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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kvl | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of AmpC S64G Mutant beta-Lactamase in Complex with Substrate and Product Forms of Cephalothin | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / amide hydrolase / beta-lactamase / cephalothin / substrate-enzyme complex / product-enzyme complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Beadle, B.M. / Trehan, I. / Focia, P.J. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Structural milestones in the reaction pathway of an amide hydrolase: substrate, acyl, and product complexes of cephalothin with AmpC beta-lactamase. 著者: Beadle, B.M. / Trehan, I. / Focia, P.J. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kvl.cif.gz | 164.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kvl.ent.gz | 127.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kvl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kvl_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kvl_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1kvl_validation.xml.gz | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kvl_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/1kvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/1kvl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39557.895 Da / 分子数: 2 / 変異: S64G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: K12 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 5種, 493分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-KCP / | #4: 化合物 | ChemComp-CLS / | #5: 化合物 | ChemComp-THN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 1.7 M potassium phosphate; the crystal was then soaked in saturated cephalothin in crystallizing buffer for 3 hours, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.7 M / 一般名: potassium phosphate / 詳細: pH8.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→20 Å / Num. obs: 108082 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 95.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 385475 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1C3B 解像度: 1.53→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | ksol: 0.383662 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.1656 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å /
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 2.5 % / Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.57 Å |