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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nh3 | ||||||
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タイトル | Human Topoisomerase I Ara-C Complex | ||||||
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![]() | ISOMERASE/DNA / Ara-C / protein-DNA complex / DNA damage / isomerase / ISOMERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation / protein-DNA complex / P-body / circadian regulation of gene expression / fibrillar center / circadian rhythm / phosphorylation / chromosome / single-stranded DNA binding / peptidyl-serine phosphorylation / double-stranded DNA binding / perikaryon / DNA replication / response to xenobiotic stimulus / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chrencik, J.E. / Burgin, A.B. / Pommier, Y. / Stewart, L. / Redinbo, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Impact of the Leukemia Drug 1-beta-D-Arabinofuranosylcytosine (Ara-C) on the Covalent Human Topoisomerase I-DNA Complex 著者: Chrencik, J.E. / Burgin, A.B. / Pommier, Y. / Stewart, L. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The DNA (duplex oligo) was added to the protein during crystallization. At this time, the ...SEQUENCE The DNA (duplex oligo) was added to the protein during crystallization. At this time, the protein initiates a transesterification reaction in which one strand of DNA is broken into chains B and C, and the protein chain A is covalently linked to the DNA through residue 723. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1a31S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3017.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3564.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 6580.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#4: タンパク質 | 分子量: 66733.867 Da / 分子数: 1 / Fragment: Core Subdomain, C-Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11387, DNA topoisomerase |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: Tris, Magnesium Chloride, PEG 400, DTT, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 詳細: Redinbo, M.R., (1998) Science, 279, 1504. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月18日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 13878 / Num. obs: 13878 / % possible obs: 69.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 54.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / 冗長度: 12.2 % / Num. measured all: 169504 / Rmerge(I) obs: 0.135 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.2 Å / % possible obs: 54.7 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1A31 解像度: 3.1→44.29 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.48 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.71 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.29 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 100 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.309 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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