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万見
- PDB-1maf: The Active Site Structure of Methylamine Dehydrogenase: Hydrazine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1maf
タイトルThe Active Site Structure of Methylamine Dehydrogenase: Hydrazines Identify C6 as the Reactive Site of the Tryptophan Derived Quinone Cofactor
要素
  • METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
  • METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
キーワードOXIDOREDUCTASE(CHNH2(D)-DEAMINATING)
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain ...Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITROGEN MOLECULE / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus versutus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Huizinga, E.G. / Vellieux, F.M.D. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Active site structure of methylamine dehydrogenase: hydrazines identify C6 as the reactive site of the tryptophan-derived quinone cofactor.
著者: Huizinga, E.G. / van Zanten, B.A. / Duine, J.A. / Jongejan, J.A. / Huitema, F. / Wilson, K.S. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991
タイトル: Crystallographic Investigations of the Tryptophan-Derived Cofactor in the Quinoprotein Methylamine Dehydrogenase
著者: Chen, L. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. / Huizinga, E.G. / Vellieux, F.M.D. / Duine, J.A. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structure of Quinoprotein Methylamine Dehydrogenase at 2.25 Angstroms Resolution
著者: Vellieux, F.M.D. / Huitema, F. / Groendijk, H. / Kalk, K.H. / Frank, J. / Jongejan, J.A. / Duine, J.A. / Petratos, K. / Drenth, J. / Hol, W.G.J.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of Quinoprotein Methylamine Dehydrogenase from Thiobacillus Versutus
著者: Vellieux, F.M.D. / Frank, J. / Swarte, M.B.A. / Groendijk, H. / Duine, J.A. / Drenth, J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録1992年5月20日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7143
ポリマ－51,6862
非ポリマー281
水1,53185
1
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
ヘテロ分子

L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4286
ポリマ－103,3724
非ポリマー562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557y,x,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)129.784, 129.784, 104.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細THE MOLECULE IS NORMALLY A TETRAMER. THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF ONE-HALF OF THE TETRAMER, NAMELY ONE LIGHT CHAIN *L* AND ONE HEAVY CHAIN *H*. TO GENERATE THE FULL MOLECULE, THE FOLLOWING CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD OPERATION MUST BE APPLIED TO THE LIGHT AND HEAVY CHAINS PRESENTED IN THIS ENTRY -0.5 0.866025 0.0 0.0 0.866025 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 208.368

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要素

#1: タンパク質 METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)


分子量: 13654.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus versutus (バクテリア)
参照: UniProt: P22641, EC: 1.4.99.3
#2: タンパク質 METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 38031.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus versutus (バクテリア)
参照: UniProt: P23006, EC: 1.4.99.3
#3: 化合物 ChemComp-HDZ / NITROGEN MOLECULE


分子量: 28.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE L SUBUNIT CONTAINS THE SIDE CHAIN DERIVED COFACTOR TRYPTOPHYL TRYTOPHAN-QUINONE (MCINTYRE ET AL. ...THE L SUBUNIT CONTAINS THE SIDE CHAIN DERIVED COFACTOR TRYPTOPHYL TRYTOPHAN-QUINONE (MCINTYRE ET AL. SCIENCE 252, 1-7, REFERENCE 1) MADE UP OF TWO TRYPTOPHANS WHICH ARE AT POSITIONS 57 AND 108. THESE ARE COVALENTLY LINKED THROUGH A TRP57:CE3-TRP108:CD1 BOND. IN NATIVE MADH TRP57 CONTAINS AN ORTHO-QUINONE FUNCTION ATTACHED TO ATOMS CH2 AND CZ2.
配列の詳細FOR THE H-SUBUNIT THE SEQUENCE GIVEN IN THE SEQRES RECORDS IS AN *X-RAY SEQUENCE*, WHICH WAS ...FOR THE H-SUBUNIT THE SEQUENCE GIVEN IN THE SEQRES RECORDS IS AN *X-RAY SEQUENCE*, WHICH WAS ESTABLISHED ON THE BASIS OF THE ELECTRON DENSITY DUE TO THE LACK OF AN AMINO ACID SEQUENCE. ONLY CARBON ALPHA COORDINATES ARE PROVIDED FOR THE H-SUBUNIT IN THIS ENTRY. THE ASSIGNMENT OF THE DISULFIDE BRIDGE IN THE H-SUBUNIT IS TENTATIVE. REFINEMENT OF THE MADH MODEL HAS NOT YET BEEN COMPLETED. SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: DMHL_PARDE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE VAL 71 GLN 14

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.93 %
結晶化詳細: CRYSTALLIZATION OF THE (2,2,2)-TRIFLUOROETHYLHYDRAZINE INHIBITED ENZYME WAS DONE BY THE HANGING DROP METHOD WITH BUFFER 0.1 M NA ACETATE AT PH 5.0. THE PRECIPITANT WAS 42 PER CENT AMMONIUM SULFATE.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: taken from Ubbink, M. et al (1991). Eur. J. Biochem., 202, 1003-1012.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1drop
337-42 %satammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 31580 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 66005 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.188 / 最高解像度: 2.6 Å
詳細: ALTHOUGH CLEAR EXTRA DENSITY WAS OBSERVED IN THE ACTIVE SITE, THERE WAS NOT SUFFICIENT DENSITY PRESENT TO ACCOMMODATE THE COMPLETE INHIBITOR (FOR DETAILS SEE ARTICLE SPECIFIED ON JRNL CARD). ...詳細: ALTHOUGH CLEAR EXTRA DENSITY WAS OBSERVED IN THE ACTIVE SITE, THERE WAS NOT SUFFICIENT DENSITY PRESENT TO ACCOMMODATE THE COMPLETE INHIBITOR (FOR DETAILS SEE ARTICLE SPECIFIED ON JRNL CARD). TWO ATOMS OF THE INHIBITOR, TENTATIVELY IDENTIFIED AS NITROGENS HAVE BEEN INCLUDED IN THE MODEL.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1324 0 2 85 1411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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