[日本語] English
万見
- EMDB-20610: Atomic-Resolution Cryo-EM Structure of AAV2 VLP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20610
タイトルAtomic-Resolution Cryo-EM Structure of AAV2 VLP
マップデータAAV2 VLP
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
キーワードProtrusion / axes / receptor / pore / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Agbandje-Mckenna M / Bennett A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R01 GM109524 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure comparison of the chimeric AAV2.7m8 vector with parental AAV2.
著者: Antonette Bennett / Annahita Keravala / Victoria Makal / Justin Kurian / Brahim Belbellaa / Rangoli Aeran / Yu-Shan Tseng / Duncan Sousa / John Spear / Mehdi Gasmi / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: The AAV2.7m8 vector is an engineered capsid with a 10-amino acid insertion in adeno-associated virus (AAV) surface variable region VIII (VR-VIII) resulting in the alteration of an antigenic region of ...The AAV2.7m8 vector is an engineered capsid with a 10-amino acid insertion in adeno-associated virus (AAV) surface variable region VIII (VR-VIII) resulting in the alteration of an antigenic region of AAV2 and the ability to efficiently transduce retina cells following intravitreal administration. Directed evolution and in vivo screening in the mouse retina isolated this vector. In the present study, we sought to identify the structural differences between a recombinant AAV2.7m8 (rAAV2.7m8) vector packaging a GFP genome and its parental serotype, AAV2, by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and image reconstruction. The structures of rAAV2.7m8 and AAV2 were determined to 2.91 and 3.02 Å resolution, respectively. The rAAV2.7m8 amino acid side-chains for residues 219-745 (the last C-terminal residue) were interpretable in the density map with the exception of the 10 inserted amino acids. While observable in a low sigma threshold density, side-chains were only resolved at the base of the insertion, likely due to flexibility at the top of the loop. A comparison to parental AAV2 (ordered from residues 217-735) showed the structures to be similar, except at some side-chains that had different orientations and, in VR-VIII containing the 10 amino acid insertion. VR-VIII is part of an AAV2 antigenic epitope, and the difference is consistent with rAAV2.7m8's escape from a known AAV2 monoclonal antibody, C37-B. The observations provide valuable insight into the configuration of inserted surface peptides on the AAV capsid and structural differences to be leveraged for future AAV vector rational design, especially for retargeted tropism and antibody escape.
履歴
登録2019年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u0v
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6u0v
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20610.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 264.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AAV2 VLP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-7.36091 - 14.983236
平均 (標準偏差)-0.000000000087163 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-205-205-205
サイズ411411411
Spacing411411411
セルA=B=C: 374.01 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.910.910.91
M x/y/z411411411
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.010374.010374.010
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-205-205-205
NX/NY/NZ411411411
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-205-205-205
NC/NR/NS411411411
D min/max/mean-7.36114.983-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Adeno-associated virus - 2

全体名称: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1

-
超分子 #1: Adeno-associated virus - 2

超分子名称: Adeno-associated virus - 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10804 / 生物種: Adeno-associated virus - 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
分子量理論値: 4 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 260.0 Å / T番号(三角分割数): 1

-
分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 59.129949 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: NNEGADGVGN SSGNWHCDST WMGDRVITTS TRTWALPTYN NHLYKQISSQ SGASNDNHYF GYSTPWGYFD FNRFHCHFSP RDWQRLINN NWGFRPKRLN FKLFNIQVKE VTQNDGTTTI ANNLTSTVQV FTDSEYQLPY VLGSAHQGCL PPFPADVFMV P QYGYLTLN ...文字列:
NNEGADGVGN SSGNWHCDST WMGDRVITTS TRTWALPTYN NHLYKQISSQ SGASNDNHYF GYSTPWGYFD FNRFHCHFSP RDWQRLINN NWGFRPKRLN FKLFNIQVKE VTQNDGTTTI ANNLTSTVQV FTDSEYQLPY VLGSAHQGCL PPFPADVFMV P QYGYLTLN NGSQAVGRSS FYCLEYFPSQ MLRTGNNFTF SYTFEDVPFH SSYAHSQSLD RLMNPLIDQY LYYLSRTNTP SG TTTQSRL QFSQAGASDI RDQSRNWLPG PCYRQQRVSK TSADNNNSEY SWTGATKYHL NGRDSLVNPG PAMASHKDDE EKF FPQSGV LIFGKQGSEK TNVDIEKVMI TDEEEIRTTN PVATEQYGSV STNLQRGNRQ AATADVNTQG VLPGMVWQDR DVYL QGPIW AKIPHTDGHF HPSPLMGGFG LKHPPPQILI KNTPVPANPS TTFSAAKFAS FITQYSTGQV SVEIEWELQK ENSKR WNPE IQYTSNYNKS VNVDFTVDTN GVYSEPRPIG TRYLTRNL

UniProtKB: Capsid protein VP1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 410 / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 13557
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM / 使用した粒子像数: 6778
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 100
得られたモデル

PDB-6u0v:
Atomic-Resolution Cryo-EM Structure of AAV2 VLP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る