+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22328 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | IgA1 Protease in complex with neutralizing mAb | |||||||||
マップデータ | IgA1 Protease with mAb | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgA-specific metalloendopeptidase / cell wall / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Eisenmesser EZ / Zheng H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Mechanism and inhibition of Streptococcus pneumoniae IgA1 protease. 著者: Zhiming Wang / Jeremy Rahkola / Jasmina S Redzic / Ying-Chih Chi / Norman Tran / Todd Holyoak / Hongjin Zheng / Edward Janoff / Elan Eisenmesser / 要旨: Opportunistic pathogens such as Streptococcus pneumoniae secrete a giant metalloprotease virulence factor responsible for cleaving host IgA1, yet the molecular mechanism has remained unknown since ...Opportunistic pathogens such as Streptococcus pneumoniae secrete a giant metalloprotease virulence factor responsible for cleaving host IgA1, yet the molecular mechanism has remained unknown since their discovery nearly 30 years ago despite the potential for developing vaccines that target these enzymes to block infection. Here we show through a series of cryo-electron microscopy single particle reconstructions how the Streptococcus pneumoniae IgA1 protease facilitates IgA1 substrate recognition and how this can be inhibited. Specifically, the Streptococcus pneumoniae IgA1 protease subscribes to an active-site-gated mechanism where a domain undergoes a 10.0 Å movement to facilitate cleavage. Monoclonal antibody binding inhibits this conformational change, providing a direct means to block infection at the host interface. These structural studies explain decades of biological and biochemical studies and provides a general strategy to block Streptococcus pneumoniae IgA1 protease activity to potentially prevent infection. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22328.map.gz | 122.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-22328-v30.xml emd-22328.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22328.png | 72.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22328 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22328 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22328_validation.pdf.gz | 387.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_22328_full_validation.pdf.gz | 387.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22328_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22328_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22328 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22328 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | IgA1 Protease with mAb | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease
全体 | 名称: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease
超分子 | 名称: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|
-超分子 #2: Immunoglobulin A1 protease
超分子 | 名称: Immunoglobulin A1 protease / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: mAb
超分子 | 名称: mAb / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Immunoglobulin A1 protease
分子 | 名称: Immunoglobulin A1 protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) |
分子量 | 理論値: 145.095812 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: TEPEKKLELR NVSDIELYSQ TNGTYRQHVS LDGIPENTDT YFVKVKSSAF KDVYIPVASI TEEKRNGQSV YKITAKAEKL QQELENKYV DNFTFYLDKK AKEENTNFTS FSNLVKAINQ NPSGTYHLAA SLNANEVELG PDERSYIKDT FTGRLIGEKD G KNYAIYNL ...文字列: TEPEKKLELR NVSDIELYSQ TNGTYRQHVS LDGIPENTDT YFVKVKSSAF KDVYIPVASI TEEKRNGQSV YKITAKAEKL QQELENKYV DNFTFYLDKK AKEENTNFTS FSNLVKAINQ NPSGTYHLAA SLNANEVELG PDERSYIKDT FTGRLIGEKD G KNYAIYNL KKPLFENLSG ATVEKLSLKN VAISGKNDIG SLANEATNGT KIKQVHVDGV LAGERGVGGL LAKADQSSIA ES SFKGRIV NTYETTDAYN IGGLVGHLTG KNASIAKSKA TVTISSNTNR SDQTVGGLAG LVDQDAHIQN SYAEGDINNV KHF GKVAGV AGYLWDRTSG EEKHAGELTN VLSDVNVTNG NAITGYHYTG MKVANTFSSK ANRVFNVTLE KDEVVSKESF EERG TMLDA SQIVSKKAEI NPLTLPTVEP LSTSGKKDSD FSKIAHYQAN RALVYKNIEK LLPFYNKSTI VKYGNLVKEN SLLYQ KELL SAVMMKDDQV ITDIVSNKQT ANKLLLHYND HSSEKFDLKY QTDFANLAEY NLGNTGLLYT PNQFLYDRDS IVKEVL PEL QKLDYQSDAI RKTLGISPEV KLTELYLEDQ FSKTKQNLGD SLKKLLSADA GLASDNSVTR GYLVDKIKNN KEALLLG LT YLERWYNFNY GQVNVKDLVM YHPDFFGKGN TSPLDTLIEL GKSGFNNLLA KNNVDTYGIS LASQHGATDL FSTLEHYR K VFLPNTSNND WFKSETKAYI VEEKSTIEEV KTKQGLAGTK YSIGVYDRIT SATWKYRNMV LPLLTLPERS VFVISTMSS LGFGAYDRYR SSDHKAGKAL NDFVEENARE TAKRQRDHYD YWYRILDEQS REKLYRTILL YDAYKFGDDT TSGKATAEAK FDSSNPAMK NFFGPVGNKV VHNQHGAYAT GDGVYYMSYR MLDKDGAITY THEMTHDSDQ DIYLGGYGRR NGLGPEFFAK G LLQAPDQP SDATITINSI LKHSKSDSTE GSRLQVLDPT ERFQNAADLQ NYVHNMFDLI YMMEYLEGQS IVNKLSVYQK MA ALRKIEN KYVKDPADGN EVYATNVVKE LTEAEARNLN SFESLIDHNI LSAREYQSGD YERNGYYTIK LFAPIYSALS SEK GTPGDL MGRRIAYELL AAKGFKDGMV PYISNQYEED AKQQGQTINL YGKERGLVTD ELVLKKVFDG KYKTWAEFKT AMYQ ERVDQ FGNLKQVTFK DPTKPWPSYG TKTINNVDEL QALMDQAVLK DAEGPRWSNY DPEIDSAVHK LKRAIFKAYL DQTND FRSS IFENKK |
-分子 #2: mAB Light Chain
分子 | 名称: mAB Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.270615 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EEVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSN TSPKLWIYAT SKLASGVPGR FSGSGSGNSY SLTISSMEAE DVATYYCFQ GSGYPFTFGS GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列: EEVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSN TSPKLWIYAT SKLASGVPGR FSGSGSGNSY SLTISSMEAE DVATYYCFQ GSGYPFTFGS GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC |
-分子 #3: mAB Heavy Chain
分子 | 名称: mAB Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.212004 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLQQSGPE LEKPGASMKI SCKASGYSFT GYNMNWVKQS NGKSLEWIGS IDPYTGGSNY NQKFMGKATL TVDKSSSTAY MQLKSLTSE DSAVYYCATV VGRVYAMDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列: EVQLQQSGPE LEKPGASMKI SCKASGYSFT GYNMNWVKQS NGKSLEWIGS IDPYTGGSNY NQKFMGKATL TVDKSSSTAY MQLKSLTSE DSAVYYCATV VGRVYAMDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSET VTCNVAHPAS STKVDKKIVP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 20.0 millimolar / 構成要素 - 名称: HEPES / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4 150 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64968 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |