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- PDB-1iep: CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-ABL KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH STI-571. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iep
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE C-ABL KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH STI-571.
要素PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL
キーワードTRANSFERASE / KINASE / KINASE INHIBITOR / STI-571 / ACTIVATION LOOP
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / circulatory system development / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation ...Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / circulatory system development / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / response to epinephrine / regulation of cellular senescence / transitional one stage B cell differentiation / regulation of modification of synaptic structure / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of extracellular matrix organization / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of extracellular matrix organization / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / Myogenesis / bubble DNA binding / activated T cell proliferation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / syntaxin binding / alpha-beta T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / regulation of T cell differentiation / regulation of axon extension / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / cell leading edge / B cell proliferation / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of osteoblast proliferation / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of focal adhesion assembly / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / neuromuscular process controlling balance / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of long-term synaptic potentiation / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / BMP signaling pathway / phagocytosis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / four-way junction DNA binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / ruffle / positive regulation of establishment of T cell polarity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of mitotic cell cycle / SH2 domain binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / post-embryonic development / thymus development / neural tube closure / establishment of localization in cell / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / neuron differentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / autophagy / cell-cell adhesion / SH3 domain binding / cellular response to hydrogen peroxide
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-STI / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nagar, B. / Bornmann, W. / Schindler, T. / Clarkson, B. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the kinase domain of c-Abl in complex with the small molecule inhibitors PD173955 and imatinib (STI-571)
著者: Nagar, B. / Bornmann, W. / Pellicena, P. / Schindler, T. / Veach, D.R. / Miller, W.T. / Clarkson, B. / Kuriyan, J.
履歴
登録2001年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL
B: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,68710
ポリマ－67,4872
非ポリマー1,2008
水3,099172
1
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3796
ポリマ－33,7441
非ポリマー6355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3084
ポリマ－33,7441
非ポリマー5653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.885, 147.371, 153.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL / P150 / C-ABL


分子量: 33743.523 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00520, EC: 2.7.1.112
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 %(w/v)PEG40001reservoir
2100 mMMES-NaOH1reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月30日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.14 Å / Num. all: 37004 / Num. obs: 37004 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 3585 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 195316 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1FPU

1fpu


解像度: 2.1→29.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 565920.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2917 8.2 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all-35704 --
obs-35704 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.07 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.66 Å20 Å20 Å2
2---6.98 Å20 Å2
3----13.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4458 0 80 172 4710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.692.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 452 8.3 %
Rwork0.333 4978 -
obs--88.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2STIPIPFLIP.PARSTIPIPFLIP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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