+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22529 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Osmoporin OmpC from E.coli K12 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Osmoporin OmpC / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Lyu M / Su C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021 タイトル: A 'Build and Retrieve' methodology to simultaneously solve cryo-EM structures of membrane proteins. 著者: Chih-Chia Su / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Jani Reddy Bolla / Carol V Robinson / Edward W Yu / 要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein samples hampers the progress of their structural determination. Here, we develop a bottom-up iterative method, Build and Retrieve (BaR), that enables the identification and determination of cryo-EM structures of a variety of inner and outer membrane proteins, including membrane protein complexes of different sizes and dimensions, from a heterogeneous, impure protein sample. We also use the BaR methodology to elucidate structural information from Escherichia coli K12 crude membrane and raw lysate. The findings demonstrate that it is possible to solve high-resolution structures of a number of relatively small (<100 kDa) and less abundant (<10%) unidentified membrane proteins within a single, heterogeneous sample. Importantly, these results highlight the potential of cryo-EM for systems structural proteomics. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22529.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-22529-v30.xml emd-22529.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22529.png | 247.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22529.cif.gz | 4.8 KB | ||
その他 | emd_22529_additional_1.map.gz | 154.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22529 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22529 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22529_validation.pdf.gz | 448.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_22529_full_validation.pdf.gz | 448.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22529_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22529_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22529 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22529 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22529.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_22529_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Osmoporin OmpC
全体 | 名称: Osmoporin OmpC |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Osmoporin OmpC
超分子 | 名称: Osmoporin OmpC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
-分子 #1: Outer membrane protein C
分子 | 名称: Outer membrane protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 38.336242 KDa |
配列 | 文字列: AEVYNKDGNK LDLYGKVDGL HYFSDNKDVD GDQTYMRLGF KGETQVTDQL TGYGQWEYQI QGNSAENENN SWTRVAFAGL KFQDVGSFD YGRNYGVVYD VTSWTDVLPE FGGDTYGSDN FMQQRGNGFA TYRNTDFFGL VDGLNFAVQY QGKNGNPSGE G FTSGVTNN ...文字列: AEVYNKDGNK LDLYGKVDGL HYFSDNKDVD GDQTYMRLGF KGETQVTDQL TGYGQWEYQI QGNSAENENN SWTRVAFAGL KFQDVGSFD YGRNYGVVYD VTSWTDVLPE FGGDTYGSDN FMQQRGNGFA TYRNTDFFGL VDGLNFAVQY QGKNGNPSGE G FTSGVTNN GRDALRQNGD GVGGSITYDY EGFGIGGAIS SSKRTDAQNT AAYIGNGDRA ETYTGGLKYD ANNIYLAAQY TQ TYNATRV GSLGWANKAQ NFEAVAQYQF DFGLRPSLAY LQSKGKNLGR GYDDEDILKY VDVGATYYFN KNMSTYVDYK INL LDDNQF TRDAGINTDN IVALGLVYQF UniProtKB: Outer membrane protein C |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 68628 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |