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- PDB-1pxd: Crystal structure of the complex of jacalin with meso-tetrasulpho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pxd
タイトルCrystal structure of the complex of jacalin with meso-tetrasulphonatophenylporphyrin.
要素
  • Agglutinin alpha chain
  • Agglutinin beta-3 chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / porphyrin
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SFP / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Goel, M. / Anuradha, P. / Kaur, K.J. / Maiya, B.G. / Swamy, M.J. / Salunke, D.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Porphyrin binding to jacalin is facilitated by the inherent plasticity of the carbohydrate-binding site: novel mode of lectin-ligand interaction.
著者: Goel, M. / Anuradha, P. / Kaur, K.J. / Maiya, B.G. / Swamy, M.J. / Salunke, D.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Functional equality in the absence of structural similarity: an added dimension to molecular mimicry
著者: Goel, M. / Jain, D. / Kaur, K.J. / Kenoth, R. / Maiya, B.G. / Swamy, M.J. / Salunke, D.M.
履歴
登録2003年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6114
ポリマ－16,7332
非ポリマー1,8782
水1,02757
1
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子

A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子

A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子

A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,44316
ポリマ－66,9318
非ポリマー7,5128
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area17980 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area27440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.072, 101.890, 107.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Agglutinin alpha chain / Jacalin alpha chain


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド Agglutinin beta-3 chain / Jacalin beta-3 chain


分子量: 2059.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18673
#3: 化合物 ChemComp-SFP / 5,10,15,20-TETRAKIS(4-SULPFONATOPHENYL)-21H,23H-PORPHINE


分子量: 939.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H34N4O12S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Ammonium sulphate and Sodium chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月16日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 23948 / Num. obs: 23948 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / Num. unique all: 23948 / % possible all: 79.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JAC

1jac


解像度: 1.8→100 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1916 -RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.219 19451 --
obs0.219 19451 81.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1153 0 128 57 1338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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