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- EMDB-20693: Adeno-associated virus strain AAVhu.37 capsid icosahedral structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20693
タイトルAdeno-associated virus strain AAVhu.37 capsid icosahedral structure
マップデータicosahedrally-averaged map of AAVhu.37
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
キーワードcapsid / blood-brain barrier penetration / VIRUS
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Kaelber JT / Yost SA
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the AAVhu.37 capsid by cryoelectron microscopy.
著者: Jason T Kaelber / Samantha A Yost / Keith A Webber / Emre Firlar / Ye Liu / Olivier Danos / Andrew C Mercer /
要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) are used as in vivo gene-delivery vectors in gene-therapy products and have been heavily investigated for numerous indications. Over 100 naturally occurring AAV ...Adeno-associated viruses (AAVs) are used as in vivo gene-delivery vectors in gene-therapy products and have been heavily investigated for numerous indications. Over 100 naturally occurring AAV serotypes and variants have been isolated from primate samples. Many reports have described unique properties of these variants (for instance, differences in potency, target cell or evasion of the immune response), despite high amino-acid sequence conservation. AAVhu.37 is of interest for clinical applications owing to its proficient transduction of the liver and central nervous system. The sequence identity of the AAVhu.37 VP1 to the well characterized AAVrh.10 serotype, for which no structure is available, is greater than 98%. Here, the structure of the AAVhu.37 capsid at 2.56 Å resolution obtained via single-particle cryo-electron microscopy is presented.
履歴
登録2019年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u95
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6u95
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20693.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20693.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈icosahedrally-averaged map of AAVhu.37
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.70065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.75 / ムービー #1: 0.75
最小 - 最大-0.7067622 - 1.3878311
平均 (標準偏差)0.043222647 (±0.2187148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-280-280-280
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 392.36398 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.700650.700650.70065
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.364392.364392.364
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ254265109
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-280-280-280
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.7071.3880.043

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_20693_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_20693_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus

全体名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1

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超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Virions containing GFP-encoding ssDNA were assembled in transfected HEK293T helper cells.
NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: hu.37 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 81.528852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AADGYLPDWL EDNLSEGIRE WWDLKPGAPK PKANQQKQDD GRGLVLPGYK YLGPFNGLDK GEPVNAADAA ALEHDKAYDQ QLKAGDNPY LRYNHADAEF QERLQEDTSF GGNLGRAVFQ AKKRVLEPLG LVEEAAKTAP GKKRPVEPSP QRSPDSSTGI G KKGQQPAK ...文字列:
AADGYLPDWL EDNLSEGIRE WWDLKPGAPK PKANQQKQDD GRGLVLPGYK YLGPFNGLDK GEPVNAADAA ALEHDKAYDQ QLKAGDNPY LRYNHADAEF QERLQEDTSF GGNLGRAVFQ AKKRVLEPLG LVEEAAKTAP GKKRPVEPSP QRSPDSSTGI G KKGQQPAK KRLNFGQTGD SESVPDPQPI GEPPAGPSGL GSGTMAAGGG APMADNNEGA DGVGSSSGNW HCDSTWLGDR VI TTSTRTW ALPTYNNHLY KQISNGTSGG STNDNTYFGY STPWGYFDFN RFHCHFSPRD WQRLINNNWG FRPKRLSFKL FNI QVKEVT QNEGTKTIAN NLTSTIQVFT DSEYQLPYVL GSAHQGCLPP FPADVFMIPQ YGYLTLNNGS QAVGRSSFYC LEYF PSQML RTGNNFEFSY TFEDVPFHSS YAHSQSLDRL MNPLIDQYLY YLSRTQSTGG TQGTQQLLFS QAGPANMSAQ AKNWL PGPC YRQQRVSTTL SQNNNSNFAW TGATKYHLNG RDSLVNPGVA MATHKDDEER FFPSSGVLMF GKQGAGRDNV DYSSVM LTS EEEIKTTNPV ATEQYGVVAD NLQQTNTGPI VGNVNSQGAL PGMVWQNRDV YLQGPIWAKI PHTDGNFHPS PLMGGFG LK HPPPQILIKN TPVPADPPTT FSQAKLASFI TQYSTGQVSV EIEWELQKEN SKRWNPEIQY TSNYYKSTNV DFAVNTEG T YSEPRPIGTR YLTRNL

UniProtKB: Capsid protein VP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
9.0 g/LNaClsodium chloride
0.144 g/LKH2PO4potassium phosphate dibasic
0.795 g/LNa2HPO4sodium phosphate monobasic

詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.86 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.037 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Whatman #1 filter paper, 4.5s blot. 3.5 microliters specimen applied..
詳細approx. 7*10^13 genome copies per mL

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系色収差補正装置: none / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 1.31 e/Å2 / 詳細: collected in superresolution mode
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.584 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.535 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 53545
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0)
詳細: 2.8 unmasked, 2.53 masked, 2.56 with noise-substitution ("true FSC"). 2.7 3-bit unmasked.
使用した粒子像数: 41850
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2qa0


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 220-738 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6u95:
Adeno-associated virus strain AAVhu.37 capsid icosahedral structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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