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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22656 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AIM2-PYD filament | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of AIM2-PYD filament | |||||||||
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![]() | Inflammasome / AIM2 filament / Helical reconstruction / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / cellular response to interferon-beta / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / brain development / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / site of double-strand break / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / double-stranded DNA binding / defense response to virus / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Zheng W / Matyszewski M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Distinct axial and lateral interactions within homologous filaments dictate the signaling specificity and order of the AIM2-ASC inflammasome. 著者: Mariusz Matyszewski / Weili Zheng / Jacob Lueck / Zachary Mazanek / Naveen Mohideen / Albert Y Lau / Edward H Egelman / Jungsan Sohn / ![]() 要旨: Inflammasomes are filamentous signaling platforms integral to innate immunity. Currently, little is known about how these structurally similar filaments recognize and distinguish one another. A cryo- ...Inflammasomes are filamentous signaling platforms integral to innate immunity. Currently, little is known about how these structurally similar filaments recognize and distinguish one another. A cryo-EM structure of the AIM2 filament reveals that the architecture of the upstream filament is essentially identical to that of the adaptor ASC filament. In silico simulations using Rosetta and molecular dynamics followed by biochemical and cellular experiments consistently demonstrate that individual filaments assemble bidirectionally. By contrast, the recognition between AIM2 and ASC requires at least one to be oligomeric and occurs in a head-to-tail manner. Using in silico mutagenesis as a guide, we also identify specific axial and lateral interfaces that dictate the recognition and distinction between AIM2 and ASC filaments. Together, the results here provide a robust framework for delineating the signaling specificity and order of inflammasomes. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 149.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
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-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 526.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 526.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Cryo-EM structure of AIM2-PYD filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : AIM2-PYD filament
全体 | 名称: AIM2-PYD filament |
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要素 |
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-超分子 #1: AIM2-PYD filament
超分子 | 名称: AIM2-PYD filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Interferon-inducible protein AIM2
分子 | 名称: Interferon-inducible protein AIM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 21 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.528655 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GTGMESKYKE ILLLTGLDNI TDEELDRFKF FLSDEFNIAT GKLHTANRIQ VATLMIQNAG AVSAVMKTIR IFQKLNYMLL AKRLQEEKE KVDKQYKSVT KPKPLSQAEM SPAASAAIRN D UniProtKB: Interferon-inducible protein AIM2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 14.0 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 53.3 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 99237 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |