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- PDB-1vbd: POLIOVIRUS (TYPE 1, MAHONEY STRAIN) COMPLEXED WITH R78206 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vbd
タイトルPOLIOVIRUS (TYPE 1, MAHONEY STRAIN) COMPLEXED WITH R78206
要素(POLIOVIRUS TYPE 1 ...) x 5
キーワードVIRUS / VIRUS COAT PROTEIN / HYDROLASE / THIOL PROTEASE / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / Irregular / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J78 / MYRISTIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Grant, R.A. / Hiremath, C.N. / Filman, D.J. / Syed, R. / Andries, K. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structures of poliovirus complexes with anti-viral drugs: implications for viral stability and drug design.
著者: Grant, R.A. / Hiremath, C.N. / Filman, D.J. / Syed, R. / Andries, K. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Binding of the Antiviral Drug Win51711 to the Sabin Strain of Type 3 Poliovirus: Structural Comparison with Drug Binding in Rhinovirus 14
著者: Hiremath, C.N. / Grant, R.A. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#2: ジャーナル: New Aspects of Positive-Strand RNA Viruses / 年: 1990
タイトル: Role of Conformational Transitions in Poliovirus Assembly and Cell Entry
著者: Hogle, J.M. / Syed, R. / Fricks, C.E. / Icenogle, J.P. / Flore, O. / Filman, D.J.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structural Factors that Control Conformational Transitions and Serotype Specificity in Type 3 Poliovirus
著者: Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Macadam, A.J. / Minor, P.D. / Hogle, J.M.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Myristylation of Picornavirus Capsid Protein Vp4 and its Structural Significance
著者: Chow, M. / Newman, J.F. / Filman, D. / Hogle, J.M. / Rowlands, D.J. / Brown, F.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: Three-Dimensional Structure of Poliovirus at 2.9 A Resolution
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
#6: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1983
タイトル: The Nucleotide Sequence of Poliovirus Type 3 Leon 12 A1B: Comparison with Poliovirus Type 1
著者: Stanway, G. / Cann, A.J. / Hauptmann, R. / Hughes, P. / Clarke, L.D. / Mountford, R.C. / Minor, P.D. / Schild, G.C. / Almond, J.W.
履歴
登録1996年1月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
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詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
1: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
2: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
3: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
4: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5547
ポリマ－97,9425
非ポリマー6122
水00
1
0: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
1: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
2: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
3: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
4: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,913,251420
ポリマ－5,876,540300
非ポリマー36,711120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
0: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
1: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
2: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
3: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
4: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 493 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,77135
ポリマ－489,71225
非ポリマー3,05910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
0: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
1: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
2: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
3: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
4: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 591 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)591,32542
ポリマ－587,65430
非ポリマー3,67112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
0: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
1: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
2: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
3: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
4: POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.96 MDa, 150 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,956,626210
ポリマ－2,938,270150
非ポリマー18,35660
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)322.940, 358.040, 380.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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30generate(0.8083054, -0.48115093, -0.33931714), (0.51884908, 0.30972858, 0.7967833), (-0.27827689, -0.8200989, 0.5)-32.20869, 75.63233, -47.46104

-
要素

-
POLIOVIRUS TYPE 1 ... , 5種, 5分子 01234

#1: タンパク質・ペプチド POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY


分子量: 437.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: P1/MAHONEY PREPARED FROM A LOW-PASSAGE STOCK, PROVIDED BY M. CHOW, OF A PLAQUE ISOLATED FROM HELA CELLS TRANSFECTED WITH AN INFECTIOUS CDNA CLONE OF THE VIRAL GENOME
由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney
#2: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY


分子量: 33488.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: P1/MAHONEY PREPARED FROM A LOW-PASSAGE STOCK, PROVIDED BY M. CHOW, OF A PLAQUE ISOLATED FROM HELA CELLS TRANSFECTED WITH AN INFECTIOUS CDNA CLONE OF THE VIRAL GENOME
由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 細胞株: HELA / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#3: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY


分子量: 30075.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: P1/MAHONEY PREPARED FROM A LOW-PASSAGE STOCK, PROVIDED BY M. CHOW, OF A PLAQUE ISOLATED FROM HELA CELLS TRANSFECTED WITH AN INFECTIOUS CDNA CLONE OF THE VIRAL GENOME
由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 細胞株: HELA / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#4: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY


分子量: 26547.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: P1/MAHONEY PREPARED FROM A LOW-PASSAGE STOCK, PROVIDED BY M. CHOW, OF A PLAQUE ISOLATED FROM HELA CELLS TRANSFECTED WITH AN INFECTIOUS CDNA CLONE OF THE VIRAL GENOME
由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 細胞株: HELA / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#5: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY


分子量: 7393.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: P1/MAHONEY PREPARED FROM A LOW-PASSAGE STOCK, PROVIDED BY M. CHOW, OF A PLAQUE ISOLATED FROM HELA CELLS TRANSFECTED WITH AN INFECTIOUS CDNA CLONE OF THE VIRAL GENOME
由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 細胞株: HELA / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300*PLUS

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-J78 / (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE / R78206 / 4-[3-[1-(6-メチルピリダジン-3-イル)-4-ピペリジニル]プロポキシ]安息香酸エチル


分子量: 383.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N3O3
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Hogle, J.M., (1985) Science, 229, 1358.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 298390 / % possible obs: 30 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Num. measured all: 737276

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR2.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.287 / 最高解像度: 2.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6632 0 43 0 6675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.526
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'PSEUDO-REAL SPACE PROCEDURE' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.287
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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