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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tbz | ||||||
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タイトル | HUMAN THROMBIN WITH ACTIVE SITE N-METHYL-D PHENYLALANYL-N-[5-(AMINOIMINOMETHYL)AMINO]-1-{{BENZOTHIAZOLYL)CARBONYL] BUTYL]-L-PROLINAMIDE TRIFLUROACETATE AND EXOSITE-HIRUGEN | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / negative regulation of proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / 凝固・線溶系 / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 凝固・線溶系 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Hirudo medicinalis (医用ビル) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Matthews, J.H. / Krishnan, R. / Costanzo, M.J. / Maryanoff, B.E. / Tulinsky, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of thrombin with thiazole-containing inhibitors: probes of the S1' binding site. 著者: Matthews, J.H. / Krishnan, R. / Costanzo, M.J. / Maryanoff, B.E. / Tulinsky, A. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: The Isomorphous Structures of Prethrombin2, Hirugen-, and Ppack-Thrombin: Changes Accompanying Activation and Exosite Binding to Thrombin 著者: Vijayalakshmi, J. / Padmanabhan, K.P. / Mann, K.G. / Tulinsky, A. #2: ジャーナル: Blood Coagulation Fibrinolysis / 年: 1993 タイトル: Active Site and Exosite Binding of Alpha-Thrombin 著者: Tulinsky, A. / Qiu, X. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Structure of the Hirulog 3-Thrombin Complex and Nature of the S' Subsites of Substrates and Inhibitors 著者: Qiu, X. / Padmanabhan, K.P. / Carperos, V.E. / Tulinsky, A. / Kline, T. / Maraganore, J.M. / Fenton II, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tbz.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tbz.ent.gz | 57 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tbz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/1tbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/1tbz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LI
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P00734, トロンビン |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1534.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P09945 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 H
#2: タンパク質 | 分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P00734, トロンビン |
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-非ポリマー , 3種, 126分子
#4: 化合物 | ChemComp-00Q / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN IDENTIFIER *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 ...THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN IDENTIFIER |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 手法: vapor diffusion - hanging drop - macroseeding / pH: 7.3 詳細: 0.1M PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.3, 27-28% PEG 8000. HANGING DROPS AND MACROSEEDING ., vapor diffusion - hanging drop - macroseeding | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年4月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 15300 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 50 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FPC 解像度: 2.3→7 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |