[日本語] English
万見
- EMDB-20273: Negative-stain reconstruction of HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20273
タイトルNegative-stain reconstruction of HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E70 fragment antigen binding
マップデータnegative-stain 3D reconstruction
試料
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E70 fragment antigen binding
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding kappa chain
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Torres JL / Ozorowski G / Andrew AB
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesUM AI100663 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesAI136621 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Vaccination with Glycan-Modified HIV NFL Envelope Trimer-Liposomes Elicits Broadly Neutralizing Antibodies to Multiple Sites of Vulnerability.
著者: Viktoriya Dubrovskaya / Karen Tran / Gabriel Ozorowski / Javier Guenaga / Richard Wilson / Shridhar Bale / Christopher A Cottrell / Hannah L Turner / Gemma Seabright / Sijy O'Dell / Jonathan ...著者: Viktoriya Dubrovskaya / Karen Tran / Gabriel Ozorowski / Javier Guenaga / Richard Wilson / Shridhar Bale / Christopher A Cottrell / Hannah L Turner / Gemma Seabright / Sijy O'Dell / Jonathan L Torres / Lifei Yang / Yu Feng / Daniel P Leaman / Néstor Vázquez Bernat / Tyler Liban / Mark Louder / Krisha McKee / Robert T Bailer / Arlette Movsesyan / Nicole A Doria-Rose / Marie Pancera / Gunilla B Karlsson Hedestam / Michael B Zwick / Max Crispin / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
要旨: The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are ...The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are occluded by self-N-glycan shielding, limiting B cell recognition of the underlying polypeptide surface. The exceptions to the contiguous glycan shield include the conserved receptor CD4 binding site (CD4bs) and glycoprotein (gp)41 elements proximal to the furin cleavage site. Accordingly, we performed heterologous trimer-liposome prime:boosting in rabbits to drive B cells specific for cross-conserved sites. To preferentially expose the CD4bs to B cells, we eliminated proximal N-glycans while maintaining the native-like state of the cleavage-independent NFL trimers, followed by gradual N-glycan restoration coupled with heterologous boosting. This approach successfully elicited CD4bs-directed, cross-neutralizing Abs, including one targeting a unique glycan-protein epitope and a bNAb (87% breadth) directed to the gp120:gp41 interface, both resolved by high-resolution cryoelectron microscopy. This study provides proof-of-principle immunogenicity toward eliciting bNAbs by vaccination.
履歴
登録2019年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月3日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2020年4月1日-
現状2020年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20273.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈negative-stain 3D reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.02013376 - 0.089495584
平均 (標準偏差)0.00027650956 (±0.0054286076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0200.0890.000

-
添付データ

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_20273_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_20273_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E7...

全体名称: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E70 fragment antigen binding
要素
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E70 fragment antigen binding
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding kappa chain

-
超分子 #1: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E7...

超分子名称: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E70 fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 570 KDa

-
分子 #1: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer

分子名称: HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK DAETTLFCAS DAKAYETEKH NVWATHACVP TDPNPQEIHL ENVTEEFNMW KNNMVEQMHT DIISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLQCTNVTN NITDDMRGEL KNCSFNMTTE LRDKKQKVYS LFYRLDVVQI ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK DAETTLFCAS DAKAYETEKH NVWATHACVP TDPNPQEIHL ENVTEEFNMW KNNMVEQMHT DIISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLQCTNVTN NITDDMRGEL KNCSFNMTTE LRDKKQKVYS LFYRLDVVQI NENQGNRSNN SNKEYRLINC NTSACTQACP KVSFEPIPIH YCAPAGFAIL KCKDKKFNGT GPCPSVSTVQ CTHGIKPVVS TQLLLNGSLA EEEVMIRSEN ITNNAKNILV QFNTPVQINC TRPNNYTRKS IRIGPGQAFY ATGDIIGDIR QAHCNVSKAT WNETLGKVVK QLRKHFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQCMYAPP IQGVIRCVSN ITGLILTRDG GSTNSTTETF RPGGGDMRDN WRSELYKYKV VKIEPLGVAP TRAKRRVVGG GGGSGGGGSA VGIGAVRRGF LGAAGSTMGA ASMTLTVQAR NLLSGIVQQQ SNLLRAPEAQ QHLLKLTVWG IKQLQARVLA VERYLRDQQL LGIWGCSGKL ICTTNVPWNS SWSNRNLSEI WDNMTWLQWD KEISNYTQII YGLLEESQNQ QEKNEQDLLA LDGGGGSHHH HHHHH

-
分子 #2: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding heavy chain

分子名称: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSLEESGGGL VKPGGTLTLT CKASGIDFTS GYDMCWVRQA PGKGLEWVAC IYLGDGNTYY ASWAKGQFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAADT ATYFCARFAG YRYSVWSYPD LWGPGTLVTV SSGQPKAPSV FPLAPCCGDT PSSTVTLGCL VKGYLPEPVT VTWNSGTLTN ...文字列:
QSLEESGGGL VKPGGTLTLT CKASGIDFTS GYDMCWVRQA PGKGLEWVAC IYLGDGNTYY ASWAKGQFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAADT ATYFCARFAG YRYSVWSYPD LWGPGTLVTV SSGQPKAPSV FPLAPCCGDT PSSTVTLGCL VKGYLPEPVT VTWNSGTLTN GVRTFPSVRQ SSGLYSLSSV VSVTSSSQPV TCNVAHPATN TKVDKTVAPS TCSK

-
分子 #3: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding kappa chain

分子名称: Rabbit antibody E70 fragment antigen binding kappa chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQTPAS VEADVGGTVT IKCQASQRIV NLVAWYQHKP GQPPKLLIIG ASDLASGVPS RFSGSGYGTE FTLTISDLEC ADAATYFCQS AYNGDGDNAF GGGTEVVVKG DPVAPSVLIF PPAADQVATG TVTIVCVANK YFPDVTVTWE VDGTTQTTGI ENSKTPQNSA ...文字列:
DIVMTQTPAS VEADVGGTVT IKCQASQRIV NLVAWYQHKP GQPPKLLIIG ASDLASGVPS RFSGSGYGTE FTLTISDLEC ADAATYFCQS AYNGDGDNAF GGGTEVVVKG DPVAPSVLIF PPAADQVATG TVTIVCVANK YFPDVTVTWE VDGTTQTTGI ENSKTPQNSA DCTYNLSSTL TLTSTQYNSH KEYTCKVTQG TTSVVQSFNR GDC

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
150.0 mMSodium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Grids were negatively stained with 2% (w/v) uranyl formate for 50 s
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: Coordinates for ligand-free SOSIP trimer converted to EM map and low-pass filtered to 40 Angstrom
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 20865
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る