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- EMDB-22090: Vigna radiata mitochondrial complex I* -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22090
タイトルVigna radiata mitochondrial complex I*
マップデータComposite map of Vigna radiata mitochondrial complex I* from the combination of locally refined maps of the membrane arm and peripheral arm. Composite map was generated using PHENIX.
試料
  • 複合体: Vigna radiata complex I*
    • タンパク質・ペプチド: x 34種
  • リガンド: x 6種
キーワードrespiration / mitochondria / electron transport chain / complex I / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / electron transport coupled proton transport / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding ...photorespiration / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / electron transport coupled proton transport / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / RNA splicing / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / spliceosomal complex / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial membrane / NAD binding / mRNA processing / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / nuclear speck / mRNA binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
At2g27730-like / : / : / : / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / : / Hexapeptide repeat / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit ...At2g27730-like / : / : / : / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / : / Hexapeptide repeat / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Trimeric LpxA-like superfamily / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / : / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / CHCH / CHCH domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein LOC106754061 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial / Serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial ...Uncharacterized protein LOC106754061 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial / Serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106767534 / Uncharacterized protein LOC106768957 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106775330 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ) / Vigna radiata
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Letts JA / Maldonado M
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Atomic structure of a mitochondrial complex I intermediate from vascular plants.
著者: Maria Maldonado / Abhilash Padavannil / Long Zhou / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large ...Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large membrane-protein complexes. Complex I (CI) is the main entry point for electrons into the mETC. For plants, limited availability of mitochondrial material has curbed detailed biochemical and structural studies of their mETC. Here, we present the cryoEM structure of the known CI assembly intermediate CI* from at 3.9 Å resolution. CI* contains CI's NADH-binding and CoQ-binding modules, the proximal-pumping module and the plant-specific γ-carbonic-anhydrase domain (γCA). Our structure reveals significant differences in core and accessory subunits of the plant complex compared to yeast, mammals and bacteria, as well as the details of the γCA domain subunit composition and membrane anchoring. The structure sheds light on differences in CI assembly across lineages and suggests potential physiological roles for CI* beyond assembly.
履歴
登録2020年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x89
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22090.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of Vigna radiata mitochondrial complex I* from the combination of locally refined maps of the membrane arm and peripheral arm. Composite map was generated using PHENIX.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.5 / ムービー #1: 6.5
最小 - 最大-24.127020000000002 - 59.245677999999998
平均 (標準偏差)-0.0004901062 (±1.0816678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.5984 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.833199218750.833199218750.83319921875
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.598426.598426.598
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-24.12759.246-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vigna radiata complex I*

全体名称: Vigna radiata complex I*
要素
  • 複合体: Vigna radiata complex I*
    • タンパク質・ペプチド: Unknown Peptide
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NDUA7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NDUS2
    • タンパク質・ペプチド: NDUS3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NU1M
    • タンパク質・ペプチド: NU2M
    • タンパク質・ペプチド: NU3M
    • タンパク質・ペプチド: NU4L
    • タンパク質・ペプチド: NU6M
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: uncharacterized protein LOC106754061
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
    • タンパク質・ペプチド: Unknown Peptide
    • タンパク質・ペプチド: Unknown Peptide
    • タンパク質・ペプチド: NDUC2
    • タンパク質・ペプチド: Protein At2g27730, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2
    • タンパク質・ペプチド: NDUX1
    • タンパク質・ペプチド: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like
    • タンパク質・ペプチド: gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

+
超分子 #1: Vigna radiata complex I*

超分子名称: Vigna radiata complex I* / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#34
詳細: Complex I 800 kDa assembly intermediate (complex I*)
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 800 KDa

+
分子 #1: Unknown Peptide

分子名称: Unknown Peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 1.549902 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 10.884632 KDa
配列文字列:
MAWRGQLSKN IKELRFLMCQ SSSASASARA FVEKNYKELK TLNPKLPILI RECSGVEPQL WARYDLGVEK AIKLEGLSEA QISKALEDL AKAGQSSKA

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

+
分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 18.977604 KDa
配列文字列:
MFLRAVARPL MAKVKASTGI VGLEVVPNAR EVLIGLYSKT LKEIQKVPED EGYRKAVESF TKHRLSVCKE EEDWEAIEKR LGCGQVEEL IEEAQDELKL ISYMIEWDPW GVPDDYECEV IENDAPVPKH VPLHRPPPLP TEFHKTLEAL SSQSGKDIPG A SSTESPSK T

