ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1C3B 解像度: 1.53→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | Selection details |
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Rfree | 0.22 | 2220 | Random |
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Rwork | 0.195 | - | - |
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all | - | 108082 | - |
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obs | - | 89700 | - |
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溶媒の処理 | ksol: 0.383662 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54.1656 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.573 Å2 | 0 Å2 | -4.646 Å2 |
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2- | - | 2.884 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.689 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.21 Å | 0.18 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.09 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5553 | 0 | 105 | 488 | 6146 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.014 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.263 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.102 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.835 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.082 | 2.5 | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å / | Rfactor | 反射数 |
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Rfree | 0.223 | 184 |
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Rwork | 0.213 | - |
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obs | - | 6960 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | cephalothin.paramcephalothin.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | ion.paramion.top | | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 2.5 % / Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.22 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.57 Å |
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