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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m18 | ||||||
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タイトル | LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / NUCLEOSOME / CHROMATIN / HISTONE / PYRROLE-IMIDAZOLE POLYAMIDE / DNA REGOGNITION / CHROMATIN REMODELING / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromatin organization => GO:0006325 / chromatin organization => GO:0006325 / DNA replication-dependent chromatin assembly / nuclear chromosome / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine ...chromatin organization => GO:0006325 / chromatin organization => GO:0006325 / DNA replication-dependent chromatin assembly / nuclear chromosome / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / DNA-templated transcription initiation / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein domain specific binding / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Suto, R.K. / Edayathumangalam, R.S. / White, C.L. / Melander, C. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structures of Nucleosome Core Particles in Complex with Minor Groove DNA-binding Ligands 著者: Suto, R.K. / Edayathumangalam, R.S. / White, C.L. / Melander, C. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m18.cif.gz | 339.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m18.ent.gz | 256.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m18_validation.pdf.gz | 558.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m18_full_validation.pdf.gz | 598.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m18_validation.xml.gz | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m18_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/1m18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/1m18 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#2: タンパク質 | 分子量: 15320.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02302 #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02304, UniProt: P62799*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 13962.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897 #5: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
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-非ポリマー , 3種, 526分子
#6: 化合物 | ChemComp-MN / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHOR INDICATES ARG-SER DISCREPANCY AT RESIDUE 86 IS A CONFLICT BETWEEN SEQUENCE AND SEQUENCE ...AUTHOR INDICATES ARG-SER DISCREPANC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used macroseeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→60 Å / Num. all: 79809 / Num. obs: 77428 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 4.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 60 Å / Num. obs: 79809 / % possible obs: 98.4 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AOI 解像度: 2.45→60 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→60 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 60 Å / Rfactor Rfree: 0.258 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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