UniProtKB: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 14.920034 KDa
配列文字列:
MASALRNVKV LPNSASVEEA RQRVFDFFRA TCRSLPSVME IYNLYDVTSV AQLRSTVASE IRKNIGVSDP KVIDMLLFKG MEELMNVVN HSKQRHHIIG QYVVGQQGQV QDSASKDPAI SPFLKNFYSS NYF

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

+
分子 #5: NDUA7

分子名称: NDUA7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 14.356376 KDa
配列文字列:
MAKSASNSLV QTLKRYIKKP WEITGPCADP EYRSAVPLAT EYRLQCPATT KEKPCIPNSL PETVYDIKYF SRDQRRNRPP IRRTVLKKA DVEKLAKEQT FAVSDFPPVY LNSAVEEDIN AIGGGYQG

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC106768957

+
分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 43.781504 KDa
配列文字列: MQTIARRLGH QSLKSSTSIR AIYPISDHHY VADHQRYVST IATKGVGHLV RKGTGGRSSV SGIIATVFGA TGFLGRYVVQ QLAKMGSQV LVPFRGSEDC PRHLKLMGDL GQIVPMKYNP RDESSVKAVM AKANVVINLI GRDYETRNYS FEEVHYHMAE N LAKISREH ...文字列:
MQTIARRLGH QSLKSSTSIR AIYPISDHHY VADHQRYVST IATKGVGHLV RKGTGGRSSV SGIIATVFGA TGFLGRYVVQ QLAKMGSQV LVPFRGSEDC PRHLKLMGDL GQIVPMKYNP RDESSVKAVM AKANVVINLI GRDYETRNYS FEEVHYHMAE N LAKISREH GGILRFIQVS CLGASPSSPS RMLRAKAAAE EVVLRELPEA TILKPAVMIG TEDRILNPWA HFAKKYGFIP LF GNGSTKI QPVYVVDVAA ALTTVLKDDG TSMGKTYELG GPEIFTVHDL AELMYETIRE WPRYVKVPFP IAKALATPRE ILL NKVPFP LPTPEILNLD KIQALTTDTI VSENALTFND LGIIPHKLKG YPVEFLISYR KGGPQFGSTI SERVTPDAWP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 18.192482 KDa
配列文字列:
MASVVKNVLK SIREKGFGTF LRELKDEGYL RCLPDGNLLQ TKIHNIGATL VGVDKFGNKY YEKLGDTQYG RHRWVEYAEK SRYNASQVP PEWHGWLHFI TDHTGDELLL LKPKRYGVEH KENLSGEGEQ YIYHSKGHAL NPGQRDWTRY QPWESKA

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

+
分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 81.434219 KDa
配列文字列: MGFGLLASKA LRPTSRLLLS SQNPTIFLRT IVSKPQLCNP EASAAQPAQP PPVDLPPRSP LAGARVHFAN PDDAIEVFVD GYPVKIPKG MTVLQACEVA GVDIPRFCYH SRLSIAGNCR MCLVEVEKSP KPVASCAMPA LPGMKIKTDT PVAKKAREGV M EFLLMNHP ...文字列:
MGFGLLASKA LRPTSRLLLS SQNPTIFLRT IVSKPQLCNP EASAAQPAQP PPVDLPPRSP LAGARVHFAN PDDAIEVFVD GYPVKIPKG MTVLQACEVA GVDIPRFCYH SRLSIAGNCR MCLVEVEKSP KPVASCAMPA LPGMKIKTDT PVAKKAREGV M EFLLMNHP LDCPICDQGG ECDLQDQSMA FGSDRGRFTE VKRSVVDKNL GPLVKTVMTR CIQCTRCVRF ATEVAGVQDL GM LGRGSGE EIGTYVEKLL TSELSGNVID ICPVGALTSK PFAFKARNWE LKGTETIDVT DAVGSNIRID SRGPEVMRIV PRL NEDINE EWISDKTRFC YDGLKRQRLN DPMIRGPDGR FKAVNWRDAL SVIADIAHQV KPEEIVGVAG KLSDAESMIA LKDF LNRMG SNDVWGEGIG VNTNADFRSG YIMNTSIAGL EKADVFLLVG TQPRVEAAMV NARIRKTVRS NQAKVGYIGP ATDFN YDHK HLGTDPQTLV EIAEGRHPFF KTLSDAKNPV IIVGAGVFER KDQDAIFAAV ETIAQKANVV RPDWNGLNVL LLHAAQ AAA LDLGLVPQSE KSLESAKFVY LMGADDVNLD KIPDDAFVVY QGHHGDKSVY RANVILPTAA FSEKEGTYQN TEGCTQQ TL PAVPTVGDSR DDWKIIRALS EVAGVRLPYD TIGAVRARIR NVAPNLVNVD EREPATLPSS LRPSFTQKVD TTPFGTVI E NFYMTDAITR ASKIMAQCSA TLLKK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial

