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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s32 | |||||||||
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タイトル | Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' | |||||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / Nucleosome Core Particle (NCP) / Pyrrole-Imidazole (Py-Im) hairpin polyamide / clamp / nucleosome dynamics / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Edayathumangalam, R.S. / Weyermann, P. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 著者: Edayathumangalam, R.S. / Weyermann, P. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 362.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 276.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1aoiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#2: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LOC121398065 / プラスミド: pET-based / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LOC121398084 / プラスミド: pET-based / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 12941.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: h2ac14.L / プラスミド: pET-based / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LOC108704303 / プラスミド: pET-based / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 929分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/IMT.gif)
![](data/chem/img/PYB.gif)
![](data/chem/img/ABU.gif)
![](data/chem/img/BAL.gif)
![](data/chem/img/DIB.gif)
![](data/chem/img/OGG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IMT.gif)
![](data/chem/img/PYB.gif)
![](data/chem/img/ABU.gif)
![](data/chem/img/BAL.gif)
![](data/chem/img/DIB.gif)
![](data/chem/img/OGG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-MN / #7: 化合物 | ChemComp-IMT / #8: 化合物 | ChemComp-PYB / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-OGG / | #13: 化合物 | ChemComp-CL / #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→100 Å / Num. obs: 124523 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.75 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 22.99 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 54.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AOI 解像度: 2.05→100 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 詳細: THE STRUCTURE HAS SOME UNMODELLED POTENTIAL ALTERNATE AMINO ACID SIDE CHAIN CONFORMERS, SOLVENT ENTITIES AND SOME UNACCOUNTED SPURIOUS DENSITY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→100 Å
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拘束条件 |
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