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- PDB-1q90: Structure of the cytochrome b6f (plastohydroquinone : plastocyani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q90
タイトルStructure of the cytochrome b6f (plastohydroquinone : plastocyanin oxidoreductase) from Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • (Cytochrome B6-F complex iron-sulfur ...) x 2
  • (Cytochrome b6f complex subunit ...) x 4
  • Apocytochrome f
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome b6-f complex subunit 4
キーワードPHOTOSYNTHESIS / MEMBRANE PROTEIN COMPLEX / ELECTRON TRANSFER / OXYDOREDUCTASE / CHLOROPHYLL / BETA-CAROTENE / STIGMATELLIN / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / MONOGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL
機能・相同性
機能・相同性情報


nonphotochemical quenching / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / response to karrikin / cytochrome complex assembly / : / chloroplast envelope / photosynthetic electron transport chain / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity ...nonphotochemical quenching / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / response to karrikin / cytochrome complex assembly / : / chloroplast envelope / photosynthetic electron transport chain / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / : / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / defense response to bacterium / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily ...Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f large domain / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rudiment single hybrid motif / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / EICOSANE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-SQD / Chem-TDS / Cytochrome b6-f complex subunit 8, chloroplastic / Cytochrome b6-f complex subunit 4 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / EICOSANE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-SQD / Chem-TDS / Cytochrome b6-f complex subunit 8, chloroplastic / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 7, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stroebel, D. / Choquet, Y. / Popot, J.-L. / Picot, D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: An Atypical Haem in the Cytochrome B6F Complex
著者: Stroebel, D. / Choquet, Y. / Popot, J.-L. / Picot, D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Chimeric Fusions of Subunits IV and PET L in the Cytochrome B6F complex of chlamydomonas reinhardtii: structural implications and consequences on state transitions
著者: Zito, F. / Vinh, J. / Popot, J.L. / Finazzi, G.
履歴
登録2003年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Non-polymer description
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
Remark 999SEQUENCE Apocytochrome f (chain A): 6His tag at C-terminus, residues 287-292 Rieske Proteins ...SEQUENCE Apocytochrome f (chain A): 6His tag at C-terminus, residues 287-292 Rieske Proteins (chains C,R): sequence numbering includes signal peptide (residues 1-30). Please see Remark 3 - Other Refinement Remarks Subunit 7 (chain M): sequence numbering includes signal peptide (residues 1-60). PETN subunit (chain N): sequence numbering includes the signal peptide but the beginning of the mature sequence is unknown. Sequence used is that of volvox carteri f. nagariensis according to reference 1.
Remark 600HETEROGEN Ligand SQD: acyl chains unidentified Ligand LFA: putative alkyl chain of lipid Ligand LMG: ...HETEROGEN Ligand SQD: acyl chains unidentified Ligand LFA: putative alkyl chain of lipid Ligand LMG: putative, alkyl chains unidentified

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apocytochrome f
B: Cytochrome b6
C: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b6-f complex subunit 4
R: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b6f complex subunit petG
L: Cytochrome b6f complex subunit petL
M: Cytochrome b6f complex subunit PETM
N: Cytochrome b6f complex subunit PETN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,86321
ポリマ－106,7129
非ポリマー7,15112
水362
1
A: Apocytochrome f
B: Cytochrome b6
C: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b6-f complex subunit 4
R: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b6f complex subunit petG
L: Cytochrome b6f complex subunit petL
M: Cytochrome b6f complex subunit PETM
N: Cytochrome b6f complex subunit PETN
ヘテロ分子

A: Apocytochrome f
B: Cytochrome b6
C: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b6-f complex subunit 4
R: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b6f complex subunit petG
L: Cytochrome b6f complex subunit petL
M: Cytochrome b6f complex subunit PETM
N: Cytochrome b6f complex subunit PETN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,72642
ポリマ－213,42518
非ポリマー14,30124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area79110 Å2
ΔGint-824 kcal/mol
Surface area74780 Å2
手法PISA
2
A: Apocytochrome f
B: Cytochrome b6
C: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b6-f complex subunit 4
R: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b6f complex subunit petG
L: Cytochrome b6f complex subunit petL
M: Cytochrome b6f complex subunit PETM
N: Cytochrome b6f complex subunit PETN
ヘテロ分子

A: Apocytochrome f
B: Cytochrome b6
C: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b6-f complex subunit 4
R: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b6f complex subunit petG
L: Cytochrome b6f complex subunit petL
M: Cytochrome b6f complex subunit PETM
N: Cytochrome b6f complex subunit PETN
ヘテロ分子

A: Apocytochrome f
B: Cytochrome b6
C: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b6-f complex subunit 4
R: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b6f complex subunit petG
L: Cytochrome b6f complex subunit petL
M: Cytochrome b6f complex subunit PETM
N: Cytochrome b6f complex subunit PETN
ヘテロ分子

