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万見
- PDB-6vy1: Cryo-EM structure of filamentous PFD from Methanocaldococcus jann... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vy1
タイトルCryo-EM structure of filamentous PFD from Methanocaldococcus jannaschii
要素Prefoldin subunit alpha 2
キーワードPROTEIN FIBRIL / helical symmetry / nanowire / prefoldin
機能・相同性Prefoldin alpha-like / Prefoldin alpha subunit, archaea-type / Prefoldin subunit / prefoldin complex / Prefoldin / unfolded protein binding / protein folding / cytoplasm / Prefoldin subunit alpha 2
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者Wang, F. / Chen, Y.X. / Ing, N.L. / Hochbaum, A.I. / Clark, D.S. / Glover, D.J. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-17-1-0451 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-14-1-0350 米国
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2020
タイトル: Structural Determination of a Filamentous Chaperone to Fabricate Electronically Conductive Metalloprotein Nanowires.
著者: Yun X Chen / Nicole L Ing / Fengbin Wang / Dawei Xu / Nancy B Sloan / Nga T Lam / Daniel L Winter / Edward H Egelman / Allon I Hochbaum / Douglas S Clark / Dominic J Glover /
要旨: The transfer of electrons through protein complexes is central to cellular respiration. Exploiting proteins for charge transfer in a controllable fashion has the potential to revolutionize the ...The transfer of electrons through protein complexes is central to cellular respiration. Exploiting proteins for charge transfer in a controllable fashion has the potential to revolutionize the integration of biological systems and electronic devices. Here we characterize the structure of an ultrastable protein filament and engineer the filament subunits to create electronically conductive nanowires under aqueous conditions. Cryoelectron microscopy was used to resolve the helical structure of gamma-prefoldin, a filamentous protein from a hyperthermophilic archaeon. Conjugation of tetra-heme c3-type cytochromes along the longitudinal axis of the filament created nanowires capable of long-range electron transfer. Electrochemical transport measurements indicated networks of the nanowires capable of conducting current between electrodes at the redox potential of the cytochromes. Functionalization of these highly engineerable nanowires with other molecules, such as redox enzymes, may be useful for bioelectronic applications.
履歴
登録2020年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年5月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年5月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.42025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21455
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21455
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prefoldin subunit alpha 2
B: Prefoldin subunit alpha 2
C: Prefoldin subunit alpha 2
D: Prefoldin subunit alpha 2
E: Prefoldin subunit alpha 2
F: Prefoldin subunit alpha 2
G: Prefoldin subunit alpha 2
a: Prefoldin subunit alpha 2
b: Prefoldin subunit alpha 2
c: Prefoldin subunit alpha 2
d: Prefoldin subunit alpha 2
e: Prefoldin subunit alpha 2
f: Prefoldin subunit alpha 2
g: Prefoldin subunit alpha 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,74914
ポリマ－229,74914
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, helical filament was observed by negative staining and Cryo-EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Prefoldin subunit alpha 2 / GimC subunit alpha 2


分子量: 16410.641 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: pfdA2, MJ0648 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58064
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -48.93 ° / 軸方向距離/サブユニット: 18.27 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 32227 / 詳細: d99, model:map FSC and map:map FSC / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 2ZDI

2zdi


Accession code: 2ZDI / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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