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万見
- PDB-1s32: Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s32
タイトルMolecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove'
要素
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3
  • Histone H4
  • palindromic alpha-satellite 146 bp DNA fragment
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / Nucleosome Core Particle (NCP) / Pyrrole-Imidazole (Py-Im) hairpin polyamide / clamp / nucleosome dynamics / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / BETA-ALANINE / 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID / : / 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) ...GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / BETA-ALANINE / 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID / : / 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H3 / Histone H2B / Histone H4 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Edayathumangalam, R.S. / Weyermann, P. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove'
著者: Edayathumangalam, R.S. / Weyermann, P. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K.
履歴
登録2004年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: palindromic alpha-satellite 146 bp DNA fragment
J: palindromic alpha-satellite 146 bp DNA fragment
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,09851
ポリマ－196,17610
非ポリマー3,92241
水15,997888
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.352, 109.717, 181.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ

#1: DNA鎖 palindromic alpha-satellite 146 bp DNA fragment


分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#2: タンパク質 Histone H3


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC121398065 / プラスミド: pET-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: A0A310TTQ1, UniProt: P84233*PLUS
#3: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC121398084 / プラスミド: pET-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: A0A8J1LTD2, UniProt: P62799*PLUS
#4: タンパク質 Histone H2A


分子量: 12941.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: h2ac14.L / プラスミド: pET-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS
#5: タンパク質 Histone H2B


分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC108704303 / プラスミド: pET-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: A0A8J0U496, UniProt: P02281*PLUS

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非ポリマー , 9種, 929分子

#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-IMT / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 141.128 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7N3O2
#8: 化合物
ChemComp-PYB / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / 1-メチル-4-アミノ-1H-ピロ-ル-2-カルボン酸


分子量: 140.140 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O2
#9: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#10: 化合物 ChemComp-BAL / BETA-ALANINE / β-アラニン


タイプ: peptide-like / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#11: 化合物 ChemComp-DIB / 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) / N,N-ジメチル-1,3-プロパンジアミン


分子量: 102.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2
#12: 化合物 ChemComp-OGG / 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE


分子量: 176.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N2O4
#13: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Manganese chloride11
2potassium chloride11
3potassium cacodylate11
4H2O11
5Manganese chloride12
6potassium chloride12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→100 Å / Num. obs: 124523 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.75 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 22.99
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 54.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
CNS1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AOI

1aoi


解像度: 2.05→100 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: THE STRUCTURE HAS SOME UNMODELLED POTENTIAL ALTERNATE AMINO ACID SIDE CHAIN CONFORMERS, SOLVENT ENTITIES AND SOME UNACCOUNTED SPURIOUS DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 6050 -Random
Rwork0.2194 ---
all-124523 --
obs-120181 90.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6203 5980 208 888 13279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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