+
分子 #9: NDUS2

分子名称: NDUS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 44.813281 KDa
配列文字列: MTTRNGQIKN FTSNFGPQHP AAHGVLRSVL EMNGEVVERA EPHIGLLHRG TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSTMAQEH AYSLAVERL LNCEVPLRAQ YIRVLFCEIT RILNHLLALT THAMDVGAST PSLWAFEERE KLLEFYERVS GARMHASFIR P GGVAQDLP ...文字列:
MTTRNGQIKN FTSNFGPQHP AAHGVLRSVL EMNGEVVERA EPHIGLLHRG TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSTMAQEH AYSLAVERL LNCEVPLRAQ YIRVLFCEIT RILNHLLALT THAMDVGAST PSLWAFEERE KLLEFYERVS GARMHASFIR P GGVAQDLP LGLCRDIDSF TQQFASRIDE LEEMLTGNRI WKQRLVDIGT VTAQQAKDWG FSGVMLRGPG VCWDLRRAAP YD VYDQLDF DVPVGTRGDC YDRYCIRIEE MRQSMRIIWQ CPNKIPSGMI KADDRKLCPP SRCRMKLSME SSIHHFELYT EGF SVPAPS TYTAVEAPKG EFGVFLVSNG SNRPYRCKIR APGFAHLQGL DFMSKHHMLA DVVTIIGTQD IVSGEVDR

+
分子 #10: NDUS3

分子名称: NDUS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 22.806779 KDa
配列文字列: MDNQSIFKYS WETLPKKWVK KMERSEHGNR FDTKTDYLFQ LLCFLKLHTY TRVQVLIDIC GVDYPSRKRR FEVVYNLLST RYNSRIRVQ TSADEVTRIS SVVSLFPSAG WWEREVWDMF GVSSINHPDL RRILTDYGFE GHPLRKDFPL SGYVEVRYDD P EKRVVSEP ...文字列:
MDNQSIFKYS WETLPKKWVK KMERSEHGNR FDTKTDYLFQ LLCFLKLHTY TRVQVLIDIC GVDYPSRKRR FEVVYNLLST RYNSRIRVQ TSADEVTRIS SVVSLFPSAG WWEREVWDMF GVSSINHPDL RRILTDYGFE GHPLRKDFPL SGYVEVRYDD P EKRVVSEP IEMTQEFRYF DFASPWEQRS DG

+
分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 16.435736 KDa
配列文字列:
MANTLQRALR ATMARRFSTQ ALVETKPGEI GMVSGIPQEH LRRRVVIYSP ARTASQQGSG KVGRWKINFL STQKWENPLM GWTSTGDPY AHVGDSALTF DSAEAAKAFA EKHGWEYSVK KRHTPLLKVK SYADNFKWKG FPKPAEE

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 11.582296 KDa
配列文字列:
MASSVLRNLM RFSSPRNTST RSFSLVTSQI SNHTAKWMQD TSKKSPMELI NEVPPIKVEG RIVACEGDTN PALGHPIEFI CLDLPEPAV CKYCGLRYVQ DHHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

