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- EMDB-21455: Cryo-EM structure of filamentous PFD from Methanocaldococcus jann... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21455
タイトルCryo-EM structure of filamentous PFD from Methanocaldococcus jannaschii
マップデータCryo-EM structure of filamentous PFD
試料
  • 複合体: Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin
    • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit alpha 2
キーワードhelical symmetry / nanowire (ナノワイヤ) / prefoldin / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


prefoldin complex / unfolded protein binding / フォールディング / regulation of DNA-templated transcription / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Prefoldin alpha-like / Prefoldin alpha subunit, archaea-type / Prefoldin subunit / Prefoldin
類似検索 - ドメイン・相同性
Prefoldin subunit alpha 2
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) / Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Wang F / Chen YX
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-17-1-0451 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-14-1-0350 米国
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2020
タイトル: Structural Determination of a Filamentous Chaperone to Fabricate Electronically Conductive Metalloprotein Nanowires.
著者: Yun X Chen / Nicole L Ing / Fengbin Wang / Dawei Xu / Nancy B Sloan / Nga T Lam / Daniel L Winter / Edward H Egelman / Allon I Hochbaum / Douglas S Clark / Dominic J Glover /
要旨: The transfer of electrons through protein complexes is central to cellular respiration. Exploiting proteins for charge transfer in a controllable fashion has the potential to revolutionize the ...The transfer of electrons through protein complexes is central to cellular respiration. Exploiting proteins for charge transfer in a controllable fashion has the potential to revolutionize the integration of biological systems and electronic devices. Here we characterize the structure of an ultrastable protein filament and engineer the filament subunits to create electronically conductive nanowires under aqueous conditions. Cryoelectron microscopy was used to resolve the helical structure of gamma-prefoldin, a filamentous protein from a hyperthermophilic archaeon. Conjugation of tetra-heme c3-type cytochromes along the longitudinal axis of the filament created nanowires capable of long-range electron transfer. Electrochemical transport measurements indicated networks of the nanowires capable of conducting current between electrodes at the redox potential of the cytochromes. Functionalization of these highly engineerable nanowires with other molecules, such as redox enzymes, may be useful for bioelectronic applications.
履歴
登録2020年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月18日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vy1
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6vy1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21455.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of filamentous PFD
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.04107503 - 0.118998244
平均 (標準偏差)0.00022461686 (±0.0033181484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-192
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 418.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z418.560418.560418.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-192
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0410.1190.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin

全体名称: Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin
要素
  • 複合体: Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin
    • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit alpha 2

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超分子 #1: Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin

超分子名称: Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

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分子 #1: Prefoldin subunit alpha 2

分子名称: Prefoldin subunit alpha 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
分子量理論値: 16.410641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MVNEVIDINE AVRAYIAQIE GLRAEIGRLD ATIATLRQSL ATLKSLKTLG EGKTVLVPVG SIAQVEMKVE KMDKVVVSVG QNISAELEY EEALKYIEDE IKKLLTFRLV LEQAIAELYA KIEDLIAEAQ QTSEEEKAEE EENEEKAE

UniProtKB: Prefoldin subunit alpha 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 18.27 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -48.93 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: d99, model:map FSC and map:map FSC / 使用した粒子像数: 32227

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2zdi


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6vy1:
Cryo-EM structure of filamentous PFD from Methanocaldococcus jannaschii

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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