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万見- EMDB-22305: CryoEM structure of designed helical fusion protein C4_nat_HFuse-7900 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22305 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of designed helical fusion protein C4_nat_HFuse-7900 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | helical bundle / helical repeat / DE NOVO PROTEIN | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Redler RL / Edman NI | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Design of multi-scale protein complexes by hierarchical building block fusion. 著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una ...著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una Nattermann / Evelyn Tsai / Ayesha Saleem / Cameron M Chow / Damian Ekiert / Gira Bhabha / David Veesler / David Baker / 要旨: A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two ...A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two classes of modular building blocks: designed helical repeat proteins (DHRs) and helical bundle oligomers (HBs). We first rigidly fuse DHRs to HBs to generate a large library of oligomeric building blocks. We then generate assemblies with cyclic, dihedral, and point group symmetries from these building blocks using architecture guided rigid helical fusion with new software named WORMS. X-ray crystallography and cryo-electron microscopy characterization show that the hierarchical design approach can accurately generate a wide range of assemblies, including a 43 nm diameter icosahedral nanocage. The computational methods and building block sets described here provide a very general route to de novo designed protein nanomaterials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22305.map.gz | 49.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22305-v30.xml emd-22305.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22305_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22305.png | 11 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22305.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22305 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22305 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22305_validation.pdf.gz | 595.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22305_full_validation.pdf.gz | 594.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22305_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22305_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22305 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22305 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6xssMC 6xh5C 6xi6C 6xnsC 6xt4C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10599 (タイトル: CryoEM map of designed helical fusion protein C4_nat_HF-7900 Data size: 2.0 TB Data #1: Unaligned multiframe movies of C4_nat_HF-7900 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.859 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins
全体 | 名称: Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins |
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要素 |
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-超分子 #1: Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins
超分子 | 名称: Designed fusion of helical bundle and helical repeat proteins タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: C4_nat_HFuse-7900
分子 | 名称: C4_nat_HFuse-7900 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 28.706484 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: ASSWVMLGLL LSLLNRLSLA AEAYKKAIEL DPNDALAWLL LGSVLLLLGR EEEAEEAARK AIELKPEMDS ARRLEGIIEL IRRAREAAE RAQEAAERTG DPRVRELARE LKRLAQEAAE EVRRDPDSKD VNEALKLIVE AIEAAVRALE AAERTGDPEV R ELARELVR ...文字列: ASSWVMLGLL LSLLNRLSLA AEAYKKAIEL DPNDALAWLL LGSVLLLLGR EEEAEEAARK AIELKPEMDS ARRLEGIIEL IRRAREAAE RAQEAAERTG DPRVRELARE LKRLAQEAAE EVRRDPDSKD VNEALKLIVE AIEAAVRALE AAERTGDPEV R ELARELVR LAVEAAEEVQ RNPSSSDVNE ALKLIVEAID AAVRALEAAE KTGDPEVREL ARELVRLAVE AAEEVQRNPS SE EVNEALK DIVKAIQEAV ESL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.05 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |