIYGM WNLY VFALMFLYAP SHKNYGEDQS NGDLGVHSGE ELQLTTTITH VDGPTEIYKL TRKEAQEAEN LYFQSHHHHH HHHHHD YKD DDDK

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分子 #5: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #6: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL

分子名称: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: DR9
分子量理論値: 746.991 Da
Chemical component information

ChemComp-DR9:
1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL

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分子 #7: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度名称式
100.0 mMTris
150.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12747 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4415933
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: Patch CTF
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / ソフトウェア - 詳細: Local refinement / 使用した粒子像数: 27288
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4f0a

得られたモデル

PDB-7kc4:
Human WLS in complex with WNT8A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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