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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kgt | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Tetrahydrodipicolinate N-Succinyltransferase in Complex with Pimelate and Succinyl-CoA | ||||||
要素 | 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / LEFT-HANDED PARALLEL BETA HELIX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotidyltransferase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium bovis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Beaman, T.W. / Vogel, K.W. / Drueckhammer, D.G. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002 タイトル: Acyl group specificity at the active site of tetrahydridipicolinate N-succinyltransferase. 著者: Beaman, T.W. / Vogel, K.W. / Drueckhammer, D.G. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kgt.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kgt.ent.gz | 50 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kgt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kgt_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kgt_full_validation.pdf.gz | 464.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kgt_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kgt_validation.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kgt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 1-y, x-y, z and -x+y, 1-x, z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29918.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 遺伝子: dapD / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P56220, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PML / |
#3: 化合物 | ChemComp-SCA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 詳細: Binder, D.A., (1996) Proteins, 26, 115. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年4月2日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→99 Å / Num. all: 11389 / Num. obs: 11389 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.339 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 冗長度: 4.3 % / Num. measured all: 47749 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→99 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→99 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.171 / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.171 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.35 / Rfactor obs: 0.35 |