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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t03 | ||||||
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タイトル | HIV-1 reverse transcriptase crosslinked to tenofovir terminated template-primer (complex P) | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/Antibody/DNA / HIV-1 RT / tenofovir / RT-DNA complex / Transferase-Antibody-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Ding, J. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Structure of HIV-1 RT-DNA complexes before and after incorporation of the anti-AIDS drug tenofovir 著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Ding, J. / Naeger, L.K. / White, K.L. / Miller, M.D. / Gibbs, C.S. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Wang, G. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / ...著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Ding, J. / Naeger, L.K. / White, K.L. / Miller, M.D. / Gibbs, C.S. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Wang, G. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Jerina, D.M. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequence of the FAB heavy and light chains are not available in any of the database ...SEQUENCE The sequence of the FAB heavy and light chains are not available in any of the database sequence. RESIDUE MRG 817 OF THE P CHAIN IS CROSSLINKED TO CHAIN A RESIDUE C258. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t03.cif.gz | 323.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t03.ent.gz | 254.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t03.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1t03_validation.pdf.gz | 491.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1t03_full_validation.pdf.gz | 587.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1t03_validation.xml.gz | 63 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1t03_validation.cif.gz | 86.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t03 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Synthetic oligonucleotide ... , 2種, 2分子 TP
#1: DNA鎖 | 分子量: 8367.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6430.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 64249.660 Da / 分子数: 1 / Fragment: Reverse transcriptase, p66 subunit / Mutation: Q258C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 51095.617 Da / 分子数: 1 / Fragment: Reverse transcriptase, p51 subunit / Mutation: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#5: 抗体 | 分子量: 23362.650 Da / 分子数: 1 / Fragment: Fab light chain domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#6: 抗体 | 分子量: 24000.814 Da / 分子数: 1 / Fragment: Fab heavy chain domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#7: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM cacodylate, 33% ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月21日 |
放射 | モノクロメーター: Bending magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 63979 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4741 / % possible all: 74.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1N5Y 解像度: 3.1→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.12 Å /
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