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- PDB-1idt: STRUCTURAL STUDIES ON A PRODRUG-ACTIVATING SYSTEM-CB1954 AND FMN-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idt
タイトルSTRUCTURAL STUDIES ON A PRODRUG-ACTIVATING SYSTEM-CB1954 AND FMN-DEPENDENT NITROREDUCTASE
要素MINOR FMN-DEPENDENT NITROREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FMN / bioreductive activation / prodrug
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / 6,7-dihydropteridine reductase / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 6,7-dihydropteridine reductase activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(AZIRIDIN-1-YL)-2,4-DINITROBENZAMIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Johansson, E. / Parkinson, G.N. / Denny, W.A. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2003
タイトル: Studies on the Nitroreductase Prodrug-Activating System. Crystal Structures of Complexes with the Inhibitor Dicoumarol and Dinitrobenzamide Prodrugs and of the Enzyme Active Form.
著者: Johansson, E. / Parkinson, G.N. / Denny, W.A. / Neidle, S.
履歴
登録2001年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年12月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN FMN 1218 AND CB1 1219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. FMN 2218 AND CB1 2219 ARE ASSOCIATED ...HETEROGEN FMN 1218 AND CB1 1219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. FMN 2218 AND CB1 2219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINOR FMN-DEPENDENT NITROREDUCTASE
B: MINOR FMN-DEPENDENT NITROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2916
ポリマ－47,8742
非ポリマー1,4174
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9950 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.556, 57.556, 266.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 MINOR FMN-DEPENDENT NITROREDUCTASE / OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE / DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE


分子量: 23937.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: NFNB OR NFSI OR NFSB OR NTR OR DPRA OR B0578 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P38489, 1.6.99.7
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CB1 / 5-(AZIRIDIN-1-YL)-2,4-DINITROBENZAMIDE / CB1954 / Tretazicar


分子量: 252.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976262 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月3日
放射モノクロメーター: germanium 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976262 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 31534 / Num. obs: 28476 / % possible obs: 90.34 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.14 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 29.76
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.201 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DS7

1ds7


解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2685 2814 random
Rwork0.2248 --
all0.2294 31245 -
obs0.2294 31245 -
原子変位パラメータBiso mean: 29.2792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 98 192 3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006283
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.162
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2-2.010.3004510.2548X-RAY DIFFRACTION437
2.01-2.030.2847610.2613X-RAY DIFFRACTION539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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