+
分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 23.710473 KDa
配列文字列: MALLSRASSR IYQVHSYQRA LSLHTTLPAL NASTSTHTPT PYAPPPPPSA SSPVGVSKAA EFVISKVDDL MNWARRGSIW PMTFGLACC AVEMMHTGAA RYDLDRFGII FRPSPRQSDC MIVAGTLTNK MAPALRKVYD QMPEPRWVIS MGSCANGGGY Y HYSYSVVR ...文字列:
MALLSRASSR IYQVHSYQRA LSLHTTLPAL NASTSTHTPT PYAPPPPPSA SSPVGVSKAA EFVISKVDDL MNWARRGSIW PMTFGLACC AVEMMHTGAA RYDLDRFGII FRPSPRQSDC MIVAGTLTNK MAPALRKVYD QMPEPRWVIS MGSCANGGGY Y HYSYSVVR GCDRIVPVDI YVPGCPPTAE ALLYGLLQLQ KKINRRKDFL HWWTK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

+
分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 25.54501 KDa
配列文字列: MAAILARKSL LALRARQLAV SGQGLHSSQS YGLRLSAHSF STKLEDEQRE QLAKEISKDW SSVFERSINT LFLTEMVRGL MLTLKYFFE TKVTINYPFE KGPLSPRFRG EHALRRYPTG EERCIACKLC EAICPAQAIT IEAEEREDGS RRTTRYDIDM T KCIYCGFC ...文字列:
MAAILARKSL LALRARQLAV SGQGLHSSQS YGLRLSAHSF STKLEDEQRE QLAKEISKDW SSVFERSINT LFLTEMVRGL MLTLKYFFE TKVTINYPFE KGPLSPRFRG EHALRRYPTG EERCIACKLC EAICPAQAIT IEAEEREDGS RRTTRYDIDM T KCIYCGFC QEACPVDAIV EGPNFEFATE THEELLYDKE KLLENGDRWE TEIAENLRSE SLYR

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

+
分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 53.817582 KDa
配列文字列: MRGILSLRSA LVQHRSEKLG LGLRQFSTQG ASTPTSPQPP PPPASPQPPP PPPPPEKTHF GGLKDEDRIF TNLYGLHDPF LKGAMKRGD WYRTKDLVIK GTDWIVNEMK KSGLRGRGGA GFPSGLKWSF MPKVSDGRPS YLVVNADESE PGTCKDREIM R HDPHKLLE ...文字列:
MRGILSLRSA LVQHRSEKLG LGLRQFSTQG ASTPTSPQPP PPPASPQPPP PPPPPEKTHF GGLKDEDRIF TNLYGLHDPF LKGAMKRGD WYRTKDLVIK GTDWIVNEMK KSGLRGRGGA GFPSGLKWSF MPKVSDGRPS YLVVNADESE PGTCKDREIM R HDPHKLLE GCLIAGVGMR ATAAYIYIRG EYVNERKNLE KARQEAYAAG LLGKNACGSG YDFDVHIHFG AGAYICGEET AL LESLEGK QGKPRLKPPF PANAGLYGCP TTVTNVETVA VSPTILRRGP EWFAGFGRKN NAGTKLFCVS GHVNKPCTVE EEM SIPLKE LIERHCGGVR GGWDNLLAVI PGGSSVPLLP KSICDDVLMD YDALKAVQSG LGTAAVIVMD KSTDVVDAIA RLSY FYKHE SCGQCTPCRE GTGWLWTIME RMKVGNAKLE EIDMLQELTK QIEGHTICAL GDAAAWPVQG LIRHFRPELE RRIRE NAER ELLQATG

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 27.992949 KDa
配列文字列: MLARLAANRF NEIRHIFRQP SRAFSTALNY HLDSPDNNPN LPWEFTEPNK AKVTEILSHY PSNYKQSAVI PLLDLAQQQH GGWLPVSAM NAVANIIEVP PIRVYEVATF YSMFNRAKVG KYHLLVCGTT PCMIRGSRGI EEALLKHLGV KRNEVTPDGL F SVGEMECM ...文字列:
MLARLAANRF NEIRHIFRQP SRAFSTALNY HLDSPDNNPN LPWEFTEPNK AKVTEILSHY PSNYKQSAVI PLLDLAQQQH GGWLPVSAM NAVANIIEVP PIRVYEVATF YSMFNRAKVG KYHLLVCGTT PCMIRGSRGI EEALLKHLGV KRNEVTPDGL F SVGEMECM GCCVNAPMIT VADYSNGSEG YTYNYYEDVT PEKVVEIVEK LRKGEKPPHG TQNPLRIRSG PEGGNTTLLG EP KPPPCRD LDAC

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

+
分子 #17: NU1M

分子名称: NU1M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 35.651367 KDa
配列文字列: MYIAVPAEIL GIILPLLLGV AFLVLAERKV MAFVQRRKGP DVVGSFGLLQ PLADGLKLIL KEPISPSSAN FSLFRMAPVA TFMLSLVAW AVVPFDYGMV LSDSNIGLLY LFAISSLGVY GIITAGWSSN SKYAFLGALR SAAQMVSYEV SIGLILITVL I CVGSCNLS ...文字列:
MYIAVPAEIL GIILPLLLGV AFLVLAERKV MAFVQRRKGP DVVGSFGLLQ PLADGLKLIL KEPISPSSAN FSLFRMAPVA TFMLSLVAW AVVPFDYGMV LSDSNIGLLY LFAISSLGVY GIITAGWSSN SKYAFLGALR SAAQMVSYEV SIGLILITVL I CVGSCNLS EIVMAQKQIW FGIPLFPVLV MFFISCLAET NRAPFDLPEA EAESVAGYNV EYSSMGSALF FLGEYANMIL MS GLCTSLS LGGWLPILDL PIFKRIPGSI WFSIKVILFL FLYIWVRAAF PRYRYDQLMG LGWKVFLPLS LAWVVAVSGV SVT FPWLP

+
分子 #18: NU2M

分子名称: NU2M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 53.900664 KDa
配列文字列: MFNLFLAVYP EIFIINATFI LLIHGVVFST SKKYDYPPLV SNVGWLGLLS VLITLLLLAA GAPLLTIAHL FRNNLFRRDN FTYFCQILL LLSTAGTISM CFDFFEQERF DAFEFIVLIL LSTCSMLFMI SAYDSIAMYL AIELQSLCFY VMAASKRKSE F STEAGLKY ...文字列:
MFNLFLAVYP EIFIINATFI LLIHGVVFST SKKYDYPPLV SNVGWLGLLS VLITLLLLAA GAPLLTIAHL FRNNLFRRDN FTYFCQILL LLSTAGTISM CFDFFEQERF DAFEFIVLIL LSTCSMLFMI SAYDSIAMYL AIELQSLCFY VMAASKRKSE F STEAGLKY LILGAFSSGI LLFGCSMIYG STGATHFDQL AKILTGYEIT GARSSGIFMG ILFIAVGSLF KITAVPFHMW AP DIYEGSP TPVTAFLSIA PKISIFANIS RVSIYGSYGA TLQQIFCFCS IASMILGALA AMAQTKVKRL LAYSSIGHVG YIC TGFSCG TIEGIQSLLI GIFIYALMTI DAFAIVLALR QTRVKYIADL GALAKTNPIL AITFSITMFS YVGIPPLAGF CSKF YLFFA ALGCGAYFLA PVGVVTSVIG CFYYIRLAKR MFFDTPRTWI LYEPMDRDKS LLLAMTSSFI TLFFPYPSPL FSVTH QMAL SLYL

+
分子 #19: NU3M

分子名称: NU3M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 13.507715 KDa
配列文字列:
MSEFAPICIY LVISLLVSLI LLGLPFLFAS NSSTYPEKLS AYECGFDPFG DARSRFDIRF YLVSILFIIF DPEVTFSFPW AVSLNKIDP FGSWSMMAFL LILTIGSLYE WKRGALDWE

+
分子 #20: NU4L

分子名称: NU4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 11.082356 KDa
配列文字列:
MDPIKYFTFS MIIFILGIRG ILLNRRNILI MLMSIELMLL AVNSNFLVFS VSLDDMMGQS FALLVLTVAA AESAIGLAIF VITFRVRGT IAVEFINSIQ G

+
分子 #21: NU6M

分子名称: NU6M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 23.484178 KDa
配列文字列: MILSVLSSLA LVSGLMVVRA KNPVHSVLFF ILVFCDTSGL LLLLGLDFSA MIFLVVYIGA IAVLFLFVVM MFHIQIAEIH EEVLRYLPV SGIIGLILWW EMFFILDNET IPLLPTQINT TSLIYTVYAG KVRSWTNLET LGNLLYTYYF VWFLVPSLIL L VAMIGAIV ...文字列:
MILSVLSSLA LVSGLMVVRA KNPVHSVLFF ILVFCDTSGL LLLLGLDFSA MIFLVVYIGA IAVLFLFVVM MFHIQIAEIH EEVLRYLPV SGIIGLILWW EMFFILDNET IPLLPTQINT TSLIYTVYAG KVRSWTNLET LGNLLYTYYF VWFLVPSLIL L VAMIGAIV LTMHRTTKVK RQDVFRRNAI DFRRTIMRRT TDPLTID

