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- PDB-1thl: Thermolysin complexed with a novel glutaramide derivative, n-(1-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1thl
タイトルThermolysin complexed with a novel glutaramide derivative, n-(1-(2(r,s)-carboxy-4-phenylbutyl) cyclopentylcarbonyl)-(s)-tryptophan
要素THERMOLYSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / METALLOPROTEINASE / GLUTARAMIDE DERIVATIVE / THERMOLYSIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-({1-[(2S)-2-carboxy-4-phenylbutyl]cyclopentyl}carbonyl)-L-tryptophan / Chem-0DB / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Holland, D.R. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Inhibition of Thermolysin and Neutral Endopeptidase 24.11 By a Novel Glutaramide Derivative; X-Ray Structure Determination of the Thermolysin-Inhibitor Complex
著者: Holland, D.R. / Barclay, P.L. / Danilewicz, J.C. / Matthews, B.W. / James, K.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Binding of N-Carboxymethyl Dipeptide Inhibitors to Thermolysin Determined by X-Ray Crystallography: A Novel Class of Transition-State Analogues for Zinc Peptidases
著者: Monzingo, A.F. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Structure of Thermolysin Refined at 1.6 Angstroms Resolution
著者: Holmes, M.A. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1974
タイトル: The Conformation of Thermolysin
著者: Matthews, B.W. / Weaver, L.H. / Kester, W.R.
#4: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Structure of Thermolysin
著者: Matthews, B.W. / Colman, P.M. / Jansonius, J.N. / Titani, K. / Walsh, K.A. / Neura, H.
#5: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Three Dimensional Structure of Thermolysin
著者: Matthews, B.W. / Jansonius, J.N. / Colman, P.N. / Schoenborn, B.P. / Duporque, D.
履歴
登録1993年11月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THERMOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0657
ポリマ－34,3621
非ポリマー7026
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.100, 94.100, 131.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 51

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要素

#1: タンパク質 THERMOLYSIN


分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-0DB / N-({1-[(2S)-2-carboxy-4-phenylbutyl]cyclopentyl}carbonyl)-L-tryptophan / CCT


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 476.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32N2O5
参照: N-({1-[(2S)-2-carboxy-4-phenylbutyl]cyclopentyl}carbonyl)-L-tryptophan
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DENSITY AT POSITION 177 CLEARLY SHOWS RESIDUE GLU, NOT LYS. AUTHORS MAINTAIN THAT THE SWISSPROT ...THE DENSITY AT POSITION 177 CLEARLY SHOWS RESIDUE GLU, NOT LYS. AUTHORS MAINTAIN THAT THE SWISSPROT REFERENCE P00800 IS LIKELY TO BE INCORRECT AT THIS POSITION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.2
詳細: TRIS ACETATE, CALCIUM ACETATE, DMSO, PH 7.2, DILUTION WITH H2O, TEMPERATURE 277K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991 / 詳細: GRAPHITE MONOCHROMATOR, COLLIMATING SLITS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→35 Å / Num. obs: 41090 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 34103 / Rmerge(I) obs: 0.066

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Xuong-HamlinAlignデータ収集
Xuong-HamlinScaling Suiteデータ削減
TNT精密化
XUONG-HAMLIN(DETECTOR SYSTEM)データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3TLN

3tln
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.7→10 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT VERSION 1.0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.162 --
all0.162 34103 -
obs0.162 33922 89 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 40 148 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0172531
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5363430
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.26614430
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01968
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.027377
X-RAY DIFFRACTIONt_it7.15525100
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.15716
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 33922 / Rfactor obs: 0.162
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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