PDB-1od1: Endothiapepsin PD135,040 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1od1

タイトル

Endothiapepsin PD135,040 complex

要素

ENDOTHIAPEPSIN

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / INHIBITOR / ASPARTYL PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

CRYPHONECTRIA PARASITICA (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Coates, L. / Erskine, P.T. / Mall, S. / Gill, R.S. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: The Structure of Endothiapepsin Complexed with the Gem-Diol Inhibitor Pd-135,040 at 1.37 A
著者: Coates, L. / Erskine, P.T. / Mall, S. / Williams, P.A. / Gill, R.S. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.

履歴

登録	2003年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2012年11月30日	Group: Other

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1od1.cif.gz	150 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1od1.ent.gz	124.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1od1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1od1_validation.pdf.gz	718.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1od1_full_validation.pdf.gz	724.3 KB	表示
XML形式データ	1od1_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	1od1_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1od1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1od1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e5o 1e80 1e81 1e82 1eed 1ent 1epl 1epm 1epn 1epo 1epp 1epq 1epr 1er8 1gkt 1gvt 1gvu 1gvv 1gvw 1gvx 2er0 2er6 2er7 2er9 3er3 3er5 4ape 4er1 4er2 4er4 5er1 5er2
類似構造データ	5p3s-d 5p4g-d 5p00-d 5p1t-d 5p3t-d 5p6y-d 5p14-d 5r3r-d 5p5y-d 5p45-d 5p2j-d 5ozv-d 5p6x-d 5p5x-d 5p0e-d 5p60-d 5p7x-d 5p7l-d 5p78-d 5qbs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ENDOTHIAPEPSIN

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.201, 73.249, 45.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ENDOTHIAPEPSIN / ASPARTATE PROTEASE / EAPA / EPN-1 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ENDOTHIA PARASITICA / 由来: (天然) CRYPHONECTRIA PARASITICA (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-0QS / N~2~-[(2R)-2-benzyl-3-(tert-butylsulfonyl)propanoyl]-N-{(1R)-1-(cyclohexylmethyl)-3,3-difluoro-2,2-dihydroxy-4-[(2-morpholin-4-ylethyl)amino]-4-oxobutyl}-3-(1H-imidazol-3-ium-4-yl)-L-alaninamide / PD-135,040 タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 784.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₅₆F₂N₇O₈S / 参照: GEM-DIOL INHIBITOR PD-135.040
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	HYDROLYSES PROTEINS WITH BROAD SPECIFICITY LIKE PEPSIN A PREFERRING HYDROPHOBIC RESIDUES AT P1 AND P1'.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %

結晶化

pH: 4.6 / 詳細: PH 4.60

結晶化

*PLUS

pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	2.0 mg/ml	protein	1	drop	pH4.6
2	0.1 M	sodium acetate	1	drop
3	100 %sat	ammonium solution	1	reservoir
4	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.7

-
データ収集


回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.918056
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→10 Å / Num. obs: 68317 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 3.2

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集