+
分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 7.357572 KDa
配列文字列:
MNLRWMEAVL PLGIIAGMLC VMGNAQYYIH KAAHGRPKHI GNDLWDVAME RRDKKLHEQA ASSSN

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

+
分子 #23: uncharacterized protein LOC106754061

分子名称: uncharacterized protein LOC106754061 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 6.695044 KDa
配列文字列:
MAVMEKLKMF VVQEPVVAAS CLIAGFGLFL PAVVRPILDS YQATKQPPQP ALSDVVAGMT GKK

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC106754061

+
分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 12.022893 KDa
配列文字列:
MASAVDASGN PIPSSSVLMA SSKHIGIRCH SENLDFLKCK KKDPNPEKCL DKGRDVTRCV LGLLKDLHQK CTKEMDDYVG CMYYHTNEF DLCRKEQQAF EKKCSLE

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B

+
分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 16.1896 KDa
配列文字列:
MTEAYIRNKP GMVSVKDMPV LQDGPPPGGF APVRFARRIP NKGPSAVAIF LAAFGTFSWG MYQVGQGNKI RRALKEEKYA ARRSILPVL QAEEDERFVR EWHKYLAYEA EVMKDVPGWK VGESVYNSGR WVPPASGELR PDIW

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

+
分子 #26: Unknown Peptide

分子名称: Unknown Peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 2.145636 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #27: Unknown Peptide

分子名称: Unknown Peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 3.677524 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #28: NDUC2

分子名称: NDUC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 9.130512 KDa
配列文字列:
MVLSATTIGA LLGLGTQMYS NALRKLPYMR HPWEHVVGMG LGAVFVNQLL KWEAQVEQDL DKMLEKAKAA NERRYIDGDD D

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC106767534

+
分子 #29: Protein At2g27730, mitochondrial

分子名称: Protein At2g27730, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 12.172666 KDa
配列文字列:
MAARVAARYG SRRLFSSGSG KILSEEEKAA ENAYFKKAEQ DKLEKLARKG PQPEASSGGS VIDAKPSGSG HTGASAERVS TDKHRNYAV VAGTITILGA LGWYLKGTAK KPEVQD

UniProtKB: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial

+
分子 #30: serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2

分子名称: serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 45.640945 KDa
配列文字列: MASGWGITGN KGRCYDFWMD FSECMSRCRE PKDCGLLRED YLECLHHSKE FQRRNRIYKE EQRKIRAAAK KAKDDGVVKE HHYLHGNTT DSNPHLSKVK KMSRRSSRTV YVGNLPGDIR EREVEDLFLK YGHITHIDLK VPPRPPGYAF VEFEDAQDAE D AIRGRDGY ...文字列:
MASGWGITGN KGRCYDFWMD FSECMSRCRE PKDCGLLRED YLECLHHSKE FQRRNRIYKE EQRKIRAAAK KAKDDGVVKE HHYLHGNTT DSNPHLSKVK KMSRRSSRTV YVGNLPGDIR EREVEDLFLK YGHITHIDLK VPPRPPGYAF VEFEDAQDAE D AIRGRDGY DFDGHRLRVE PAHGGRGHSS SRDRHSSHSN GRAGRGVSRR SEYRVLVTGL PSSASWQDLK DHMRKAGDVC FS QVFHDGR GTTGIVDYTN YDDMKYAIKK LDDSEFRNAF SKGYVRVREY DSRRDSSRSP SRGPSHSRGR SYSRSRSRSR SYS RDRSQS KSPKGKSSQR SPPAKSPSRS PAARSRSRSR SRSLSGSRSR SRSPLPPRNK SPKRGSASRS PSRSRSRSKS LSR

