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- PDB-1qh7: CATALYSIS AND SPECIFICITY IN ENZYMATIC GLYCOSIDE HYDROLASES: A 2,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qh7
タイトルCATALYSIS AND SPECIFICITY IN ENZYMATIC GLYCOSIDE HYDROLASES: A 2,5B CONFORMATION FOR THE GLYCOSYL-ENZYME INTERMIDIATE REVEALED BY THE STRUCTURE OF THE BACILLUS AGARADHAERENS FAMILY 11 XYLANASE
要素XYLANASEキシラナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / キシラナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus agaradhaerens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Sabini, E. / Sulzenbacher, G. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Jorgensen, P.L. / Schulein, M. / Dupont, C. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1999
タイトル: Catalysis and specificity in enzymatic glycoside hydrolysis: a 2,5B conformation for the glycosyl-enzyme intermediate revealed by the structure of the Bacillus agaradhaerens family 11 xylanase.
著者: Sabini, E. / Sulzenbacher, G. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Jorgensen, P.L. / Schulein, M. / Dupont, C. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録1999年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLANASE
B: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6114
ポリマ－46,3112
非ポリマー3002
水11,007611
1
A: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3062
ポリマ－23,1561
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3062
ポリマ－23,1561
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.860, 75.360, 78.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.95985, -0.280398, -0.008088), (0.279233, 0.957821, -0.067883), (0.026781, 0.062899, 0.997661)
ベクター: 33.80553, 43.97223, -0.97119)

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要素

#1: タンパク質 XYLANASE / キシラナーゼ


分子量: 23155.547 Da / 分子数: 2 / 断片: FAMILY 11 XYLANASE CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: B-D-XYLANOPYRANOSIDE PRESENT IN THE ACTIVE SITE
由来: (組換発現) Bacillus agaradhaerens (バクテリア)
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: Q7SIE3, キシラナーゼ
#2: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE 30%, MES 0.1M PH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium acetate1drop
3100 mMMES1reservoir
430 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→54.2 Å / Num. obs: 40782 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 14.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 5.5 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 16.2 / % possible all: 98.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 1285 5 %RANDOM
Rwork0.117 ---
obs-41488 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 20 611 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.1822
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8773
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.8222
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.7853
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.170.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2490.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1070.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor27.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.117
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_chiral_restr / Dev ideal target: 0.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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