A: Apocytochrome f
B: Cytochrome b6
C: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b6-f complex subunit 4
R: Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b6f complex subunit petG
L: Cytochrome b6f complex subunit petL
M: Cytochrome b6f complex subunit PETM
N: Cytochrome b6f complex subunit PETN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,45384
ポリマ－426,85036
非ポリマー28,60348
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area163530 Å2
ΔGint-1680 kcal/mol
Surface area144270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.454, 171.205, 351.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1,-y+2,z

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Apocytochrome f


分子量: 32109.834 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-292 / 変異: 6 His tag at C-terminus / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETA / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: P23577
#2: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 24184.531 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 4-215 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETB / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: Q00471
#4: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17305.580 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 4-159 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETD / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: Q42496, UniProt: P23230*PLUS

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Cytochrome B6-F complex iron-sulfur ... , 2種, 2分子 CR

#3: タンパク質 Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 13660.400 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETC / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: P49728, EC: 1.10.99.1
#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome B6-F complex iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 4707.349 Da / 分子数: 1 / 断片: Transmembrane domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETC / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5
参照: UniProt: P23230, UniProt: P49728*PLUS, EC: 1.10.99.1

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Cytochrome b6f complex subunit ... , 4種, 4分子 GLMN

#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6f complex subunit petG / Cytochrome b6-f complex subunit V


分子量: 3984.786 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETG / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: P49728, UniProt: Q08362*PLUS
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6f complex subunit petL / Cytochrome b6-f complex subunit VI


分子量: 3438.341 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-32 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETL / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: P50369
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6f complex subunit PETM / Cytochrome b6-f complex subunit 7


分子量: 4037.782 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 62-95 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETM / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: Q08362, UniProt: Q42496*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6f complex subunit PETN


分子量: 3283.840 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 68-98 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: H6F5 / 遺伝子: PETN / Organelle: CHLOROPLAST
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株 (発現宿主): H6F5 / 参照: UniProt: P50369, UniProt: P0C1D4*PLUS

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非ポリマー , 9種, 14分子

#10: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#11: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#12: 化合物 ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#13: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#14: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物 ChemComp-TDS / 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE / TRIDECYL-STIGMATELLIN / トリデシルスチグマテリン


分子量: 418.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H38O5
#16: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#17: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir: 25% PEG-MME 350, 40 millimolar TRIS HCL PH 8, 40 millimolar nacl, 0.2 millimolar laurylmaltoside, 30% glycerol. Drop: 1.3 microliter protein + 0.7 microliter reservoir, VAPOR ...詳細: Reservoir: 25% PEG-MME 350, 40 millimolar TRIS HCL PH 8, 40 millimolar nacl, 0.2 millimolar laurylmaltoside, 30% glycerol. Drop: 1.3 microliter protein + 0.7 microliter reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 mMTris-HCl1reservoirpH8
240 mM1reservoirNaCl
30.2 mMDDM1reservoir
430 %(w/v)glycerol1reservoir
525 %(w/v)PEG3501reservoir
610 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.00799 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射モノクロメーター: Two Si crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→35 Å / Num. obs: 56687 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / Rsym value: 0.39 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.1→34.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3607425.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: In a B6F dimer, a rieske protein is anchored in one monomer by its transmembrane domain (residues 33-71), even though its soluble domain (residues 80-183 and 185-206) lies on the other ...詳細: In a B6F dimer, a rieske protein is anchored in one monomer by its transmembrane domain (residues 33-71), even though its soluble domain (residues 80-183 and 185-206) lies on the other monomer. This is why the rieske chain of one monomer is divided into two parts corresponding to two different rieske proteins. The linker (residues 72-79) is not visible. In the soluble domain, the sub-domain corresponding to residues 80-130 and 177-206 is not well defined.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2848 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 56134 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.6136 Å2 / ksol: 0.354968 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.27 Å20 Å20 Å2
2--18.14 Å20 Å2
3----26.41 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.43 Å / Luzzati sigma a free: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7330 0 446 2 7778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 460 5 %
Rwork0.314 8740 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2HEC.PARHEC-FREE-PROP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEM.PARHEM-FREE-PROP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4FES.PARFES.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CLA.PARCLA.TOP
X-RAY DIFFRACTION6TDS.PARTDS.TOP
X-RAY DIFFRACTION7BCR.PARBCR.TOP
X-RAY DIFFRACTION8SQD.PARSQD.TOP
X-RAY DIFFRACTION9WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION10alk.paralk.top
X-RAY DIFFRACTION11lmg.parlmg.top
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 35 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg3
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.21 Å / Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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