UniProtKB: Serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2

+
分子 #31: NDUX1

分子名称: NDUX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 10.94954 KDa
配列文字列:
MNTDITASTK PEYPVVDRNP PFTKVVGNFS TLDYLRFVTI TGVSVTVGYL SGIKPGIRGP SMVTGGLIGV MGGFMYAYQN SAGRLMGFF PNDDEVARHN KK

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC106775330

+
分子 #32: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

分子名称: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 29.333197 KDa
配列文字列: MGTLGRAFYA VGFWIRETGQ AIDRLGSRLQ GNYLFQEQLS RHRPLMNLFD KYPSVHKDAF VAPSASLLGD VHVGPASSIW YGCVLRGDV NGIVIGSGTN IQDNSLVHVA KSNLTGKVLP TIIGDNVTVG HSAVLQGCTV EDEAFIGMGA TLLDGVYVEK H AMVAAGAL ...文字列:
MGTLGRAFYA VGFWIRETGQ AIDRLGSRLQ GNYLFQEQLS RHRPLMNLFD KYPSVHKDAF VAPSASLLGD VHVGPASSIW YGCVLRGDV NGIVIGSGTN IQDNSLVHVA KSNLTGKVLP TIIGDNVTVG HSAVLQGCTV EDEAFIGMGA TLLDGVYVEK H AMVAAGAL VRQNTRIPYG EVWGGNPAKF LRKLTEDEMA FFSQSALNYS NLAQAHAAEN AKELEETEFV KVLHKKFAPR GE EYDSILD GGQETPAKLN LQDNVLLDKA PKA

UniProtKB: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

+
分子 #33: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like

分子名称: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata
分子量理論値: 29.780861 KDa
配列文字列: MGTLGRAIYS VGFWIRETGQ AIDRLGSRLQ GGYFFQEQLS RHRTLMNIFD KAPVVDKDVF VAPSASVIGD VQVGRGSSIW YGCVLRGDV NSIRVGSGTN IQDNSLVHVA KSNLSGKVLP TVIGDNVTVG HSAVLHGCTV EDEAFVGMGA VLLDGVVVEK N AMVAAGAL ...文字列:
MGTLGRAIYS VGFWIRETGQ AIDRLGSRLQ GGYFFQEQLS RHRTLMNIFD KAPVVDKDVF VAPSASVIGD VQVGRGSSIW YGCVLRGDV NSIRVGSGTN IQDNSLVHVA KSNLSGKVLP TVIGDNVTVG HSAVLHGCTV EDEAFVGMGA VLLDGVVVEK N AMVAAGAL VRQNTRIPSG EVWAGNPAKF LRKLSNEEIT FISQSAINYT NLAQVHAAEN SKSYDEIEFE KVLRKKYARK DE EYDSMLG VVREIPPELI LPDNVLPDKA EKALQK

UniProtKB: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like

+
分子 #34: gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial

分子名称: gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 28.268359 KDa
配列文字列: MANLARFSKR ALRSAHSLVR HAQSQVQPQL FAEERAFSTE AAKSITPSPD RVKWDYRGQR KIIPLGQWLP KVAVDAYVAP NVVLAGQVT VWDGASVWPG CVLRGDLNKI SIGFCSNVQE RSVLHAAWTS PTGLPADTSI ERYVTIGAYS LLRSCTIEPE C IIGQHSIL ...文字列:
MANLARFSKR ALRSAHSLVR HAQSQVQPQL FAEERAFSTE AAKSITPSPD RVKWDYRGQR KIIPLGQWLP KVAVDAYVAP NVVLAGQVT VWDGASVWPG CVLRGDLNKI SIGFCSNVQE RSVLHAAWTS PTGLPADTSI ERYVTIGAYS LLRSCTIEPE C IIGQHSIL MEGSLVETQS ILEAGSVVPP GRRIPSGELW AGNPARFVRT LTHEEILEIP KLAVAINDLS RDHYSEFLPY ST VYLEVEK FKKSLGISV

UniProtKB: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial

+
分子 #35: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

+
分子 #36: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 6 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #37: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #38: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #39: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #40: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.1 %digitonindigitonin
1.0 mMedtaEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Blotted for 9 seconds at 100% humidity, 15 degrees C..
詳細Extracted from V. radiata mitochondrial membranes with digitonin, exchanged into amphipole A8-35, purified on sucrose gradient.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 86.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 190951
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 34407
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6x89:
Vigna radiata mitochondrial complex I*

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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